Суд в целом и каждый его член в отдельности (включая генеральных адвокатов) являются полностью независимыми в своей деятельности. Принцип независимости — важнейшая гарантия объективного, беспристрастного разрешения дел органами судебной власти как в государствах, так и на уровне надгосударственных институтов Европейского Союза.

Система гарантий независимости членов Суда в целом аналогична гарантиям, действующим в правовом демократическом государстве.

Каждый член суда обладает иммунитетом от уголовной и административной ответственности (дословно — иммунитет от юрисдикции; франц. immunite de jurisdiction).

Иммунитет судей и генеральных адвокатов распространяется дела, рассматриваемые как национальными судами, так и иными органами, в том числе на стадии предварительного расследования. В отношении действий, совершенных членами Суда в официальном качестве, иммунитет сохраняет силу и после прекращения их полномочий.

Снять иммунитет со своего члена может только сам Суд. Если это происходит, то дело о преступлении или ином правонарушении суды (генерального адвоката) будет рассматриваться в государстве, гражданином которого он является. При этом член Суда приравнивается членам высших органов судебной власти своей страны (ст. 3 Статута 2001 г.).

Несовместимость должностей охватывает не только административные посты в органах национальной или наднациональной публичной власти, но и любую профессиональную деятельность, оплачиваемую или нет.

Запрет заниматься политической или административной деятельностью носит безусловный характер. В отношении других видов побочной работы (например, научно-преподавательской) «в порядке исключения» судье или генеральному адвокату может быть дозволено осуществлять ее по решению Совета Европейского Союза.

Правило несовместимости должностей, как и в отношении членов Европейской комиссии, сохраняет свое действие также после прекращения полномочий судьи/генерального адвоката.

При вступлении в должность судьи и генеральные адвокаты дают «торжественное обещание в течение срока полномочий и после его окончания соблюдать обязанности, вытекающие из их должности, в частности, обязанность после истечения полномочий честно и с необходимой осторожностью подходить к вопросу о занятии определенных должностей или получении определенных преимуществ».

Возможные споры и сомнения в этой области разрешает сам Суд (ст. 4 Статута 2001 г.).

С правилом несовместимости должностей тесно связан запрет на участие в делах, которые могут представлять для члена Суда личный интерес.

Судьям и генеральным адвокатам не разрешается участвовать в рассмотрении дел, по которым они ранее выступали представителями, адвокатами или защитниками. То же самое относится к делам, которые в прошлом они уже рассматривали в бытность членом национального суда, следственной комиссии или в ином качестве.

В любых «особых обстоятельствах», когда судья или генеральный адвокат считает для себя невозможным участвовать в деле, он обращается к Председателю Суда или его палаты с самоотводом. Председатель может заявить об отводе судьи и по собственной инициативе. Cпоры и сомнения, опять же, разрешает сам Суд (ст. 18 Статута 2001 г.).

Важной гарантией независимости судебной власти ЕС служит право Суда самостоятельно определять процедуру своей деятельности в форме акта под названием «процессуальный регламент» (ПР)).

Данное полномочие, однако, имеет свои пределы. Суд связан положениями учредительных договоров и Статута, которые являются источниками первичного права и не могут изменяться им по своему усмотрению (некоторые положения Статута вправе пересматривать Совет по предложению Суда).

Процессуальный регламент, принятый Судом, для вступления в силу нуждается в одобрении главным законодательным органом ЕС — Советом Европейского Союза.

Материальной гарантией независимости Суда выступает финансирование всех его расходов из общего бюджета Европейского Союза, а не из национальных бюджетов стран, гражданами которых являются его члены (ст. 268 Договора, учреждающего Европейское Сообщество).

Суд, как и другие институты, самостоятельно разрабатывает проект сметы своих расходов на будущий финансовый год. Вместе с другими расходами они утверждаются Европарламентом и Советом на основании единого проекта, представляемого Европейской комиссией.

Несменяемость судей и генеральных адвокатов является важной гарантией их независимости. На протяжении срока своих полномочий члены Суда могут быть отрешены от должности только самим Судом при наличии законных оснований, предусмотренных Договором, учреждающем Европейское сообщество.

Принцип тайны совещательной комнаты является одним из главных правовых средств обеспечения судейской независимости, признанным во всех цивилизованных странах.

В Суде Европейских сообществ данный принцип доведен до своего логического предела. Здесь не только запрещен доступ посторонних лиц в совещательную комнату, но вообще не допускается разглашение какой-либо информации о характере обсуждения и голо сования судей при вынесении решения (ст. 35 Статута 2001 г.).

Данное правило обращено прежде всего к самим судьям. Им запрещено высказывать особые мнения, а также иным образом сообщать об индивидуальной позиции по конкретному делу как их самих, так и других судей, участвовавших в принятии решения. Решение выносится от имени всех судей независимо от того, голосовал ли конкретный судья «за» или «против».

При вступлении в должность каждый член Суда приносит клятву в которой он обязуется не разглашать тайну совещательной комнат в том числе и после истечения срока своих полномочий.

Принцип тайны совещательной комнаты, как он применяется в Суде, на первый взгляд, может показаться недемократичным, так как подавляет индивидуальность членов Суда. На самом деле «обет молчания», наложенный на судей, служит действенной гарантией их реальной независимости. Он лишает государства-члены, а равно другие заинтересованные лица возможности оказывать давление на членов Суда, ибо установить, как на самом деле поведет себя судья в совещательной комнате, нереально.

Это особенно важно в тех делах, в которых ответчиками выступа государства-члены. Не будь в Суде принципа тайны совещательной комнаты, можно было бы предположить, например, что судьи — германские граждане часто голосовали бы в поддержку своей страны даже если ФРГ действительно нарушила право ЕС, французские судьи — «за» Францию и т.д. Вместо правовых интересов определяющее значение приобретали бы, таким образом, политические и иные соображения.