1. Придаточная часть сложноподчиненного предложения отделяется или выделяется запятыми: Пока жена готовила завтрак,  Данилов вышел в огород (Пан.); Сколько он сидел у поверженной ели,  Андрей не помнил (Буб.); Её пронзительный резкий голос,  какие бывают только на юге,  рассекал расстояние, почти не ослабевая (Павл.); Капустин обещал договориться с начальником школы,  чтобы он увеличил Мересьеву число вылетов,  и предложил Алексею самому составить себе программу тренировок (Пол.); Впрыскивание воды может служить прямым доказательством,  что болевые влияния сами по себе не в состоянии понизить секрецию (И.П.); Старик приказал сварить мясо по-настоящему,  чтобы оно имело хороший вид (Сем.).

2. В составе сложноподчиненного предложения может быть неполное предложение — в главной части или придаточной:

1) неполное в главной части: Вот уже  два  года, как мы женаты (ср.: Мы женаты вот уже два года — простое предложение); Уже месяц,  как он вернулся с юга (ср.: Он уже месяц как вернулся с юга — запятая перед союзом как «оторвала» бы сказуемое от подлежащего); Уже три недели,  как мы здесь (ср.: Мы уже три недели как здесь — обстоятельство места выражено сочетанием как здесь ); но: Третий день как он здесь — простое предложение, тогда как в приведенных выше примерах в главной части предложения подразумевались слова: прошло с того времени, с того момента;

2) неполное или близкое к неполному в придаточной части: Трудно было понять, в  чём дело;  Готов помочь,  чем смогу;  Постепенно научились разбираться,  что к чему (ср.: Поймёшь, что к чему ); Люди знают,  что делают;  Проходите,  кто уже с чеками;  Садитесь,  где свободно;  Делайте всё,  что нужно;  Поставьте,  как вам удобно;  Сообщите,  кому следует;  Ругали решительно все,  кому не лень (с оттенком уточнения; ср.: Листовки свалены в кучу, их берут все кому не лень — фразеологический оборот со значением «всякий, кто хочет, кому вздумается»); Пошлите, куда необходимо; но: Делай что хочешь и т. п. (см. § 41, п. 2).

3. Если главная часть сложноподчиненного предложения находится внутри придаточной (в разговорном стиле речи), то запятая обычно ставится только после главной части (а перед ней не ставится); ср.: Хозяйством  нельзя сказать,  чтобы он занимался… (Г.) — Нельзя сказать, что бы он занимался хозяйством; Но слова эти  мне неудобно,  чтобы ты сказала… (Герц.) Но мне неудобно, чтобы ты сказала эти слова.

Не выделяются запятыми слова видишь, знаешь и т. п. в вопросительно-восклицательных предложениях типа: А он знаешь какой хороший!; А он видишь что делает? (см. § 25, п. 8).

4. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения в случаях:

1) если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не: В море, в качке, спишь  не когда хочешь, а когда можешь (Гонч.); Попытайтесь выяснить  не что они уже сделали, а что они собираются ещё сделать;  Я пришёл  не чтобы мешать вам в работе, а, наоборот, чтобы помочь;  Римские полководцы считали важным установить  не сколько войск противника перед ними, а где они;  Он знает  не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают;

2) если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз и, или, либо и т. д. (обычно повторяющийся): Учтите  и что он сказал, и как он это сказал;  Он не слышал  ни как сестра вошла в комнату, ни как потом бесшумно вышла;  Я отвечу на ваш запрос  или когда прибудет очередной номер информационного бюллетеня, или когда сам наведу нужную справку, ср. также при одиночном союзе: Не представлял себе  и как выбраться из создавшегося положения;  Я знаю  и как это делается;  Мальчика прощали  и когда он никого не слушался, но (при обратном порядке главной и придаточной частей): Как звали этого мальчика,  и не припомню;

3) если придаточная часть состоит из одного союзного слова (относительного местоимения или наречия): Я бы тоже желал знать  почему (Л.Т.); Не знаю  почему,  но я его не понимал (Триф.); Он ушёл и не сказал  куда;  Он обещал скоро вернуться, но не уточнил  когда;  Трудно сказать  почему;  Мать определяла температуру ребёнка губами: приложит их ко лбу и сразу определит  сколько;  Кто-то подал больному чашку воды, он даже не взглянул кто; Я не скажу  какое,  я говорю — большое несчастье.

Не ставится запятая и если имеется несколько относительных слов, выступающих в роли однородных членов предложения: Не знаю  почему и каким образом,  но письмо вдруг исчезло; Позвонят — расспроси  кто и зачем.

Если при союзном слове имеется частица, то постановка запятой факультативна; ср.: Я не помню,  что именно;  Он затрудняется сказать,  что ещё;  Эту цитату можно будет найти, я даже помню  примерно где.

В условиях контекста возможна постановка запятой и перед одиночным союзным словом; ср.: Что же надо делать? Научите,  что (усиленное логическое выделение местоимения). — Одно время он что-то шептал, не могли понять —  что? (А.Т.) (постановка тире подчеркивает значение местоимения и оправдывается вопросительной интонацией).

5. Если перед подчинительным союзом стоят слова особенно, в частности, то есть, а именно, например, а также, а просто и т. п. с присоединительным значением, то запятая после этих слов не ставится (ср. § 24, п. 4): Не хочется школьникам весной учиться,  особенно  когда тепло и ярко светит солнце; Пришлось проводить дополнительную исследовательскую работу, в  частности  когда началась экспериментальная проверка действия станка; Автор имеет право на получение части гонорара в соответствии с условиями договора,  то есть  когда рукопись одобрена издательством; Экспедицию придётся закончить досрочно при неблагоприятных условиях, а  именно  когда начнётся сезон дождей; На всякий случай имейте при себе удостоверение личности,  например  когда будете получать деньги по почтовому переводу; Аспирант приехал в Москву для встречи со своим научным руководителем, а  также  чтобы поработать в архивах.

6. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается; ср. § 20): Катя вышла из столовой,  как раз  когда мы шагнули друг к другу через какие-то чемоданы (Кав.); Я эту работу выполню,  только  если буду свободен (ср.: …если только буду свободен); Он приехал,  исключительно  чтобы помочь мне (ср.: Он приехал не только чтобы повидаться со мной, но и чтобы оказать мне помощь — в лияние отрицательной частицы не).

Не ставится запятая после выделительных частиц вот, ведь, стоящих перед подчинительным союзом в придаточной части, предшествующей главной: Хвастаться пока особо нечем,  вот  как работу выполним, тогда приезжайте.

7. Если между главной и придаточной частями сложноподчиненного предложения стоит вводное слово, то оно выделяется запятыми на общих основаниях: Он подумал,  возможно,  что я не хочу с ним встречаться; Если есть спрос на что-либо,  значит,  будет и предложение. Отнесение вводного слова по смыслу к главной или придаточной части определяется условиями контекста; ср.: Он сердился,  по-видимому,  потому что лицо его было возбуждённым (вводное слово относится к главной части: возбужденное лицо может быть следствием, а не причиной его состояния). — Он торопился потому,  по-видимому,  что боялся опоздать на заседание  (вводное слово относится к придаточной части, о чем свидетельствует расчлененность сложного подчинительного союза; см. § 34, п. 2).