Структура, функції та повноваження органів управління спеціальної економічної зони визначаються залежно від її типу, розмірів, кількості працівників та/або мешканців на території спеціальної економічної зони.

Місцеві Ради народних депутатів та місцеві державні адміністрації здійснюють свої повноваження на території спеціальної економічної зони з урахуванням специфіки її статусу, визначеної законом про її створення.

Органами управління спеціальних економічних зон незалежно від їх типу є:

а) місцеві Ради народних депутатів та місцеві державні адміністрації в межах своїх повноважень;

б) орган господарського розвитку і управління спеціальної економічної зони, що створюється за участю суб'єктів економічної діяльності України та іноземних суб'єктів такої діяльності. Функції цього органу може бути покладено на одного із суб'єктів економічної діяльності спеціальної економічної зони.

Державне регулювання діяльності спеціальної економічної зони здійснюють органи державної виконавчої влади України, до компетенції яких входить контроль за додержанням вимог законодавства України на території, де створено спеціальну економічну зону.

Судові, арбітражні та інші правоохоронні органи, а також органи контролю за додержанням екологічних, санітарних та інших норм керуються при здійсненні своїх функцій чинним законодавством України за винятками, передбаченими законодавчим актом про конкретну спеціальну економічну зону.

Орган господарського розвитку і управління та суб'єкти економічної діяльності спеціальної економічної зони є самостійними в здійсненні своєї діяльності стосовно органів державного управління України, за винятками, передбаченими законодавчими актами України.

Органи державного управління України не несуть відповідальності за дії органу господарського розвитку і управління та суб'єктів економічної діяльності спеціальної економічної зони, якщо інше не передбачено законодавчим актом про створення спеціальної економічної зони або договором між ними. Орган господарського розвитку і управління спеціальної економічної зони та зазначені суб'єкти не несуть відповідальності за дії органів державного управління України.

Органи господарського розвитку і управління спеціальної економічної зони не несуть відповідальності за дії місцевих Рад народних депутатів та місцевих державних адміністрацій. Місцеві Ради народних депутатів та місцеві державні адміністрації не несуть відповідальності за дії органу господарського розвитку і управління спеціальної економічної зони та суб'єктів економічної діяльності спеціальної економічної зони, якщо інше не передбачено законом про створення спеціальної економічної зони, або договором між ними.

Місцеві Ради народних депутатів та місцева державна адміністрація, на території яких розташована спеціальна економічна зона, здійснюють свої повноваження на території зони у повному обсязі, якщо законодавчими актами про створення спеціальних економічних зон не передбачено інше. Крім того, до сфери повноважень місцевих Рад народних депутатів та місцевої державної адміністрації, належить:

· внесення пропозицій щодо змін у статусі спеціальної (вільної) економічної зони в порядку, встановленому чинним законодавством;

· вирішення разом з органами державної виконавчої ради, суб'єктами економічної діяльності та профспілковими організаціями спеціальної (вільної) економічної зони питань, пов'язаних із специфікою правового та фінансового забезпечення, соціального захисту громадян України, які проживають на території зазначеної зони.

До сфери повноважень місцевих Рад народних депутатів та місцевих державних адміністрацій також належить укладення з органом господарського розвитку спеціальної економічної зони генеральної угоди про передачу в її користування земельних ділянок, об'єктів інфраструктури, розташованих на цій території, та природних ресурсів.

Місцеві Ради народних депутатів та місцеві державні адміністрації, на території яких розташована спеціальна (вільна) економічна зона, можуть мати своїх представників у керівництві органу господарського розвитку і управління спеціальної (вільної) економічної зони.

Функції та повноваження органу господарського розвитку і управління спеціальної (вільної) економічної зони визначаються законом про створення конкретної спеціальної (вільної) економічної зони.

Орган господарського розвитку і управління спеціальної економічної зони забезпечує загальні умови її функціонування. До виключної компетенції органу господарського розвитку в межах функціонування спеціальної (вільної) економічної зони належить:

ü визначення перспективних напрямів розвитку спеціальної (вільної) економічної зони;

ü експлуатація та будівництво мереж транспорту, зв'язку, енергопостачання та інших об'єктів виробничої інфраструктури, що використовуються для загальних потреб;

ü розвиток мережі комунікаційних зв'язків з партнерами за межами спеціальної (вільної) економічної зони;

ü організація міжнародних торгів з метою розміщення на території спеціальної (вільної) економічної зони нових виробництв;

ü упорядкування та надання суб'єктам господарської діяльності спеціальної (вільної) економічної зони в користування земельних ділянок, об'єктів інфраструктури та передача їм у користування природних ресурсів;

ü видача дозволів (ліцензій) суб'єктам господарської діяльності спеціальної (вільної) економічної зони на будівництво нових господарських об'єктів, реєстрація суб'єктів економічної діяльності та інвестицій, здійснюваних в спеціальній (вільній) економічній зоні [3].

Виконавчим директором органу господарського розвитку спеціальної (вільної) економічної зони може бути як громадянин України, так і іншої країни, який працює за строковим контрактом.