Дослідженням козацтва як соціально-політичного явища України займалось багато вчених. Але одне з найбільш обгрунтованих вивчень козацтва провів представник ліберального руху XIX ст. М. Костомаров. Зокрема, в 68 публікаціях М. Костомарова (з-понад 300 робіт вченого) зустрічаються поняття, пов'язані з козацтвом та його роллю в розвитку суспільства на Україні. [див.: 9, с.95].

У науці існує декілька теорій виникнення та розвитку козацтва. На основі багатьох наукових досліджень М. Костомаров розробив свою теорію. Підтримуючи точку зору М. А. Максимовича, вчений визначав козацтво як категорію соціально-політичну та історичну, а не етнічну. Причиною його виникнення М. Костомаров вважав зовнішні фактори - напад татар на Україну і гноблення народу Литвою та Польщею. Він глибше вивчив соціальні процеси, що виникали в середовищі козаків, проаналізував структуру козацтва, вказавши на поділ козацького стану в другій половині XVI ст. на низовців, або запорожців і городових, або українських козаків. Стверджував, що між городовими козаками з'явився стан підпомагачів, зобов'язаних займатися тільки землеробством і домашніми роботами. Вчений не розглядав козацтво як явище, властиве винятково Україні. Він відзначав появу козаків у середині XVI ст. у різних місцевостях Росії. З'явившись на берегах Дніпра і самовільно заснувавши Запорізьку Січ, вони зустрічалися також і в Східній Русі. На Нижній Волзі козаками називалися вільні працівники на річкових суднах. Його висновок: слово "козак" у XVI ст. в широкому розумінні сприймалося як так звана гуляща людина, тобто особа не зв'язана тяглом. Козацтво в широкому розумінні - це не особливий рід військ, а та маса народу, що шукала волі і виражала "протест народу проти державного гніту"[див.: 13, с.47 ].

М. Костомаров вважав, що на Україні козацтво одержало поширення у зв'язку з її своєрідним географічним положенням (найбільш сприятливий клімат та землі), а також історичними умовами, які ще більше вказували "холопам", що не хотіли підкорятися безправ'ю, потяг до козацтва. У менш заселених південно-західних степових районах країни (на Брацлавщині, Канівщині, Черкащині) із втікачів формувався порівняно однорідний прошарок громадян. Це було вільне збройне населення - козацтво, котре в умовах сусідства з татарами не лише відстоювало свободу боротьбою проти татарських нападів, а й займалось "промислами і торгівлею" [див.: 12, с. 49]

Дослідження сучасних вчених підтвердили висновки М. Костомарова з основних економічних питань. Розвиток торгового промислу набув важливого значення у добу формування козаччини. Військова здобич, яку, наприклад, за часів кошового отамана І. Сірка збирали у Криму і Туреччині, поступово втрачає роль для розвитку та збагачення козацтва. Надалі Запорізька Січ все більше перетворюється не на фортецю, а на тор торгове місто, своєрідну "вільну економічну зону" [див.: 9, с.96-97].

На відміну від поглядів деяких сучасників на козацтво, як на явище споконвічне, М. Костомаров показав його як суспільно-політичне явище, пов'язане з неминучим антагонізмом у феодальному суспільстві взагалі.

Аналізуючи склад козацтва, М. Костомаров відзначив, що вже при польських королях Сигізмунді І та Сигізмунді II Августі існувало два види козаків: одних набирали старости з королівських містечок і волостей, а інші збиралися у вільні загони і самі собі обирали керівників. Виникнення козацтва М. Костомаров відносить до кінця XV ст., вказавши на грамоту, видану в 1499 р. київським міщанам, у якій вперше письмово визначається поняття "козак". Вчений вказує на те, що козацтво і Січ виникли не з волі панства. М. Костомаров дотримується думки, що Запорізька Січ виникла через кілька років після того, як Д. Вишневецький побудував військові споруди на острові Хортиця, і що Січ стала "ядром вільного козацтва", яке утворювалося із втікачів - селян та міщан, тобто з "народного елементу". Вчений не дотримувався якоїсь конкретної дати утворення Січі. Він припускав, що спочатку постійне розміщення "вільного козацтва" було на острові Томаківка. Першу вказівку в письмових актах про заснування Січі вчений відносив до 1568 р. Його висновки: "напевно, утворення Січі вчинилося не раптом, а поступово з так званої "сіроми", якій ні за чим було шкодувати на батьківщині", або ще точніше - з "сільських холопів", що не хотіли скорятися своїм панам" [див.: 12, с.113].

Він виділяв козаків городових і запорізьких, а також "своєвільних". Останні формувалися переважно з "панських холопів". Своєвільні козаки самостійно вибирали собі керівників. При цьому в самому козацькому стані існувала диференціація: "утворювалась козацька старшина, в протилежність якій були козаки прості, котрих називали козацькою черню" [див.: 5, с. 786.]    

Заслуговують на увагу обґрунтовані погляди М. Костомарова на козацтво, як на продукт антагонізму феодального суспільства, як на соціальний стан, в якому воскресли старі стихії "вічової вольниці староруського світу", котрий завершував свою боротьбу із самодержавством. М. Костомаров вніс значний вклад у постановку, розробку та висвітлення історичних, політичних і філософських питань виникнення козацтва і організації Запорізької Січі. Певною мірою він очистив первісну історію козацтва від фантастичних вимислів літописців, описав кошацькі і селянські повстання, що передували визвольній війні 1648-1654 рр., ввів у науковий обіг цікаві подробиці з польських і турецьких джерел про козацькі битви за незалежність, включно до їх морських перемог.

Таким чином, за М. Костомаровим, в основі виникнення козацтва на Україні лежали явища, що мали місце в історії інших слов'янських народів, головним чином соціально-економічні мотиви та протиріччя в суспільстві.

У широкому діапазоні творчих пошуків визначного вченого головне місце займає пильний інтерес до боротьби українського народу за своє соціальне і національне визволення. Саме опозиційність до самодержавства, інтерес до історії масових народних рухів і становить основну цінність історичної та наукової спадщини М. Костомарова [див.:9, 101].