В начале Великой Отечественной войны Русская Православная Церковь в лице митрополита Сергия обратилась к духовенству и верующим с призывом встать на защиту Отечества. Начался сбор средств для защиты Родины. Однако, как это ни покажется странным, в начале войны преследования духовенства и верующих заметно усилились — так, в Орловской области в июне было арестовано 2 человека, в июле — 3, в августе — 19, в сентябре — 23; из них 11 человек были приговорены к расстрелу, а остальные к различным срокам заключения.

3 октября 1943 года германские войска вступили в Орел. Большая часть Орловщины была оккупирована гитлеровцами. Германское командование не препятствовало восстановлению церквей и церковной жизни, но под надзором оккупационных властей. К 1943 году, по неполным данным, в области действовало или готовилось к освящению 34 храма.

Фашистская пропаганда преподносила это как заботу властей о русской Церкви и русской культуре. Подавляющее большинство священников отказывалось от сотрудничества с немцами и, по мере сил и возможностей, боролось с врагом. Так, например, известный орловский врач В.И.Турбин, тайно принявший монашество ещё в 30-е годы, был одним из руководителей подпольного госпиталя, в котором лечили больных красноармейцев-военнопленных, а потом переправляли их через линию фронта. В 1966 году он получил награду — медаль «За отвагу». Несколько священников, как Орлов и Оболенский, погибли от рук захватчиков.

С освобождением области от оккупации православное духовенство поддержало призыв митрополита Сергия и приняло непосредственное участие в патриотической работе по сбору средств в Фонд обороны страны, выступило с соответствующими проповедями. Только в городе Орле за период с сентября 1943 года по январь 1944 года собрали в Фонд обороны, на детей-сирот и раненых бойцов: Богоявленский собор — 32 722 рубля, Иоанно-Крестительская церковь — 29 800 рублей, Никитская — 11 196 рублей, Воскресения Христова на Афанасьевском кладбище — 7 181 рубль, Троицкая — 1 932 рубля. С 1944 года приступили к сбору денег на постройку танковой колонны им. Димитрия Донского и подарков для бойцов Красной Армии. 14 апреля 1944 года один Богоявленский собор для этой цели сдал 100 тысяч рублей, а всего православные общины семи церквей города Орла и города Болхова сдали наличными деньгами 305 тысяч рублей. Всего в Фонд обороны, по неполным данным, с сентября 1943 года по апрель 1946 года церковные общины сдали 1 миллион 634 тысячи 788 рублей, а также большое количество продуктов, теплых вещей, полотна, которые передали представителям фронта, детских домов и госпиталей.

В 1945 году была образована Орловско-Брянская епархия.

Первым Орловско-Брянским епископом стал архиепископ Фотий (Тапиро Борис Александрович), из епископов григорианского раскола после принесенного покаяния в звании монаха присоединенный к Московской Патриархии в июле 1943 года.

Он стал одним из самых заметных церковных лидеров своего времени. Владыке поручались церковные миссии в Австрии и Чехословакии (для воссоединения Русских церквей с Патриархией в октябре 1945 года), во Франции (в качестве представителя Патриархии при Западно-Европейском экзархате в августе-октябре 1946 года; для ознакомления с состоянием Западно-Европейского экзархата в июне-июле 1948 года). Во время своего первого пребывания во Франции в качестве представителя Патриархии архиепископ Фотий присутствовал на похоронах митрополита Евлогия (Георгиевского) — лидера так называемой Евлогиевской Церкви (популярной среди русских эмигрантов во Франции).

В этот период, когда возникала необходимость как-то реагировать на приглашения к участию в международных церковных встречах, среди иерархов РПЦ выездными были фактически только митрополит Николай (Ярушевич) и архиепископ Орловский Фотий. В 1949 году он, будучи уже архиепископом Виленским и Литовским, занимает пост экзарха Западной Европы (вместо отстраненного митрополита Серафима).

Архиепископа Фотия сменил Владыка Антоний (Марценко), в прошлом эмигрантский священник польского происхождения, хиротонисанный в 1923 году в викарные епископы Люблина и утвержденный в должности Константинопольским Патриархом Мелетием IV. После покаяния в 1946 он был принят в общение Московским Патриархом и получил Орловскую кафедру.

В 1946 году Совету по делам РПЦ при Совете Министров СССР было разрешено представлять к наградам архиереев и священников, которые особо отличились в проведении церковно-патриотической работы в период войны. Так, в 1947 году священники Николай Антонович Лыков, Иван Тимофеевич Кузнецов из села Клейменово Орловского района и Терентий Петрович Печкарев из села Архарово Малоархангельского района были награждены медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941 — 1945 г.г.»

С 1948 года политика в отношении к РПЦ вновь ужесточается. Уполномоченные получили право не регистрировать духовенство, имевшее судимость по 58 статье (в соответствии с распоряженим Совета от 23 ноября 1948 года № 1090с). В 1948 году из 39 священников и 11 диаконов, служивших в церквях области, 16 человек имели судимость по 58 статье, а ещё 16 человек хотя и не были судимы, но считались неблагонадежными, поскольку возвратились на церковную службу во время оккупации.

Печальная участь постигла священников И.Г.Пятина из села Добрынь Кромского района, С.П.Вельмар-Долгорукова из Орла, псаломщика Бунина из Мценска, а также монахиню, имя которой осталось неизвестным, работавшую церковным сторожем в Ливнах. В 1949 году они были арестованы и осуждены за антисоветскую деятельность.

В борьбе с инакомыслием в послевоенные годы широко стали использовать психолечебницы. Так, в конце 40-х годов этой акции неоднократно подвергался юродивый Афанасий Андреевич Сайко, которого верующие области почитали как святого человека. Впоследствии он был освобожден, реабилитирован и переехал в Брянскую область, где и скончался в середине 1960-х годов. Афанасий Андреевич Сайко похоронен на Крестительском кладбище Орла.

Для того, чтобы ограничить влияние Церкви и устрашить духовенство, уполномоченные Совета по делам РЦП практиковали снятие священников с регистрации, что означало лишение их средств к жизни. Так, в июле 1950 года был снят с регистрации настоятель Воскресенской (Афанасьевской) церкви Орла Козьмодемьянский за совершение всенощной под открытым небом. В результате он не смог устроиться на служение ни в Тульской, ни в Курской епархии.

МГБ бдительно следило за популярностью того или иного священнослужителя среди прихожан. Как только авторитет священника возрастал, по предложению МГБ его тут же переводили в другой приход.

После смерти Сталина надежды на улучшение положения Церкви не оправдались. Влияние «оттепели» оказалось лишь кратковременным явлением.

В этот период на Орловскую кафедру назначается епископ Иероним, поменявшийся по определению Священного Синода от 31 мая 1956 года своей Куйбышевской кафедрой с Орловским епископом Митрофаном (Гутовским), занимавшим Орловскую кафедру несколько месяцев 1956 года.

Начиная с 1958 года, под предводительством Н. С. Хрущева, развернулось генеральное наступление на религию. Происходило массовое закрытие действующих православных храмов, молитвенных домов, мечетей, зачастую сопровождавшееся их разрушением. В ходе этой «военной» кампании только в Орловской области с 1960 по 1969 годы количество действующих церквей сократилось с 23 до 15, недействующие же постепенно уничтожались.

С середины 50-х годов развернулась борьба с паломничеством к святым местам и колодцам, которых, по нашим подсчетам, насчитывалось более 10. Несмотря на сопротивление верующих, властям удалось некоторые из них засыпать землей или забетонировать. Но борьба с переменным успехом продолжалась ещё долго — пока вновь не было разрешено их посещение. Апогеем хрущевского наступления на Церковь было вынужденное постановление Священного Синода и Архиерейского Собора 1961 г. о перестройке управления РПЦ, фактически отстранившее священнослужителей от экономической и хозяйственной деятельности православных приходов, превратившее их в простых наемных работников, исполнявших религиозные обряды. Это вызвало справедливое возмущение верующих как внутри страны, так и за рубежом. Среди духовенства и верующих распространялись анонимные письма и послания, в которых от имени «Комитета восстановления прав Церкви и борьбы за ее каноническую чистоту, правовое положение и устройство в Советском Союзе» разоблачалась антицерковная политика властей и осуждалось посягательство на права Церкви и верующих. В ответ на эти протесты власти обратились к политике репрессий, начались аресты за нарушения законодательства о религиозных культах. По всей стране организовывались показательные судебные процессы.

К середине 60-х годов на территории Орловской области вопросы государственно-религиозных отношений находились в ведении двух, а с 1966 г. — одного уполномоченного Совета по делам религий при Совете Министров СССР по Орловской области.

С 12 января 1962 года Орловской епархией управляет митрополит Антоний (Кротевич Борис Николаевич, 1889 — 1973). Как и многие церковные деятели той поры, в прошлом он также не избежал репрессий. В 1937 году, будучи благочинным Ухтомского и Раменского районов Московской области и настоятелем церкви в г. Перово, он арестовывается и по стандартному обвинению в контрреволюционной пропаганде приговаривается к пяти годам лагерей. Выйти на свободу ему удается лишь в 1942 году.

28 мая 1963 года Синод увольняет на покой владыку Антония по его прошению. 25 мая 1963 года на Орловскую кафедру назначается архиепископ Палладий (Шерстенников Павел Александрович). С 1940 по 1947 год он находился в заключении, будучи архиепископом Калининским.

8 мая 1965 года в Орле на 2 года незаконно осудили сотрудников Епархиального управления — Павла Николаевича Самчука (в 1988-2008 — архиепископа Орловского и Ливенского Паисия) и Николая Сергеевича Сапсая (в 1994 — 1997 годах — епископа Петропавловского и Камчатского Нестора). Однако 23 декабря 1965 года решением Верховного суда РСФСР приговор был отменен, и невиновных освободили.

28 сентября 1966 года, участвуя в торжествах по случаю 400-летия Орла, архиепископ Палладий совершил литургию и рукоположил Н.С.Сапсая во иерея.

В апреле 1968 г. Президиум верховного Совета СССР принял Постановление «О сельском, поселковом Совете депутатов трущихся», которым обязал эти органы власти осуществлять контроль за соблюдением законодательства о религиозных культах.

В 1970-е годы многие уполномоченные по делам религий перестали считаться с местными архиереями, беззастенчиво вмешивались в церковную жизнь. Например, уполномоченный Совета по Орловской области С.Щедрин 2 февраля 1971 года без ведома правящего епископа снял с регистрации священника из Мценска П.М.Житко, а митрополита Палладия поставил только лишь в известность. Таким же образом 23 июня 1971 г. был снят с регистрации священник П.С.Сапач из села Лепешкино Орловского района. В марте 1971 года в соответствии с решением Ливенского горсовета была взорвана православная церковь в с. Беломестном. Произвол властей в отношении Церкви способствовал тому, что, почувствовав безнаказанность, в Пасхальную ночь с 8 на 9 апреля 1972 г. на территорию Никитского кафедрального собора Орла прибыли более сорока комсомольцев Железнодорожного района и перекрыли все входы в церковь, препятствуя верующим входить в храм. Во время совершения Крестного хода, по окнам здания неизвестными было произведено 2 выстрела.

В эти годы особый размах принимает борьба с «религиозной обрядностью». В 1976 году по распоряжению уполномоченного Совета по Орловской области А. А. Дарусенкова были составлены списки из 4 000 человек, крестивших своих детей, и переданы в райкомы КПСС и райисполкомы для принятия партийных и административных мер воздействия. Такие секретные списки составлялись вплоть до 1984 года. Кроме того, практиковался межобластной и межреспубликанский обмен списками крещеных детей. Орловская область считалась неблагополучной в вопросах религии. В результате проведенного среди сельского населения социсследования было установлено, что от 23% до 30% опрошенных жителей считали себя верующими. В сельской местности верующих, как правило, было больше, чем в городах. В городах верующих было больше среди тех, кто недавно пришел из села и среди проживающих на окраине города — людей, живших в условиях, схожих с сельскими, имевших подсобное хозяйство. Среди верующих в 1971 году преобладали люди пожилого возраста, пенсионеры, женщины с низким образованием или неграмотные.

Количество церквей в области за период 1961-1971 г.г. сократилось с 21 до 15 (из них одна — в селе Архарово Малоархангельского р-на - хотя и была зарегистрирована, но бездействовала из-за отсутствия священника).

Оставались действующими 4 церкви в Орле, по две — в городе Болхове и в Орловском районе, по одной — во Мценске, Дмитровске, Ливнах, в поселке Кромы, в Кромском, Малоархангельском и Глазуновском районах.

Вместе с тем количество крещеных на Орловщине значительно превышало средние показатели по стране и снижалось очень медленно.

Если в 1965 г. было окрещено 50,2% родившихся детей, то в 1970 г. — 46,8%, тогда как в целом по стране ещё в 1968 г. процент крещения составлял 21,8.

При этом, если в первом полугодии 1970 г. было окрещено 600 родившихся детей, то на 15 июня 1971 г. только в Крестительской церкви Орла было совершено 550 обрядов крещения детей, а в Никитской церкви, соответственно, 285 и 325. Наибольшая доля крещеных детей приходилась на города Орел, Ливны, Болхов, Мценск, на Орловский и Кромской районы, то есть те территории, где имелись церкви. Зарегистрировано множество случаев, когда крестить детей привозили из других городов и районов, чтобы скрыть обряд от соседей.

Иногда священники без присутствия родителей и без предъявления документов с фотокарточками крестили детей, освящали дома и т.д. Особенно часто это делал священник с. Лепешкино Орловского р-на Сапач.

Уполномоченные Совета по делам религий получали информацию (сколько и кто крестил детей) из соседних областей. Списки всех окрещенных детей в церквах Орловской области рассылались по районам для сведения и контроля, поскольку нередко в этих списках были родители — члены КПСС, крестившие детей.

Похороны умерших продолжали сопровождаться очным и заочным отпеванием.

Почти на нет в этот период сошли венчания — за 1970 год их было зарегистрировано всего 11, тогда как браков в ЗАГСе зарегистрировано 8495.

По сведениям из районов, в эти годы прекратились паломничества к святым местам.

В православных церквях области не хватало 3 священников, нескольких диаконов и псаломщиков. Ухудшился и качественный состав духовенства. Около половины православных священнослужителей были старше 60 лет, 70% имели только низшее светское образование, 55% не имели никакого богословского образования.

В практике работы уполномоченного совета по делам религий было и проведение профилактических бесед с учредителями религиозных обществ и клиром православных церквей. На них подводились итоги деятельности религиозных объединений по укреплению советского фонда мира, вручались награды исполнительным органам церквей, духовенству, участникам собраний читались лекции о международном положении. В 1970 году на одном из таких собраний уполномоченный выступал с докладом: «Новая конституция СССР и свобода совести». Для участников собрания демонстрировались фильмы о поместном соборе 1971 года, была проведена экскурсия в музей И.С.Тургенева.

В соответствии с Постановлением Совета Министров СССР от 18 марта 1976 г. была реорганизована система государственных органов по делам религии: образовывался Совет по делам религий при Совете Министров СССР, установлена система его уполномоченных в регионах. В частности, была создана служба уполномоченного Совета по делам религий при Совете Министров СССР по Орловской области из 2-х штатных единиц: уполномоченного и старшего инспектора.

Эти события сопровождались громкими заявлениями о свободе совести и невмешательстве в дела Церкви. В то же время сама Православная Церковь по отношению к Советскому государству занимала лояльную позицию.

Православные приходы принимали активное участие в деятельности советского фонда мира, их взносы составляли большую часть дохода Фонда. Начиная с 1976 года взносы Орловского Епархиального управления в фонд мира составили одну треть церковных отчислений и были втрое больше по сравнению с соседними епархиями.

В 1970-е годы религиозная ситуация претерпела незначительные изменения. Социологические исследования религиозности и атеизма, проведенные в 1978 году среди различных категорий населения (в колхозах, совхозах, на промышленных предприятиях, в средних школах, ПТУ; опрошено 35 тыс. человек), показали, что удельный вес атеистов в общей массе опрошенных вырос на 10%, удельный вес верующих сократился на 7%, колеблющихся — на 3%. Однако было отмечено, что за последние 4-5 лет снижение религиозности и отход верующих от религии замедлились.

Фактов миссионерской деятельности в конце 70-х г.г. не замечалось. Прекратились, например, паломничества к «синему колодцу» у д. Дубовая Мценского района, святому колодцу в с. Сосновка Ливенского района и другим.

Количество крещений в 1970-е годы колебалось, но в общем не уменьшилось, оставаясь высоким — от 43% до 47%. Количество отпеваний медленно, но неуклонно снижалось. Доля венчаний была в 2-3 раза ниже, чем по стране.

Так, крещение детей и взрослых с 46,6% в 1972 году снизилось в 1978 году до 45,6%. Очные отпевания умерших за этот период сократились с 10,5% до 9,4%, количество заочных отпеваний уменьшилось на 17%, а в 1978 году увеличилось на 3% по сравнению с 1976-1977 г.г.

Количество венчаний в церквах Орла и Мценска уменьшалось, однако в Ливнах, наоборот, возросло. 90% всех венчаний по области совершалось именно в этом городе. За 1978 год количество венчаний здесь возросло на 60%. Не снижалось и количество похорон по церковному обряду.

Денежные доходы православных церквей увеличивались ежегодно на 5-6%. С конца 60-х годов они возросли на 75 %, а за 1978 г. — на 6% и составили почти 1 млн. рублей. Средства шли на укрепление материальной базы церквей и активизацию их общественной деятельности. Так, увеличилось отчисление церквами и епархиальным управлением средств в фонд мира.

23 апреля 1976 года скончался архиепископ Палладий. Его место занял епископ Глеб (Смирнов Иван Иванович).

22 ноября 1977 года в областном доме учителя состоялось вручение грамот Орловским областным комитетом защиты мира и Областной комиссией содействия советскому фонду мира за активную деятельность по укреплению мира и дружбы между народами епископу Орловскому и Брянскому Глебу, секретарю Орловского епархиального управления, настоятелю Кафедрального собора Н.Сапсаю. На награждении присутствовал уполномоченный совета по делам религии при совете министров СССР по Орловской области Дарусенко.

К началу 80-х годов, как и в предыдущие 15 лет, на Орловщине действовали 15 православных церквей: в Орле — Кафедральный собор, Крестительская, Троицкая и Афанасьевская церкви; в Орловском районе — 2 церкви (Куликовская и Лепешкинская); в Кромском районе — 2 церкви (Кромская и Шаховская); в Дмитровске — 1 церковь (Димитрия Солунского); в Болхове — 2 церкви (Христорождественская и Введенская); в Ливнах — 1 церковь (Сергиевская); во Мценске — 1 церковь (Петропавловская); в Малоархангельском районе — 1 церковь (в с. Архарово); в Глазуновском районе — 1 церковь (в с. Богородское).

Все храмы были укомплектованы кадрами священнослужителей. Службы вели 28 священников, 7 диаконов и 6 псаломщиков. В их число входили управляющий Орловско-Брянской епархией архиепископ Глеб, секретарь епархиального управления, он же настоятель Кафедрального собора, кандидат богословских наук Николай Сергеевич Сапсай.

Денежные доходы православных церквей увеличивались в среднем на 5% в год. В 1982 году доходы 15 православных церквей составили 1 580 000 рублей.

Социологические исследования, проводимые, например, в школах Шаблыкинского района, свидетельствовали об усилении в сознании некоторой части учащихся представлений о безвредности религии.

Данные по распространенности обрядов выглядели следующим образом:

По области средняя доля крещений от числа родившихся в 1983 году составляла 39%, в 1986 году — 38% (в среднем по РСФСР в 1986 году — около 18%), в 1987 году — 36%. По Орлу и Орловскому району этот процент был несколько выше. Отмечался некоторый рост крещений детей школьного возраста и взрослых. Очные отпевания умерших за 15 лет сократились с 11,5% до 6,9%, заочные отпевания с 58% до 30% (по РСФСР доля достигла 50%).

В 1984 году на собрании клира и членов исполнительных органов под руководством архиепископа Орловского и Брянского Глеба было принято и подписано «Обращение к участникам Стокгольмской конференции по укреплению мер доверия, безопасности и разоружения в Европе».

25 июля 1987 года скончался архиепископ Орловский и Брянский Глеб. Его смерть совпала с концом эпохи гонений на Русскую Православную Церковь. 28 января 1988 года Совет по делам религий при Совете Министров СССР отменил нормативные акты, ограничивавшие деятельность церковных приходов. Принятые в 1990 году закон СССР «О свободе совести и религиозных организаций» и закон РСФСР «О свободе вероисповеданий» положили начало возрождению Русской Церкви. Впервые после 1918 года каждому гражданину было разрешено не только свободно выбирать религиозные убеждения, но и распространять их. С этого времени в области усиливается движение за открытие новых православных храмов.

В переломный момент церковной истории епархию возглавил Высокопреосвященнейший архиепископ Орловский и Брянский Варфоломей, однако он управлял епархией недолго.

В 1988 году на территории области действовали 42 религиозных объединения, из них 15 православных.

21 марта 1988 года архиепископ Орловский и Брянский Варфоломей скончался.

В мае 1988 года в обкоме КПСС была организована встреча с православным духовенством. Временный управляющий епархией архиепископ Симон посетовал, что в области слишком мала численность православных религиозных объединений, а 15 районов не имеют православных церквей. Однако в этом же году инициативная группа верующих обратилась с ходатайством к властями города Орла о регистрации религиозного общества на базе собора Михаила Архангела. С аналогичными просьбами к местным властям обратились верующие в Должанском районе и некоторых других районах области.

В 1989 году было открыто 6 православных церквей, а через полтора года — ещё 11. Православной Церкви были переданы мощи святителя Тихона Задонского, хранившиеся в Орловском краеведческом музее.