Англія не заключала миру, Австрія готувалась до війни, а Росія була не надійним союзником проти цих країн, оскільки за Тильзитським миром і блокадою були не задоволені російські купці і поміщики. Крім того Росія в цей час воювала з Швецією.27 вересня - 14 жовтня 1808 р. за ініціативою Наполеона проходила його зустріч з Олександром І в Ехурті. Під час переговорів Наполеон домагався виступу Росії проти Австрії у разі нової війни з нею Франції. Але Олександр І не дав чітку згоду, міністр закордонних справ Наполеона Талейран вперше засумнівався у великій удачі і всемогутності французького імператора, він почав вести таємні переговори з російським царем за спиною Наполеона.

Весною 1809 р. Австрія уклала з Англією союз. Це була п’ята коаліція проти Франції. В ряді зіткнень армія Наполеона розгромила австрійців і 13 травня 1809 р. ввійшла в Вену, після цього у зіткненні біля Асперна (21-22 травня) австрійці отримали перемогу, але не змогли її використати.5-6 липня 1809 р. біля Ваг рама Наполеон завдав австрійській армії нищівного удару.14 жовтня в Шенбруні був підписний мирний договір. Австрія позбавлялася виходу в Адріатичне море, Істрія і Трієст були об’єднані з Дамінацією і приєднані до франції як імперська провінція. Австрія змушена була заплатити контрибуцію і приєднатися до блокади [14, 225].

У 1807 р. Наполеон вирішив змусити Португалію до участі в континентальній блокаді, але отримав відмову. Тоді він добився від Іспанії згоди на похід в Португалію французьких військ. В Португалії французьке вторгнення було відбите в результаті - повстання в цій країні і висадження англійських військ, підтриманих флотом [13, 187].

В липні 1808 р. всю Європу, залякану і придавлену наполеонівським пануванням, облетіла зовсім неочікувана новина - якраз за декілька днів до вступу Жозефа в Мадрид іспанці під Байленом оточили і примусили до капітуляції цілу наполеонівську дивізію під командуванням генерала Дюпана.

Це була перша поразка нанесена, як вважалось, зовсім непереможній армії. Підбадьорені цим, англійці в серпні 1808 р. висадили свої війська в Португалії і, в свою чергу, нанесли удар французам.

30 серпня Жюно підписав угоду про капітуляцію, однак на вигідних умовах: французькій армії було збережено зброю, вона була повністю евакуйована і зберігала право брати участь у військових діях, але Португалія була втрачена не зворотньо, і англійці отримали важливий плацдарм для майбутніх операцій і підтримки повстання в Іспанії.

Придушити повстання силами окремих французьких корпусів виявилося неможливим. Наполеон розумів, що в Іспанію потрібно рушити великою армією [8, 136].

В листопаді 1808 р. “велика армія" почала іспанський похід. Вже в грудні Наполеон вступив в Мадрид. Він видав ряд декретів, за якими знищувалась іспанська інквізиція, різко зменшувалась кількість монастирів і конфісковувались їхні володіння. Однак підкорення Іспанії супроводжувалось великими труднощами. Два місяці продовжувалась облога Сарагоси. І хоча французькі війська очолив один із кращих воєначальників, маршал Ланн, йому з великими труднощами вдалося оволодіти містом. Він був змушений здобувати вулицю за вулицею, будинок за будинком. Мету відкинути англійців в море, вдалося здійснити тільки частково - англійська армія відступила, але облоги вона уникла, встигнувши зійти на судна.

Вже в січні 1809 р. Наполеон поспішно змушений був залишити Іспанію через посилену підготовку до війни Австрії. Іспанський похід імператора не був доведений до кінця. Іспанські повстанці не були остаточно підкорені. Іспанська рана продовжувала кровоточити, і починаючи з 1808 р. це постійно і дуже болісно відчував Наполеон. Пізніше, вже на о. Св. Єлени він визнав, що його іспанська політика була серйозною помилкою.