В послевоенные годы история сектантства рассматривалась в трудах Клибанова А. И., Рындзюнского П. Г. и других историков. По мнению Клибанова А.И., дореволюционной историографии сектантства официально не существовало. Он признает, что неплохая литература была написана такими "ведомственными" – по выражению Клибанова

А.И. - авторами, как Мельников–Печёрский П. И., Дингельштедт Н. А., Варадинов Н, но такая литература даёт лишь богатый фактический материал. На большом историческом материале он показал, что молокане принадлежали к числу проводников буржуазного предпринимательства в сельском хозяйстве Закавказья и Сибири. Трудно не согласиться с его выводами о том, что догматика и этика молоканства поощряли «приобритательность» и способствовали энергичной предпринимательской деятельности молокан.

Изучение сектантства во второй половине XX в. происходило в основном в рамках истории атеизма. Основное внимание уделялось таким сектам как Баптизм, Свидетели Иеговы, Адвентисты, Новый Израиль, и т.д. которые считались потенциально опасными, так как они проводили религиозную пропаганду среди населения. Считалось, что они финансировались иностранными спецслужбами. Подавляющее

большинство авторов, как уже было сказано, в своих исследованиях основное внимание уделяли религиозной идеологии, лишь попутно рассматривали вопросы истории, культуры, быта сектантов, в том числе и молокан. Так, Москаленко А. Т. считает, что на становление молоканской идеологии повлияли идеи Апокалипсиса о конце мира и наступления тысячелетнего «царства Христова». По мнению автора, они сыграли роль побудительного мотива к массовому переселению молокан, когда «десятки тысяч молокан устремились на Кавказ… Даже царский указ о переселении был истолкован как промысел Божий».

В советской историографии русское сектантство рассматривалось как «религиозная форма социально-политического протеста крестьянских масс против системы феодально-помещичьей эксплуатации и освящавшей её православной церкви.Сектантов, том числе и молокан, связывали сразвитием новых капиталистических общественно-экономических отношений, и география распространения сектантства, в общем, соответствовала распространению капиталистических отношений в стране. Довольно подробно учение молокан в XX в. изучается в трудах Малаховой И. А. Ученым был собран полевой материал об основных особенностях хозяйственной и религиозной деятельности, культуре, обрядам молоканских общин Центральной России и Закавказья и даны рекомендации для атеистического воспитания молоканской молодежи. Однако поскольку работа написана по истории атеизма, многие аспекты, касающиеся истории молокан, их культуры жизнеобеспечения, остались неизученными.

Ряд аспектов религиозной идеологии и деятельности молокан рассматривается в работах Балалаевой Н. И., Козловой К. И., Инниковой С. Отдельно необходимо выделить работы по истории сектантства сибирских ученых. Для многих исследований второй половины XX в. характерно отрицательное отношение к молоканам как к носителям религиозной традиции. Также постоянно прослеживается мысль о неминуемом кризисе внутри общин.

Молоканские общины изучались в рамках исследований, посвященных истории русского населения на территории закавказских республик. Здесь необходимо отметить серьезные работы Долженко И. В., Исмаил–Заде Д. И., Айтяна А. Х., Акопяна А. М. Ими подробно изучены основные черты экономического развития закавказской деревни XIX–XX вв., отмечены особенности государственной политики Российской Империи в регионе, взаимоотношений русского и местного населения, а также показан огромный вклад русских крестьян, в том числе и молокан в развитие экономики Закавказья в XIX – начале XX веков.

По истории Кавказа создано немало обобщающих работ, однако в них не содержится никакой информации о молоканских общинах. В официальных изданиях XIX – начала XX вв. их относили к общей категории раскольников и сектантов, позднее, в советских фундаментальных исторических трудах, религии отводилось довольно мало места, поэтому сведения о молоканских общинах также отсутствуют. Лишь в последнее время в рамках изучения региональной истории появляются работы, посвященные изучению взаимоотношениям государства и религиозных организаций.

Среди новейших исследований кавказского региона необходимо выделить диссертационные работы Колосовской Т. А., по изучению государственно-конфессиональных отношений на Ставрополье, и Крюкова А. В., посвященную исследованию религиозного сектантства Кубани. Однако в обоих работах молокане упоминаются лишь вскользь. В целом вопросам истории молоканских общин на Кавказе, их хозяйственно-культурному своеобразию в историографии XX века не посвящено ни одной монографии.

Из зарубежных исследователей культуру и традиции молокан изучали W . B . Moore , G . W . Monoff , J . P . Valov . Их исследования носят в большей степени публицистический характер. В своих исследованиях они занимались проблемами культуры молокан, переселившихся на Американский континент в начале XX века.