Все эти годы у России не было общегосударственной, общенациональной позиции по отношению к Приднестровью. Политика России в этом регионе складывалась из сложного комплекса ведомственных, корпоративных, личных взаимоотношений. Однако, можно проследить несколько центров принятия решений, непосредственно влиявших на ситуацию вокруг Приднестровья. Это МИД России, Генштаб ВС РФ, руководство Государственной Думы и позиция представленных в ней политических сил. Например, самостоятельная позиция Генштаба, в наибольшей мере соответствующая российским интересам, достаточно отчетливо проявилась во время во время вооруженного конфликта Приднестровья с Молдовой. Тогда МИД, руководимый Козыревым, проводил однозначно прозападную, а в данном случае- промолдавскую линию. Однако вмешательство 14 армии, открывшей ракетный огонь по молдавским позициям, не позволило ей занять стратегическую высоту, с которой простреливался Тирасполь. Это и решило исход вооруженной фазы конфликта, спасло Приднестровскую государственность. События 1999 года с марш-броском российских десантников в Косово, также считающиеся самостоятельным решением Генерального Штаба, предпринятым без согласования с МИД, позволяют провести параллель с событиями 1992 года в Приднестровье и утверждать, что решение о фактическом вмешательстве российской 14 армии в конфликт не было “самодеятельностью” генерала Лебедя.

С возглавлением МИДа Евгением Примаковым начинается новая линия этого ведомства в Приднестровском конфликте. Именно с его именем связывают появление в Меморандуме об основах взаимоотношений между Республикой Молдова и Приднестровьем от 8 мая 1997 года пункта 3, согласно которому “Приднестровье имеет право самостоятельно устанавливать и поддерживать международные контакты в экономической, научно- технической и культурной областях, а в других областях- по согласованию сторон”, что интерпретируется в ПМР как важный рубеж в признании своей государственности, сначала де-факто. Считается, что с подачи Примакова появился термин “общее государство”, который стал зацепкой именно для приднестровской стороны- его можно сколь угодно широко интерпретировать. Евгений Примаков является также инициатором идеи подключения Украины к переговорного процесса и привлечения ее в качестве государства –гаранта. При всей ее противоречивости, она находилась в русле интересов ПМР, была еще одой “зацепкой” для Приднестровья, препятствием для сдачи Приднестровья, особенно в контексте противоречивой и непоследовательной политики России. Линия МИД при преемнике Примакова Игоре Иванове характеризуется как выжидательная- раз в полгода в Приднестровье приходят просьбы “согласовать график вывода войск и вооружений”, однако никаких реальных шагов к этому не предпринимается.

Наиболее последовательным политиком, выступающим за ликвидацию государственности Приднестровья, является спикер Государственной Думы Геннадий Селезнев, а одной из основных сил, блокирующих Приднестровье-фракция КПРФ. Логика их рассуждений сводится к тому, что в ответ на помощь России в обеспечении своей территориальной целостности, Молдова, якобы, станет союзным России государством. Ставка делается на президента Молдовы Лучинского и коммунистическую фракцию-крупнейшую в молдавском парламенте. В значительной степени позиция Селезнева обусловлена его личными тесными взаимоотношениями с президентом Молдовы Петром Лучинским. С именем Селезнева связан думский скандал с принятием постановления “ О ходе выполнения соглашений по политическому урегулированию отношений между Республикой Молдова и Приднестровьем”. 19 февраля 1999 года Государственная Дума убедительным большинством голосов (за-261, против-0, воздержалось –4) приняла постановление “О ходе выполнения соглашений по политическому урегулированию отношений между Республикой Молдова и Приднестровьем”, в котором, в частности, констатируется, что “осуществляемая Республикой Молдова блокада Приднестровья противоречит заключенным соглашениям, тормозит политическое урегулирование отношений между Республикой Молдова и Приднестровьем и ведет к нарушению прав жителей Приднестровья…” ,постановляется обратить внимание президента РФ на опасность и недопустимость сокращения численности Оперативной группы войск России в Приднестровье, а правительству РФ пункте 4 предлагается “Во исполнение пункта 3 Меморандума об основах нормализации отношений между Республикой Молдова и Приднестровьем предложить Правительству Российской Федерации провести переговоры о заключении с Приднестровьем соглашения об экономическом, научно-техническом и культурном сотрудничестве”, т. е. признать ПМР де факто, “рекомендовать депутации Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации поддержать в Парламентском Собрании Союза Беларуси и России просьбу движения Приднестровья за присоединение к Союзу Беларуси и России статуса наблюдателя при Парламентском Собрании Союза Беларуси и России…рекомендовать депутатам Государственной Думы -членам МПА СНГ,ПАСЕ ПА ОБСЕ поставить вопрос о нарушении Республикой Молдова прав человека, в том числе на территории Приднестровья из-за ческой блокады Приднестровья”. Данное постановление не было подписано Геннадием Селезневым. Вместо этого спикер незаконно подписал внесенное депутатом С. Горячевой (фракция КПРФ) и отклоненный Госдумой вариант Постановления Государственной Думы “О ходе выполнения соглашений по политическому урегулированию отношений между Республикой Молдова и Приднестровьем”, в котором основной пункт 4 переформулирован и выхолощен: “Во исполнение пункта 3 Меморандума об основах нормализации отношений между Республикой Молдова и Приднестровьем предложить субъектам Российской Федерации, федеральным органам исполнительной власти, хозяйствующим субъектам Российской Федерации в соответствии с законодательством Российской Федерации провести переговоры о заключении с Приднестровьем соглашений об экономическом, научно-техническом и культурном сотрудничестве”. Несколько ранее,10 декабря 1998 года, Комитет ГД по делам СНГ принял решение рекомендовать Госдуме принять представленный группой депутатов проект постановления О ходе выполнения Меморандума об основах нормализации отношений между Республикой Молдова и Приднестровьем и о рекомендации по заключению договора об основах межгосударственных отношений, о дружбе и сотрудничестве между Российской Федерацией и Приднестровской Молдавской Республикой”, т. е. о признании ПМР де-юре. Однако дальнейшее прохождение этого проекта было заблокировано руководством Госдумы. “Линия Селезнева и КПРФ” оказалась проигрышной- никакие личные взаимоотношения с Лучинским не помешали активному участию Молдовы в создании антироссийского блока ГУУАМ, а молдавские коммунисты не смогли остановить процесс тотальной дерусификации в республике (это при том, что 30% населения Молдовы-не молдаване, как правило, русскоязычные). Непоследовательность по отношению к Приднестровью привела к укреплению позиций Украины в регионе. Например, на празднование десятилетия ПМР в сентябре 2000 года приглашена делегация УНА_УНСО, где члены этой организации будут награждены медалями за оборону ПМР.