Изменения в государственном управлении проявились в реорганизации системы органов исполнительной власти. 15 марта 1946 г. законом Верховного Совета СССР Совет народных комиссаров СССР преобразован в Совет Министров СССР, Совнаркомы союзных и автономных республик — в советы министров этих республик, наркоматы - в министерства. Совет Министров СССР обладал правом приостанавливать действие постановлений и распоряжений правительств союзных республик, отменять приказы и инструкции министров; он также непосредственно контролировал исполнение своих актов. Одни полагают, что преобразование Совнаркома в Совмин имело целью «введение общепринятых в международной государственной практике наименований», другие видят в этом «свидетельство повышения роли государственного аппарата в системе власти в СССР».

Выступая на заседании Пленума ЦК ВКП(б) 14 марта 1946 г. Сталин, разъясняя смысл переименований, отмечал, что народный комиссар или вообще комиссар отражает период неустоявшегося строя, период гражданской войны, период революционной ломки и прочее и прочее. Этот период прошел. Война показала, что наш общественный строй очень крепко сидит и нечего выдумывать такого, которое соответствует периоду неустоявшемуся и общественному строю, который еще не устоялся, не вошел в быт, коль скоро наш общественный строй вошел в быт и стал плотью и кровью, уместно перейти от названия «народный комиссар» к названию «министр». Это народ поймет хорошо, потому что комиссаров чертова гибель.

Далее, давая личностные характеристики отдельным министрам - вчерашним наркомам, Сталин высказал свое кредо в отношении этой важной государственной фигуры: «Нарком должен быть зверем, он должен работать и непосредственно нести ответственность за работу». Вождь делал все, чтобы выдвинутые по его инициативе на пост министров люди полностью и безоговорочно соответствовали этой формуле: при малейшем срыве в работе, вызвавшем неудовольствие Сталина, человек снимался с должности; нередко он становился заложником политической борьбы со всеми вытекавшими из этого факта последствиями.

Закон об образовании Правительства СССР - Совета Министров СССР — утвердил следующий его состав: И.В. Сталин — Председатель Совета Министров СССР и министр Вооруженных Сил СССР; В.М. Молотов был назначен заместителем Председателя и министром иностранных дел СССР, Л.П. Берия, А.А. Андреев, К.Е. Ворошилов, А.Н. Косыгин - заместителями Председателя;

А.И. Микоян получил пост заместителя Председателя и министра внешней торговли СССР, Н.А. Вознесенский - заместитель Председателя и председателя Госплана СССР, Л.М. Каганович - заместитель председателя и министра промышленности стройматериалов.

К общесоюзным были отнесены 30 министерств, а к союзно-республиканским - 19. К общесоюзным были отнесены министерства: авиационной промышленности, внешней торговли, вооружения, геологии, заготовок, морского флота, путей сообщения, цветной металлургии и др., а к союзно-республиканским: внутренних дел, Вооруженных Сил, высшего образования, государственной безопасности, здравоохранения, иностранных дел, финансов, юстиции и др. В последующие годы их число в связи с реорганизациями неоднократно менялось. Упразднялись некоторые наркоматы, например Военно-Морского Флота (с включением военно-морских сил в состав Наркомата Вооруженных Сил, в 1950 г. стало отдельным министерством), танковой промышленности с передачей его предприятий Министерству транспортного машиностроения, боеприпасов с передачей его предприятий Министерству сельскохозяйственного машиностроения. В промышленности были образованы новые министерства: транспортного машиностроения, сельскохозяйственного машиностроения, строительства предприятий тяжелой индустрии, строительного и дорожного машиностроения и др.

После упразднения ГКО при СНК СССР были созданы два оперативных бюро: одно под председательством Л.П. Берия по вопросам работы промышленных наркоматов и железнодорожного транспорта, другое - под председательством В.М. Молотова по вопросам работы наркоматов и ведомств обороны, Военно-Морского Флота, сельского хозяйства, продовольствия, торговли, финансов, здравоохранения, образования и культуры. В марте 1946 г. оба бюро были преобразованы в Бюро Совета Министров СССР в составе:

Л.П. Берия (Председатель), Н.А. Вознесенский (заместитель), А.Н. Косыгин (заместитель), В.М. Молотов, А.А. Андреев, А.И. Микоян, К.Е. Ворошилов, Л.М. Каганович - члены Бюро. Затем Председателем Бюро стал Сталин, а в апреле 1950 г. было образовано Бюро Президиума Совета Министров СССР, которое рассматривало срочные вопросы текущего характера и секретные вопросы (оборона, военная промышленность, иностранные дела, внешняя торговля, государственная безопасность).

Создание двух оперативных органов — Президиума и Бюро Президиума Совета Министров СССР отражало стремление Сталина сохранить хотя бы видимость своего полного контроля за решением всех важнейших государственных дел — никому не доверяя, он был вынужден осуществлять управление страной «вручную». Однако Сталин не мог председательствовать на всех заседаниях Бюро и Президиума Совета Министров СССР. Председательствовали по очереди заместители Председателя (тогда это были Булганин, Берия, Маленков). Таким образом, очень многие важные вопросы жизни страны решались без непосредственного участия главы государства.

Особое место среди государственных органов занимал Специальный комитет при ГКО, образованный 20 августа 1945 г. После упразднения ГКО Спецкомитет при ГКО был преобразован в Спецкомитет при СНК СССР. В его состав входили: Л.П. Берия (председатель), Г.М. Маленков, Н.А. Вознесенский, Б.Л. Ванников, А.П. Завенягин, И.В. Курчатов, П.Л. Капица, В.А. Махнев, М.Г. Первухин. На Спецкомитет возлагалось руководство «всеми работами по использованию внутриатомной энергии урана». Сюда относилось и развитие научно-исследовательских работ, и создание сырьевой базы по добыче урана, и организация промышленности по его переработке, и строительство атомно-энергетических установок, и, наконец, разработка и производство самой атомной бомбы. На Берию также возлагалась организация закордонной разведки для получения информации об урановой промышленности и атомной бомбе. При комитете был создан Технический совет членами которого являлись прославленные ученые - А.И. Алиханов, А.Ф. Иоффе, П.Л. Капица, И.К. Кикоин, И.В. Курчатов, Ю.Б. Харитон, В. Г. Хлопин. Непосредственное руководство всеми работами поручалось Первому главному управлению при СНК СССР, подчинявшемуся Спецкомитету. Комитет наделялся обширными (исключительными) правами: для обеспечения возложенных на него заданий он мог издавать распоряжения, «обязательные к выполнению для наркоматов и ведомств», имел свой аппарат и финансирование. Создание Спецкомитета - блестящий пример оригинального подхода к решению не только сложнейшей политической и научно-технической, но и управленческой задачи, что позволило в кратчайшие сроки ликвидировать атомную монополию США. Опыт деятельности Спецкомитета сыграл большую роль в становлении военно-промышленного комплекса СССР.

Реформа органов исполнительной власти - это, пожалуй, единственная завершенная реформа в послевоенном управлении страны. При всей ее важности она ни в коей мере не затрагивала политическую природу строя.