Начиная с XIII в. центральный аппарат империи во главе с императором лишь номинально являлся носителем государственной власти, а фактически находился в руках или под контролем курфюрстов. Его деятельность на местах была в значительной степени парализована реальной властью территориальных князей, постепенно превращающихся в настоящих монархов.

После окончательного установления верховенства римских пап над церковью император утратил положение главы церкви и перестал наделять епископов и аббатов церковными полномочиями.

Избрание императора стало производиться узкой коллегией князей, которая при избрании перестала учитывать права наследников умерших императоров. Таким образом, мог быть избран любой кандидат княжеского рода, угодный коллегии.

Император продолжал оставаться верховным судьей в империи, что было связано с традиционными обязанностями королевской власти поддерживать "мир" и осуществлять правосудие. Однако эта прерогатива императора осталась, по существу, единственной и к тому же постепенно утрачиваемой регалией. Император практически лишился возможности облагать подданных налогами и получал доходы только со своих собственных земель. Попытки Фридриха Барбароссы возобновить императорские регалии - права на доходы от использования дорог и рек, от портов, таможен и монетных дворов, а также ввести подушевой и земельный налоги окончились безрезультатно.

Императорская власть не смогла создать систему центральных имперских учреждений и "вырастить" королевскую бюрократию, сколько-нибудь сравнимую с бюрократическим аппаратом в Англии и Франции. Империя фактически не имела столицы, казначейства, профессиональной канцелярии, профессионального центрального суда.

После гибели династии Штауфенов в борьбе с папами в Германии с 1250 по 1273 г. не было императора. В этот период междуцарствия были утрачены многие коронные земли и регалии, отошедшие к князьям. В дальнейшем до 1356 года императорский титул поочередно присваивался представителям многих династий, пока в 1438 году окончательно не закрепился за Габсбургами. Император продолжал оставаться главой государства, олицетворял единство империи, но не имел реальной власти. Он исполнял в основном функции военного и внешнеполитического координатора действий немецких феодалов. Это положение было юридически санкционировано "Золотой буллой" 1356 г., изданной германским императором и чешским королем Карлом IV.

"Золотая булла" закрепила исторически сложившуюся практику, при которой управление Германией фактически сосредоточивалось в руках семи курфюрстов. Князья-избиратели большинством голосов определяли выбор императора. Булла предусматривала превращение коллегии курфюрстов в постоянно действующий орган государственного управления. Ежегодно в течение одного месяца должен был проходить съезд коллегии для обсуждения государственных дел. Коллегия имела право суда над императором и его смещения.

"Золотая булла" признала полную политическую самостоятельность курфюрстов, их равенство императору. Она закрепила права их территориального верховенства, установила неделимость курфюршеств, переход их по наследству. Таким образом, в Германии была юридически оформлена олигархия нескольких крупнейших феодалов, сложившаяся еще до "Золотой буллы". Курфюршества были объединены только общим подданством императору и не обладали лишь правом самостоятельно объявлять войну и заключать мир с иностранными государствами (эта прерогатива сохранялась за императором).

С XIV-XV вв. в Германии помимо императора существовали еще два общеимперских учреждения - рейхстаг и имперский суд. Рейхстаг был общеимперским съездом (букв. "имперский день"), который с XIII в. созывался императором достаточно регулярно. Его структура окончательно оформилась в XIV в.