Основной административной единицей Сибири в XVII в. являлся уезд, территория которого состояла из прилегающих к центру русских селений-заимок, деревень, сел, слобод и несколько удаленных ясачных волостей, где жило местное население. Центром уезда был город или острог. Во главе стоял назначенный Сибирским приказом воевода с помощником, в небольших уездах—письменный голова.

Главными задачами местного управления были упрочение присоединенных районов в составе Русского государства, взимание ясака с местного населения сибирской тундры и тайги и обложение ясаком новых групп, земледельческое, освоение новых территорий и решение продовольственной проблемы методами феодальной эксплуатации.

К концу 17 века уездов было 19. До 1629 года Тобольский уезд считался главным и ему подчинялись все остальные уезды. Тобольский воевода был последником между сибирью и сибирским приказом. В связи с ростом территории затруднялось управление по этому сибирь была разделена на два разряда (области): западный подчинялась тобольску а восточный томску, позже появились еще два Енисейский и Ленский.

Воевода обычно присылался в Сибирь на два-четыре года. Воеводская канцелярия имела небольшой штат. Воевода ведал отрядами служилых людей, организовывал караульные службы, выполнял судебные и полицейско-карательные функции, организовывал сбор ясака и отправку собранной пушнины в Москву, вел торговлю вином, хлебными припасами, контролировал различные денежные сборы, в том числе торговые пошлины, по его указанию организовывались работы крестьян на десятинной пашне, собирались хлебный и денежный оброки.

Власть воеводы фактически была бесконтрольной. Произвол, взяточничество, в сибирских канцеляриях стали обычными.

Царское правительство не разрушало внутреннюю организацию аборигенных народов, а стремилось опереться на нее, привлекая на свою сторону родоплеменную знать. Поэтому уездное деление Сибири опиралось, с одной стороны, на систему русских военно-административных центров и крестьянских поселений, с другой — на родоплеменную организацию аборигенного населения.

Права и обязанности воевод в Сибири охватывали военные, судебно-административные, полицейские, финансово-податные и все другие стороны управления, вплоть до дипломатических сношений (в отдельных случаях) с правителями соседних народов.

Разрядный воевода обязан был обеспечивать оборону всей области и содействовать распространению власти русского царя на новые земли, представлять в Москву отчетную документацию за весь разряд. Для выполнения военных задач он наделялся правом мобилизации воинских команд из других уездов разряда.

Образование Сибирской губернии.

В первые годы после присоединения Сибирь управлялась Посольским приказом, с 1599 г. потеряла статус завоёванного государства и перешла в ведение Приказа Казанского дворца, а в 1637 г. был создан отдельный Сибирский приказ, ведавший всеми делами края.

Земли, подчинённые Сибирскому приказу, делились на уезды, волости и станы. Во главе уездов стояли воеводы. Наивысшей территориальной единицей был разряд, включавший в себя несколько уездов

18 декабря 1708 года Именным указом, объявленным из Ближней Канцелярии № 2218 «Об учреждении Губерний и о расписании к ним городов», образуется Сибирская губерния. 29 мая 1719 года губерния была подразделена на три провинции: Вятскую, Соликамскую и Тобольскую . 26 ноября 1724 года — из состава Тобольской провинции выделены Енисейская и Иркутская провинции. 29 апреля 1727 года — по именному указу Вятская и Соликамская провинции переданы в Казанскую губернию. 30 января 1736 года по именному указу Сибирская губерния подверглась дальнейшему делению: были выделены самостоятельные Сибирская провинция под управлением сибирского губернатора и Иркутская провинция под управлением особого вице-губернатора. 19 октября 1764 года — именным указом Сибирская губерния переименована в Сибирское царство с правом чеканить собственную монету с гербом Сибири. Царство было подразделено на Тобольское (на основе Тобольской провинции) и Иркутское (на основе Иркутской и Енисейской провинций) генерал-губернаторства.