Защита прав авторов и других патентообладателей может осуществляться как в судебном, так и в административном порядке. Так, в соответствии со ст. 1406 ГК предусмотрены случаи судебной защиты прав, как авторов, так и других патентообладателей.

В частности, в судебном порядке рассматриваются:

1) об авторстве изобретения, полезной модели, промышленного образца;

2) об установлении патентообладателя;

3) о нарушении исключительного права на изобретение, полезную модель или промышленный образец;

4) о заключении, об исполнении, об изменении и о прекращении договоров о передаче исключительного права (отчуждении патента) и лицензионных договоров на использование изобретения, полезной модели, промышленного образца;

5) о праве преждепользования;

6) о праве послепользования;

7) о размере, сроке и порядке выплаты вознаграждения автору изобретения, полезной модели или промышленного образца в соответствии с ГК;

8) о размере, сроке и порядке выплаты компенсаций, предусмотренных настоящим Кодексом.

Судебный порядок - это наиболее приспособленный для установления истины порядок защиты нарушенного субъективного права. Формой обращения в суд за защитой нарушенного или оспариваемого права является исковое заявление, которое в соответствии с нормами гражданско-процессуального законодательства предъявляется по месту нахождения ответчика.

Споры об авторстве возникают в тех случаях, когда утверждается, что действительным автором является другое лицо, а не то, чье имя упоминается в патенте в качестве автора изобретения. Другими словами, здесь ставится вопрос о том, что авторство было присвоено другим лицом. Таким образом, гражданско-правовая защита нарушенного права авторства заключается в том, что предъявляется иск о признании права авторства либо об исключении того или иного лица (лиц) из числа соавторов.

Спор об авторстве может быть решен только после того, как будет решен вопрос о том, является ли заявленное решение изобретением, соответствующим условиям патентоспособности, поскольку без решения этого вопроса спор об авторстве в рамках закона невозможен. Однако это не лишает автора технического новшества отстаивать право авторства в рамках такого института интеллектуальной собственности как ноу-хау (секреты производства).

Споры о соавторстве означают, что заявитель не ставит под сомнение авторство лица, указанного в качестве такового в патенте. Однако он утверждает, что в достигнутом решении технической задачи имеется и его творческий вклад. В свою очередь лицо, оформившее изобретение на свое имя, либо полностью отрицает причастность заявителя к разработке изобретения либо утверждает, что его участие не носило творческого характера, а сводилось лишь к оказанию технической, материальной или организационной помощи.

Спор об установлении патентообладателя предполагает, что, по мнению истца, в патенте неправильно указан патентообладатель.
Нарушение исключительных прав на изобретение, полезную модель, промышленный образец означает, что были нарушены исключительные права на использование указанных объектов, а также исключительное право на распоряжение ими.

Спор о праве преждепользования означает, что физическое или юридическое лицо, которое до даты приоритета изобретения, полезной модели, промышленного образца добросовестно использовало на территории Российской Федерации созданное независимо от его автора тождественное решение или сделало необходимые к этому приготовления, требует в судебном порядке признать его право на дальнейшее их безвозмездное использование без расширения объема такого использования.

Спор о праве послепользования предполагает, что оспаривается право лица, которое в период между датой прекращения действия патента на изобретение, полезную модель или промышленный образец и датой публикации в официальном бюллетене Роспатента сведений о восстановлении действия патента начало использование запатентованных изобретения, полезной модели или промышленного образца либо сделало в указанный период необходимые к этому приготовления, на дальнейшее его безвозмездное использование без расширения объема такого использования.

Споры о праве автора на вознаграждение включают споры о вознаграждении за использование изобретений, полезных моделей, промышленных образцов, созданных в порядке выполнения служебного задания, при выполнении работ по государственному контракту для федеральных государственных нужд или нужд субъекта федерации и т.д.

Под компенсациями, предусмотренными в ст. 1406 ГК, имеются в виду компенсации, выплачиваемые лицами, использующими изобретения в период действия временной правовой охраны, а также компенсации , выплачиваемые при использовании изобретений, полезных моделей, промышленных образцов в интересах национальной безопасности (ст.1360 ГК), компенсации выплачиваемые работодателем работнику автору в случае создания служебного объекта промышленной собственности (п. 4 ст. 1370 ГК) и т.д.
Способы защиты нарушенных прав (как имущественных, так и личных неимущественных) авторов и патентообладателей установлены в ст. 1251, 1252 ГК.

Специфическим способом защиты является предусмотренное ст. 1407 ГК право патентообладателя в соответствии с подпунктом 5 пункта 1 статьи 1252 ГК потребовать публикации в официальном бюллетене федерального органа исполнительной власти по интеллектуальной собственности решения суда о неправомерном использовании изобретения, полезной модели, промышленного образца или об ином нарушении его прав. Такое право следует рассматривать как самостоятельный способ защиты нарушенных гражданских прав.

Согласно п. 2 ст. 1406 ГК в случаях, указанных в статьях 1387, 1390, 1391, 1398, 1401 и 1404 ГК, защита патентных прав осуществляется в административном порядке в соответствии с пунктами 2 и 3 статьи 1248 ГК. В частности, в п. 2 ст. 1243 ГК говорится о том, что в случаях, предусмотренных ГК, защита интеллектуальных прав в отношениях, связанных с подачей и рассмотрением заявок на выдачу патентов на изобретения, полезные модели, промышленные образцы, предоставления этим результатам и средствам правовой охраны или с ее прекращением, осуществляется в административном порядке (пункт 2 статьи 11) федеральным органом исполнительной власти по интеллектуальной собственности.

Административный порядок предполагает обращение за защитой нарушенного или оспариваемого права не в суд, а в специальные подразделения Патентного ведомства.

Таким подразделением являются структурное подразделение Роспатента - Палата по патентным спорам
Административный порядок защиты применяется уже на стадии рассмотрения заявки.

В административном порядке рассматриваются споры, связанные с отказом в выдаче патента, с признанием его недействительным, а также с отказом патентообладателя от заключения лицензионного договора.

В процессе рассмотрения подобных споров заявитель имеет ряд процессуальных прав. В частности, он имеет право затребовать от Роспатента копии противопоставленных заявке материалов, ходатайствовать о проведении по заявке, прошедшей формальную экспертизу с положительным результатом, информационного поиска для определения уровня техники, в сравнении с которым будет осуществляться оценка новизны и изобретательского уровня заявленного предложения, и, наконец, имеет право знакомиться со всеми материалами, указанными в запросе экспертизы, решении экспертизы или отчете о поиске.

Однако, оценивая этот порядок в целом, следует указать, что он все же уступает судебному по степени правовой защищенности. В свое время ставился вопрос о создании специальных патентных судов, которые рассматривали бы все споры, связанные с правовой охраной изобретений, полезных моделей, промышленных образцов, в том числе споры, связанные с отказом в выдаче патента. Однако законодатель все же счел необходимым вернуться к ранее существовавшему административному порядку рассмотрения отдельных видов споров, в частности, споров по поводу отказа в выдаче патента. Этот порядок заключается в том, что споры рассматриваются не в суде, а в специальном подразделении Роспатента (в настоящее время в Палате по патентным спорам).

Обусловлено это тем, что указанные споры носят преимущественно технический, а не юридический характер. Поэтому даже самые квалифицированные юристы не смогли бы решить его по существу.

Административный порядок защиты применяется в следующих случаях:

решение Роспатента об отказе в выдаче патента на изобретение, о выдаче патента на изобретение, о признании заявки на изобретение отозванной (п. 3 ст. 1387 ГК);

решение Роспатента о признании заявки на полезную модель отозванной, об отказе в выдаче патента на полезную модель, о выдаче патента на полезную модель (ст. 1390 ГК);

решение Роспатента о признании заявки на промышленный образец отозванной, об отказе в выдаче патента промышленный образец, о выдаче патента на промышленный образец (ст. 1391 ГК);

решение Роспатента о выдаче патента на изобретение, полезную модель, промышленный образец в тех случаях, когда в соответствии с п. 1 ст. 1398 ГК патент был признан полностью или частично недействительным;

решение Роспатента, принятое по заявке на выдачу патента на секретное изобретение (ст. 1401 ГК);

решение Роспатента о признании патента на секретное изобретение недействительным (ст. 1404 ГК).