В 1777 году в Крестцах был построен Екатерининский Собор . Первоначально был устроен один престол - в честь великомученицы Екатерины . Несколько позже были устроены ещё два престола - с южной стороны в честь святителя Никиты Новгородского , с северной стороны в честь св . Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова . Сообщение об устройстве нового придела в Екатерининском в честь святителя Никиты . Наводит на мысль о том , что Ямская Никитская церковь к этому времени перестала существовать , иначе в таком маленьком селении никто бы не стал устраивать второй одноимённый престол . Эту мысль подтверждает и точный факт : в середине Х I Х века церкви в Ямской слободе не было , а на её месте стояла старообрядческая молельня . Что произошло с деревянной церковью в Ямской слободе , посвящённой святителю Никите . Епископу новгородскому - пока совершенно не известно .

В 1854 году крестецкий помещик Н . Ф . Мусин - Пушкин по собственному доброму почину , на свои средства , решил восстановить Никитскую церковь на месте старообрядческой молельни . Учитывая огромное количество старообрядцев , было решено установить здесь не обычный , а единоверческий храм , т . е . такой в котором бы могли молиться и православные и старообрядцы . Единоверческих храмов в Новгородской губернии были считанные единицы . Их строили в целях постепенного сближения раскольников с православными . В единоверческом храме службы служились священниками по общему чину , но при особом староверском пении . Староверам разрешалось креститься двумя перстами , совершать свои особые поклоны , употреблять лестовки , но при этом они участвовали во всех таинствах православной церкви .

Деревянная церковь , украшенная резьбой в византийском стиле была построена в рекордный срок - за два месяца - с 6 октября по 6 декабря , когда и было совершено её освящение . На нём присутствовали первейшие лица : губернатор Новгорода - Москвин и губернский предводитель дворянства Бахметьев . Произошла новая смена престола . Вновь устроенный престол уже не мог быть посвящён святителю Никите Новгородскому , такой престол существовал в Екатерининском соборе . Поэтому церковь была посвящена великомученику Никите , память которого празднуется 28 сентября . В храме имелась большая старинная икона этого святого , которая впоследствии единственная спаслась из страшного пожара . Её очень почитали ямские староверы .

Величина церкви была в длину - 9 саж ., в ширину - 4 саж ., в высоту под крышу 3 саж ., а вся высота с крестом 8,5 саж . Имя архитектора неизвестно . В церкви служили два священника , дьячок и пономарь . Настоятелем был Иоанн Чистовский , у которого было две дочери Елизавета и Мария . Последняя стала женой второго священника - Александра Леонтьева ( будущего священника Троицкой церкви ). Священник , дьячок , пономарь жили в своих домах , второй священник жил в нанятой за свой счёт квартире . Земли при церкви не было . Приход состоял из 1824 человек .

В 1859 году 22 июля была большая буря , во время которой снесло колокольню . Новую колокольню на счёт доброхотных подаяний жителей СПб построили быстро .

Скоро стало ясно , что церковь не удобна для служения зимой из - за отсутствия печей и , к тому же , не вместительна , а народа на службы приходило очень много . Жители Ямской слободы стали ходатайствовать перед Новгородским архиепископом о строительстве другой большой церкви . Так началась история собственно Троицкой церкви .

Епархиальное начальство , утвердив проект , дало разрешение начать сбор средств на постройку новой церкви рядом с деревянной . Деньги стал собирать крестьянин Ямской слободы Андрей Васильев - именно он затем стал первым священником Троицкой единоверческой церкви . Нужную сумму собрали быстро , помогли два петербургских купца Мартынов и Мисурин , дав большую часть денег на её строительство , устройство высокого иконостаса , на написание новых икон , на отливку колоколов , расписывание фресками парусов и барабана , на покупку подсвечников и лампад .