Несмотря на, казалось бы, продолжающееся благочестие Ивана, его отношения с Макарием Московским становятся все холоднее и формальнее. Свою паранойю по отношению к боярам царь распространил и на духовенство. Особенно его раздражали печалования за опальных.

В сентябре 1563 года Макарий просит отпустить его с кафедры на покой в Пафнутьев-Боровский монастырь, но царь ему отказывает. В ноябре того же года он повторяет эту просьбу. Наконец, 31 декабря, митрополит Макарий преставляется ко Господу.

После смерти митрополита Макария митрополитом Московским стал бывший духовник царя Афанасий. Но он надоедает Ивану с печалованием за опальных. Год спустя Афанасий уходит на покой в Чудов монастырь. Следующий за ним - святитель казанский Герман – человек святой жизни.

Перед этим Иван Грозный удалился в Александровскую слободу (вотчина царя), то его условием для возвращения было, чтобы митрополиты, епископы и духовенство не надоедали ему со своими печалованиями. Но первое, что начинает Герман - говорит о покаянии. С этими «приставаниями», как это именуется в окружении Ивана, мириться не хотят - на него начинаются ложные доносы. Германа отпускают снова в Казань, но там он умирает через две-три недели от изнеможения и бессилия что-либо изменить.

После того, как не стало митрополита Германа, избрали в 1565 году соловецкого игумена Филиппа Колычева. При том мысль о нем подал сам Иван. Правда, Колычевых - знатный придворный боярский род - он давно знал.

Филипп ставит условием занятия московской кафедры уничтожение опричнины. Начинается диалог в ходе которого Филипп и царь приходят к компромиссу: Филипп занимает кафедру, не добившись отмены опричнины, но Иван IV восстановив право печалования.

Филиппа поставили 25 июля 1566 года. На некоторое время Иван затих, но неизменно на увещания, уговоры и обличения митрополита Филиппа Грозный отвечает так: «Молчи, отче. Молчи, повторяю тебе. И только благословляй нас по нашему изволению».[73]

Филипп все-таки продолжает быть на кафедре и даже в Кремле до 31 марта 1568 года. В этот день Иван впервые не получил от него благословения на службе в Успенском соборе. В это же время уже существовал в Александровской слободе шутовской монастырь, где служат опричники, переряженные в монахов. В этом ряженом обличии Грозный заявился на службу – это переполнило чашу терпения митрополита и тот объявляет, что «он не узнает царя», участвующего в делах богопротивных: «Убойся суда Божия, – сказал он, – мы здесь приносим Богу бескровную жертву, а за алтарем льется кровь неповинная. Я пришлец на земли и готов пострадать за Истину. Где же моя вера, если я умолкну?».[74] После этого обличения Филипп оставляет Кремль, но не кафедру, и переезжает в Чудов монастырь (он тоже в Кремле).

Разгневанный царь инспирирует суд над митрополитом, обвинив того в чародействе. Председательствовал на процессе новгородский архиепископ Пимен, судьи были либо запуганы, либо подкуплены. Устраивается следствие: на Соловках ищут против Филиппа компромат. Игумену Паисию, ученику Филиппа, обещали епископский сан, тот поддался и свидетельствовал против своего учителя. Митрополит Филипп был лишен сана по есть основания считать, что царь добивался смертной казни святителя, но под давлением священноначалия сожжение было заменено ссылкой в Тверской Отроч монастырь. По словам историка Р.Г. Скрынникова, «...суд над митрополитом нанес сильнейший удар по престижу и влиянию Церкви».[75]

По его свержении, царь выдвигает на митрополичью кафедру людей пассивных, предпочитавших не вмешиваться в дела государства. «Князь Курбский называет всех русских святителей страшного времени «потаковниками» и восклицает: «Где Илия, возревновавый ο Навуфеевой крови? Где Елисей, посрамивший царя израилева?»^[76]

В 1570 году поверив слухам об измене Новгорода, царь организовал на него военный поход, в ходе которого город был полностью разграблен. Новый митрополит Кирилл никак не проявил себя при погроме Новгорода, в котором «трудновосполнимый урон понес священнический и иноческий чин: игумены, иеромонахи, иеродиаконы и старцы были поставлены на правеж и забиты, священников и диаконов секли на площади. Архиепископский двор, дом святой Софии, многие монастыри и церкви были разграблены и поруганы. В царскую казну перешли огромные денежные средства».^[77]

По дороге царя в новгородский поход в тверском Отрочем монастыре Малютой Скуратовым был задушен митрополит Филипп. Досталось и осудившему Филиппа епископу новгородскому Пимену: его провезли по городу на белой кобыле в одежде шута, с бубном и волынкой, потом он был лишен сана и заточен в Веневский монастырь. Его преемника Леонида, по приказанию Грозного, зашили в медвежьи шкуры и затравили собаками. Максиму Греку за его смелые суждения о деспотизме московского князя, о подчиненности Русской Церкви светской власти и о повреждении церковного благочиния пришлось терпеть тягостное заточение.

По смерти митрополита Кирилла в 1572 году собрался собор епископов для поставления нового митрополита. На этом соборе царь Иоанн Грозный произнес смиренную речь с просьбой о разрешение ему четвертого брака. Предпочитая не вмешиваться, собор разрешил ему жениться в четвертый раз и лишь наложил на него трехлетнюю епитимию, которую царь вскоре нарушил, а в последствии еще три раза женился уже без всякого церковного благословения. Именно в период правления митрополита Антония было созвано два собора в 1573 и 1580 годов, на которых были еще сильнее урезаны имущественные права Церкви.

В начале 1581 г. митрополит Антоний скончался. На его место в том же году был поставлен бывший игумен новгородского Варлаамо-Хутынского монастыря Дионисий.