Развитие структуры банковской системы целесообразно проводить в русле перспективных сдвигов в структуре экономики. Неоднородность экономики России проявляется как в межрегиональных диспропорциях, так и с точки зрения различий финансового состояния отдельных отраслей. Соответственно перспективная устойчивость банковской системы должна базироваться на тенденциях хозяйственного развития.

В стуктуре российской экономики можно выделить три группы регионов.

Центры деловой активности с диверсифицированной по отраслевому признаку структурой коммерческой деятельности. В них должны  преобладать крупные (оптовые) кредитные организации, финансирующие ключевые для российской экономики предприятия, федеральный бюджет, организующие межбанковский и валютный рынок. Такие структуры должны функционировать под жестким контролем государства как в форме участия в собственности, так и через повышенное внимание надзорного органа. Розничные и средние банки нацеливаются на обслуживание местных предприятий соответствующего масштаба. Проводится политика ограничения количества филиалов кредитных организаций, которая связана с достаточной для поддержания конкурентной среды численности банковских учреждений одновременно с повышенным риском управления банков, имеющих филиалы. Для розничных банковских услуг кредитные организации открывают отделения, действующие под жестким внутренним контролем. Работа филиалов экономически целесообразна только применительно к крупным банкам других регионов для операций на валютном и межбанковских рынках.

Регионы, где преобладает крупное промышленное производство федерального значения. В банковской системе должна сочетаться деятельность филиалов крупных банков финансовых центров с мелкими и средними региональными кредитными организациями. Формирование местных крупных банков представляется нежелательным в силу ограниченных возможностей по диверсификации активов. Кредитовать промышленные гиганты целесообразно через крупные банки финансовых центров(или их филиалы).

В регионах, где доминирует мелкий бизнес и сельскохозяйственное производство, представляется возможным делать ставку на местные частные банки и концетрацию капиталов. При укрупнении кредитных  организаций на местном уровне можно использовать различные схемы, в том числе не предполагающие полную потерю самостоятельности банков (например, создание холдинга путем обмена акциями с банками-участниками).Стимулирование открытия филиалов крупных банков или превращение в них местных кредитных организаций опасно продолжением перелива в финансовые центры и без того скудных ресурсов регионов. В то же время управление кредитными вложениями в мелкий бизнес и сельскохозяйственное производство более эффективно на уровне самостоятельно хозяйствующего субъекта, а не через филиалы. На рынке МБК таких регионов нетто-кредиторами видится крупные банки (в первую очередь Сбербанк РФ), которые имеют достаточные возможности подкреплять  ликвидность местных кредитных организаций средствами относительно ресурсоизбыточных регионов, в первую очередь ,финансовых центров.

При этом в регионах второй и третьей группы должно поддерживаться оптимальное количество кредитных организаций для сохранения конкурсной сферы и обеспечения клиентов основными банковскими услугами.В целях оптимизации структуры банковской системы целесообразно ввести в практику дифференцированный подход к применению мер регулирования кредитных организаций, индивидуальный подход к использованию отдельных инструментов управления ликвидностью в зависимости от эффективности деятельности кредитного учреждения для системы в целом(например, при возникновении проблем с ликвидностью, нарушениях нормативов, а также при обращениях Банка России за расширением лицензии или предоставлением кредита).Необходимо определить меры поддержки перспективных для укрепления банковской системы кредитных организаций. В необходимых случаях возможно участие Банка России в процессах концентрации банковских капиталов. При принятии решений в области надзора в критических ситуациях необходимо использовать интересы местных властей в поддержании стабильности в сфере финансов.