Регион имеет многоотраслевую структуру промышленного производства. Но за переходный период от «развитого социализма» к свободному рынку эта структура сильно обеднела, что обернулось ростом доли нефти с 10% в 1991 году до 30% сегодня. Сейчас при неустойчивой цене на нефть, томское чёрное золото может оказаться неконкурентоспособным. И хотя в регионе очень надеются, что экономика стран Юго -Восточной Азии обеспечит устойчивый спрос на нефть ближайшие 30 лет, в области уже планируют, с прицелом на страны ЮВА, наращивать добычу нефти и газа, чтобы получить оборотные средства, необходимые для устойчивой ситуации. К тому же нестабильность экономики с доминирующей топливной промышленностью подталкивает региональные власти произвести структурные преобразования в ближайшие десятилетия за счёт нефтегазового сектора. Прежде всего необходимо отметить о намерении диверсифицировать сам добывающий сектор экономики. Это создание металлургических мощностей.

Ещё одна очень важная проблема – недостаточное развитие транспортной инфраструктуры региона. Когда Транссиб проложили вдалеке от Томска, влиятельный и успешный город оказался в транспортном тупике и превратился обычный провинциальный город, а небольшая деревня Кривощёково за 70 лет выросла в Новосибирск с миллионным населением. И сегодня основные магистрали расположены в южной части региона, что связывает его с соседями, но делает собственные отдалённые территории иногда совершенно недоступными Два райцентра (Александровское и Белый Яр) и два города( Стрежевой и Кедровый) не соединены с областным центрам дорогами с твёрдым покрытием. А доставка пассажиров и грузов во многие населённые пункты производится только воздушным транспортом. Регион остро нуждается в реконструкции и развитии автомобильных дорог на юге, а также в регионах, располагающих значительной лесосырьевой базой (Верхнекетский и Каргасокский районы). Основных проектов два. Прежде всего строительство северной транзитной широтной дороги Томск - Нижневартовск – Ханты-Мансийск – Пермь. Региональных средств на ускоренное строительство дороги не хватает. «Мы строим. Деньги выделяем из областного бюджета. Даёт и федерация. Провели недавно конкурс на 680 млн. руб. »[2] Несмотря на то, что рост объёмов прокладываемой дороги пока не предвидится, оптимистически отмечается, что основной и самый трудный участок в болотистой местности уже пройден. Другой мегапроект - Северосибирская железная дорога Енисейск – Белый Яр – Нижневартовск (Севсиб). Он преследует те же цели: связь с соседними регионами и доступ к месторождениям, однако пока существует лишь на уровне идеи – даже не начато проектирование магистрали. Основные направления развития транспортной инфраструктуры Сибирского федерального округа, предусмотренные Транспортной стратегие России, предлагает начало строительство Севсиба на участке Ельчимо – Чадобец до 2015 года.

Третья проблема региона – энергетика. Начиная с 2005 года в области постоянно растёт потребление электроэнергии. Томская область уже много лет дефицитна и закупает извне около 35-37% потребляемой электроэнергии. К настоящему времени (к 2010г) потребность региона увеличилась на 22%, а к 2020 году – в два раза.

Для решения назревших проблем в энергетике в 2007 году разработана и в феврале 2008 года Государственной Думой Томской области одобрена Энергетическая стратегия Томской области на период до 2020 года. Основные ее цели:

· обеспечение энергобезопасности области, переход от энергодефицитной территории к энергоизбыточной;

· создание условий для перевода области на энергосберегающий путь развития и организации системы рационального использования ТЭР в энергетике и других отраслях хозяйственного комплекса;

· сооружение новых и замещающих электрических и тепловых мощностей с внедрением инновационных технологий;

· реализация проектов использования попутного газа нефтяных месторождений для производства электроэнергии;

· формирование стимулов энергосбережения при производстве, транспорте и потреблении тепловой и электрической энергии, природного газа.

Максимальные уровни потребления электроэнергии в Томской области можно обеспечить только путем строительства нового крупного источника. Пока усилия ТГК-11 направляются на покрытие текущего и перспективного дефицита в развитых районах. В Томске компания запустила новый котёл, а на томской ГРЭС-2 устанавливается турбина на 50МВт, которая позволит увеличить мощность станции на 20%, а при выработке электроэнергии производить ещё 105 Гкал\час тепловой энергии. Это тепло пойдёт в новые микрорайоны Томска – Восточный и Солнечный, где предполагается до миллиона квадратных метров жилья.