Православна церква після собору опинилася фактично поза законом. Уніати захоплювали православні церкви, їх майно, прихильники православя зазнавали утисків і переслідувалися. Уніатська церква, що виникла, стала сприяти посиленню полонізації українського населення. Але широкі маси українців: селяни, міщани, нижче духовенство, козаки, частина шляхти вперто боронили свою грецьку віру. Таким чином, в результаті Брестської унії 1596 року релігійні протиріччя ще більше загострилися. Православна церква перед небезпекою своєї загибелі пішла в 1599 році на союз з протестантами Речі Посполитої. Але і цей відчайдушний крок не приніс бажаного. Співвідношення сил продовжувало схилятися на користь уніатів.

Лише уніати офіційно вважалися легальною церквою “грецького” обряду в Україні. Православні громади на певний час залишилися без канонічно висвячених єпископів. Українська шляхта поступово переходила в католицтво, дедалі менше опікуючись захистом політичних та громадянських прав православних.Братства, основою яких було міщанство, також знесилювались внаслідок економічної та соціальної дискримінації у феодальному становому суспільстві. Проте вже з 1610-х років до оборони Православної церкви та інтересів віруючих активно прилучилася нова суспільна верства — козацтво. Історичною подією став вступ у 1615 році до Київського Богоявленського братства гетьмана Петра Сагайдачного разом з козацьким Військом Запорозьким. Під впливом такого союзництва активізувалося церковне життя. [7, 135-136]

У 1620 році за сприяння Сагайдачного та Київського братства був канонічно відновлений православний єпископат. Єрусалимський патріарх Феофан висвятив митрополита Київського Йова Борецького та п’ятьох єпископів. Феофан мав повноваження від Константинопольського патріарха, юрисдикція якого поширювалася на Київську митрополію. Було також дотримано давніх руських церковних звичаїв: кандидатів в ієрархи обирали в Києві представники всіх православних громад Речі Посполитої.

Події, які відбувалися після Берестейської унії кінця XVI — початку XVII ст. висвітлили ряд наболілих проблем українського суспільства. Вони піднесла дедалі зростаючу напруженість між Польщею та Україною на високоемоційний ідеологічний рівень. Католицька Польща тепер поставала як цілковита протилежність українському суспільству. Та українцям дорого коштувала культурна конфронтація з поляками: вона змусила українську верхівку вибирати між власною застиглою та зубожілою культурною спадщиною й привабливою польсько-католицькою культурою. Тому не дивно, що величезна більшість приймала католицтво й згодом неодмінно полонізувалася. Внаслідок цього українці втратили свою еліту — шляхту. Ці явища мали епохальне значення в їхній подальшій історії. [76, 49-52]

Іншим побічним продуктом конфронтації між православними й католиками, що мав далекосяжні наслідки, став, зокрема, поділ українців на дві конфесії. Це поклало початки багатьом різким відмінностям, які пізніше розвинулися між східними та західними українцями. Проте цей період ніс не лише невдачі для українського суспільства: релігійна полеміка спричинилася до культурного піднесення, а ворожнеча з поляками сприяла чіткішому усвідомленню українцями своєї самобутності.

Після Берестейської унії православна церква була поставлена на коліна, проте за визнання нової української православної ієрархії велася тривала боротьба з королівською владою та потужною партією католицького духовенства й шляхти, яка домінувала тоді в органах представницької та судової влади. Православний єпископат та всю церкву було легалізовано лише протягом 1632-1633 рр., вже після смерті короля Сигізмунда ІІІ, запеклого ворога православ’я. Легалізацію вдалося здійснити завдяки рішучим домаганням козацтва й православної шляхти і лише тоді, коли новим митрополитом Київським, архімандритом Києво-Печерської лаври став Петро Могила, який не будучи українцем, всією душею перейнявся долею українського народу [77, 23].