В настоящее время Учетная система состоит из депозитариев, регистраторов и тех эмитентов, которым законодательство дает право самостоятельно вести реестры владельцев именных ценных бумаг. В Докладе-97 были описаны основные принципы и правила взаимодействия между институтами Учетной системы рынка ценных бумаг. Доклад не содержал конкретных предложений по конструированию Учетной системы. В настоящее время Учетная система российского рынка ценных бумаг не является единой, а состоит из разрозненных фрагментов, каждый из которых работает по своим не всегда совместимым с другими фрагментами правилам. В настоящее время назрела необходимость формирования при участии государства основных «несущих» конструкций Учетной системы, которые станут базисом для дальнейшего развития инфраструктурных институтов рынка ценных бумаг. В настоящее время Учетная система российского рынка ценных бумаг состоит из нескольких десятков независимых регистраторов и ряда депозитарных систем, среди которых можно выделить следующие:

депозитарную систему Национального депозитарного центра, в основном предназначенную для обслуживания торгов государственными, муниципальными и корпоративными ценными бумагами на ММВБ;

 депозитарную систему Депозитарно-клиринговой компании, основывающуюся на обслуживании торгов корпоративными ценными бумагами в РТС, на СПВБ и на обслуживании сделок, совершаемых на неорганизованных рынках;

 депозитарную систему Депозитарно-расчетного союза, в основном предназначенную для обслуживания торгов на МФБ;

 депозитарную систему Росбанка, в основном предназначенную для обеспечения хранения ценных бумаг клиентов более мелких депозитариев и обеспечения проведения их операций у регистраторов;

 депозитарную систему Газпромбанка, в основном предназначенную для учета прав акционеров на акции Газпрома;

 депозитарную систему Расчетно-депозитарного центра (С.­Петербург), в основном предназначенную для обслуживания торгов муниципальными ценными бумагами на биржах С.­Петербурга.

Следует также отметить депозитарии некоторых банков, являющихся дочерними для крупных банков нерезидентов (Чейз Манхеттен, АБН-АМРО, Дойче банк и др.), а также некоторые региональные депозитарные системы.

Однако, как уже было отмечено выше, будучи развитыми учетными институтами, перечисленные депозитарии и депозитарии, концентрирующиеся вокруг них, не образуют единую депозитарно-расчетную систему, что негативно влияет на эффективность и прозрачность российского фондового рынка.

Учетные системы развитых фондовых рынков, как правило, основываются на Центральных национальных депозитариях, которые создаются в соответствии с рекомендациями доклада Группы 30, подготовленного в конце 80-х годов. Функции центральных депозитариев разных стран, совпадая в основах, могут существенно различаться в деталях. Центральный депозитарий объединяет все учетные институты страны в единую депозитарно-расчетную систему. Центральные депозитарии, как правило, являются собственностью участников рынка ценных бумаг. В целом ряде случаев значительная доля Центрального депозитария является собственностью государства. Как правило, государство принимает активное участие в формировании Центрального депозитария, поскольку от качества инфраструктуры зависит эффективности функционирования национального рынка ценных бумаг. Центральный депозитарий формируется при участии Центрального банка, так как расчеты по ценным бумагам должны быть тесно связаны с денежными расчетами. В некоторых странах не существует Центрального депозитария в классическом понимании. Например, в США роль центрального депозитария выполняется четырьмя крупными депозитариями при доминировании DTCC, а для государственных ценных бумаг функции центрального депозитария выполняет Федеральная резервная система. В Великобритании функции центрального расчетного института фондового рынка вьполняет CREST, который депозитарием не является.