С внесением изменений от 11 декабря 2004 года в Федеральный закон «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации» кардинально поменялись федеративные отношения в системе государственной власти. У Президента Российской Федерации появилась возможность не только назначать высшее должностное лицо субъекта Российской Федерации, но и отрешать его от должности «в связи с утратой доверия Президента Российской Федерации, за ненадлежащее исполнение своих обязанностей, а также в иных случаях, предусмотренных настоящим Федеральным законом». Рассматривая правовой аспект данных положений, законодательством не определен критерий утраты доверия Президентом Российской Федерации к руководителю высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации. Фактически Президент Российской Федерации наделяется полной свободой в решении вопроса отрешения от должности руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации и не связан никакими правовыми ограничениями.

Мировой опыт из ныне существующих цивилизованных федеративных государств не знает случая, когда население лишено права влиять на формирование органов государственной власти субъектов федерации. Эта возможность Президента Российской Федерации снижает гарантии и стабильность правового статуса высшего должностного лица субъекта Российской Федерации, кроме того, избрание руководства субъектов Российской Федерации населением является необходимым элементом политической стабильности государства, поскольку позволяет правильно распределить социальную ответственность.

В результате, введенные изменения в Федеральный закон «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации», логически поглотили в себе конкретные конституционно-правовые деликты, предусмотренные ч.2 ст.29.1.

Из всех трех, на сегодняшний день, отрешений Президентом Российской Федерации глав субъектов Российской Федерации лишь в первом случае было основанием «в связи с утратой доверия Президента Российской Федерации, за ненадлежащее исполнение им своих обязанностей», а в остальных случаях – «в связи с утратой доверия Президента Российской Федерации». При этом главы субъектов Российской Федерации формально не лишены права обжаловать данный Указ в Верховный Суд Российской Федерации в течение десяти дней со дня официального опубликования Указа, гарантированного п.2 ч.6 ст.29.1 названного Закона. Однако, при формулировке «в связи с утратой доверия» истец, в доказательственной базе будет в заранее невыгодном положении. При этом существенно снижается уровень ответственности руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации перед законодательным (представительным) органом государственной власти субъекта Российской Федерации. Последний вправе выразить недоверие губернатору, но это не может повлечь, как было предусмотрено прежним законодательством, немедленную отставку главы субъекта. Депутаты в данном случае вправе только сообщить об этом факте Президенту Российской Федерации, который вправе оставить его в должности. В результате законодательный орган субъекта Российской Федерации принимает решение о наделении соответствующими полномочиями руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации, но, в то же время, лишен реальных механизмов самостоятельного принятия решения об ответственности утверждаемого в должности лица. При отрешении высшего должностного лица субъекта Российской Федерации Президентом Российской Федерации мнение законодательного органа также может не учитываться им.

Выявленная проблема в условиях административного реформирования и укрепления вертикали власти, в основе которой положен конституционный принцип обеспечения единства системы исполнительной власти Российской Федерации, закрепленный в ч.2 ст.77 Конституции Российской Федерации, требует комплекса мер направленных на укрепление демократических начал в регулировании вопросов исключительного ведения субъектов Российской Федерации и ограничении федерального вмешательства для обеспечения конституционных принципов российского федерализма, закрепленных Конституцией Российской Федерации. Безусловно, это требует конкретных законодательных изменений, которые в большей мере должны восстановить положение, существовавшее в Федеральном законе «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации» до 11 декабря 2004 года.