Формирование Запорожской Сечи как своеобразной формы казацкой государственности после Люблинской унии вступило в новую фазу. Столица днепровской вольницы в разное время располагалась в разных, но хорошо защищенных природой местах. Так, после Хортицы она находилась на острове Томаковка (60-е гг. XVI в. – 1593 г.), затем – на р. Базавлук (1593–1638 гг.). Собственно Сечь или то укрепленное место, где размещалось казацкое управление, называли еще «Кошем». Жили казаки в сечи в куренях (большие дома – 40 на 12 м, были и служебные помещения – амбары, пекарни, церкви). Власть сечевого товарищества распространялась не только на «Кош Запорожский», но и на значительную территорию, которая называлась «землями Войска Запорожского» или «Запорожскими Вольностями».

Н.И. Костомаров называл Сечь «христианской казацкой республикой». Такое определение сохранило свое значение и в наши дни. Верховным органом управления Запорожской Сечи была сечевая рада, созывавшаяся ежегодно в начале января для выборов войсковой старшины (судьи, писаря, есаула и др.) во главе с кошевым атаманом, которого иногда называли гетманом. Кошевому атаману на раде вручалась булава (знак власти). Войсковыми клейнодами (знаками) являлись бунчук (медный или золоченый шар на деревянной рукояти с прикрепленным пучком волос из конского хвоста) и хоругви (флаги разных расцветок с изображением лика святых, крестов, оружия). Для засвидетельствования документов изготовлялись печати.

Низшую ступень командного аппарата возглавляли куренные атаманы, избиравшиеся казаками соответствующего куреня. Рада также решала важнейшие вопросы внутренней жизни и внешних отношений. Несогласное с решением рады меньшинство принуждалось к покорности большинством не только угрозами, но даже убийством. Демократизм в запорожской Сечи – классическая охлократия. Порядки в Сечи олицетворяли свободу личности и террор агрессивного большинства, аскетизм и разгул, благородство и жестокость, европейскую осторожность и азиатскую беспечность. Таким образом, у казачества выработалась противоречивая система власти и подчинения («агрессивная безэлитная демократия»).

Доктрина казачества – основателей Запорожской Сечи:

1. Признание Польшей особого статуса казачества с представлением ему экономических и социальных льгот.

2. Отказ польской шляхты и ополяченной украинской знати от колонизации Киевского Поднепровья.

3. Оборона украинских земель от турецко-татарской агрессии (с 1479г. Крымское ханство признало вассальную зависимость от Оттоманской Порты).

4. Защита украинско-белорусского населения от католической экспансии, помощь братствам.

Все казаки, считавшиеся свободными и равноправными, несли службу за свой счет. В Сечь не допускались женщины, хотя вне ее территории казаки имели семьи. Самоуправление Запорожья регулировалось обычным правом. Сечь стала оплотом православия па Украине. Вступление в запорожское товарищество начиналось с вопроса: «В бога веруешь?». А прибывали сюда, наряду с украинцами, белорусы, татары, поляки, евреи, грузины, турки, молдаване и др. Причем многие из них были образованными людьми и у себя на родине занимали высокое социальное положение.

Численность сечевого товарищества не была стабильной. Зимой в Запорожье находился небольшой гарнизон, который нес сторожевую службу. Но с наступлением весны Сечь превращалась в людской муравейник. В мирное время главным занятием запорожцев были промыслы и скотоводство. За 300 лет существования Запорожской Сечи казачество так и не выработало частную собственность на землю, поэтому часть угодий предоставлялась пользователям пожизненно, а большая часть распределялась ежегодно по жребию.

Запорожское войско формировалось по добровольному принципу.

Наибольшей эффективностью в бою отличалась казачья пехота, а первые

конные отряды появились у запорожцев после 1576 г., когда Стефан Баторий (передал в Сечь 2000 лошадей). Однако конница у запорожских казаков была слаба и малочисленна. Как правило, в июле месяце запорожцы на гребных судах «чайках» (в каждой по 50-70 человек) совершали морские походы и достигали Кафы, Варны, Стамбула и т.д.