В содержание государственного надзора входит наблюдение, оценка и прогнозирование здоровья населения в связи с состоянием среды его обитания, выявление причин и условий инфекционных и массовых неинфекционных заболеваний, разработка обязательных для исполнения предложений по проведению мероприятий, обеспечивающих санитарно-эпидемиологическое благополучие населения, контроль за проведением гигиенических и противоэпидемических мероприятий, соблюдение санитарного законодательства организациями и гражданами, применение мер пресечения санитарного правонарушения и привлечение к ответственности лиц, их совершивших.

Служба разрабатывает и утверждает в установленном порядке санитарные правила, нормы и гигиенические нормативы, что составляет основу для санитарно-эпидемиологического благополучия населения. Разновидности этих норм определяет Положение о Государственной санитарно-эпидемиологической службе, оно также конкретизирует сферы действия этих норм, правил и нормативов, например, они устанавливают гигиенические и эпидемиологические критерии безопасности и безвредности для человека продовольственного сырья, пищевых продуктов и питьевой воды, товаров народного потребления и объектов окружающей природной среды.

Должностные лица государственной санитарно-эпидемиологической службы для эффективного выполнения задач, возложенных на них, имеют широкий ряд полномочий:

1) полномочия, обеспечивающие необходимые условия для осуществления надзора;

2) беспрепятственно посещать и обследовать поднадзорные объекты;

3) получать от организаций и граждан сведения и документы, необходимые для выполнения возложенных на них задач;

4) изымать образцы (пробы) материалов, веществ, изделий, пищевых продуктов, воздуха, воды и почвы для лабораторных исследований и проведения гигиенической экспертизы;

5) требовать проведения гигиенических и противоэпидемических мероприятий;

6) выявлять и устранять причины и условия возникновения и распространения инфекционных заболеваний и др.

7) полномочия по пресечению нарушений санитарного законодательства (приостановление либо пресечение работ по проектированию и строительству; эксплуатация действующих предприятий, организаций и других объектов; решения по применению административного принуждения в виде мер пресечения о временном отстранении от работы граждан, являющихся носителями возбудителей инфекционных болезней и могущих быть источниками их распространения; решения об обязательной госпитализации инфекционных больных; о проведении дезинфекции, дезинсекции в очагах инфекционных заболеваний; о проведении профилактических прививок населению или отдельным группам граждан по эпидемиологическим показаниям);

8) полномочия по применению административных взысканий к лицам, виновным в нарушении санитарных правил;

9) полномочия требовать возмещения вреда, причиненного здоровью граждан, а также расходов лечебно-профилактических и санитарно-профилактических учреждений на проведение ими гигиенических, противоэпидемических и медицинских мероприятий при возникновении массовых заболеваний и отравлении людей.

Главные санитарные врачи и их заместители имеют право рассматривать материалы и дела о нарушениях санитарного законодательства и налагать за такие правонарушения административные взыскания в виде предупреждения и штрафа. Они также вправе направлять в правоохранительные органы материалы о нарушениях санитарного законодательства для решения вопросов о возбуждении уголовных дел (статья 51 Федерального закона от 30 марта 1999 года).

Согласно постановлению № 11 от 5 апреля 2000 года Председателя Правительства Российской Федерации В.В.Путина «О введении форменной одежды для должностных лиц, органов и учреждений Министерства здравоохранения Российской Федерации, осуществляющих государственный санитарно-эпидемиологический надзор принято предложение Министерства здравоохранения о введении форменной одежды и знаков различия.