Согласно Конституции РФ главенствующую роль в государственной системе играет Президент РФ. Статус главы государства предопределяет объем его полномочий по обеспечению единства и устойчивости системы государственной власти, ее эффективного функционирования в условиях разделения власти на законодательную, исполнительную и судебную. Президент должен обеспечить положение, при котором все органы государственной власти выполняют свои конституционные обязанности в пределах своей компетенции.

Положение Президента в системе органов государственной власти связано с конституционными прерогативами главы государства по отношению прежде всего к исполнительной власти.

Наделенные широкими полномочиями и постоянно взаимодействующие Президент и правительство – два самостоятельных носителя государственной власти, в значительной степени соприкасаются при выполнении возложенных на них функций. Взаимоотношение Президента РФ с Правительством регламентируются не только Конституцией, но и федеральными законами

Президент обеспечивает согласованное функционирование и взаимодействие Правительства и других органов власти, прежде всего с палатами Федерального собрания.

Президент может влиять на деятельность Правительства: утверждает структуры федеральных органов исполнительной власти; назначает заместителей Председателя Правительства и министров; право председательствовать на заседаниях Правительства; контроль за законностью его актов; непосредственная подчиненность ему силовых ведомств. Президент имеет право отправлять Правительство в отставку, или принять отставку премьера, которая влечет за собой отставку Правительства в целом.

В связи с этим правительство органы исполнительной власти более тесно связанны с Президентом, нежели другие ветви власти.

В судебной сфере Президент РФ представляет Совету Федераций кандидатуры для назначения на должности судей Конституционного Суда, Верховного Суда и Высшего Арбитражного Суда. В сою очередь, при решении вопроса отрешения Президента от должности Верховный Суд дает заключение о том, что в действиях Президента имеются признаки состава преступления; Конституционный Суд дает заключение о соблюдении установленного порядка выдвижения обвинения.

Объединительная функция Президента РФ проявляется в том, что он, согласно Конституции, обеспечивает согласованное функционирование и взаимодействие органов государственной власти. Президенту предоставлено право использовать согласительные процедуры для разрешения разногласий между органами государственной власти РФ и органами государственной власти субъектов Федерации, а также между органами государственной власти этих субъектов.

В основе регулирования отношений между Президентом и Федеральным Собранием лежит обеспечение самостоятельности и независимости этих властных институтов, но это не значит, что они полностью разделены. С одной стороны, установлены обязательные связи между ними (обращение Президента к Федеральному Собранию, представление Президентом законопроектов, кандидатов на соответствующие должности). С другой стороны существует система противовесов в виде возможности отрешения Президента от должности и роспуска Президентом Государственной Дымы Федерального Собрания. Президент вправе принимать указы и распоряжения. Президент может отклонить федеральный закон, принятый Государственной Думой, но в установленном порядке Государственная Дума и Совет Федераций могут преодолеть это вето.

При Президенте действует ряд консультационных органов: Совет Безопасности, учрежденный Указом Президента РФ от 3 июня 1992 года и Государственный Совет, образованный 1 сентября 2000 года, где он председательствует. Президент формирует также свою администрацию и осуществляет общее руководство ею. При этом сама администрация органом власти не является. В структуру президентской власти входят полномочные представители Президента в федеральных округах.

Реализуя свои конституционные полномочия, Президент через своих полномочных представителей в Государственной Думе, Совете Федераций и Конституционном Суде РФ взаимодействует с законодательной и судебной ветвями власти.

Место Президента в системе органов государственной власти определилось не сразу. С введением в РСФСР института президента и выборами первого Президента РСФСР была заложена основа конституционного кризиса. Кризис был предопределен половинчатостью конституционной реформы 1990-1991 годов, когда в Конституцию РСФСР 1978 года были введены элементы механизма разделения властей и введена должность Президента РСФСР, при сохранении неопределенного статуса Съезда Народных Депутатов как высшего органа государственной власти, имеющего право принять к своему рассмотрению и решить любой вопрос, отнесенный к ведению РСФСР. Это привело к противоречиям конституционных норм, не разграничивших полномочия исполнительной, законодательной и судебной власти.

Это спровоцировало противостояние и противопоставление формальных полномочий исполнительной власти во главе с Президентом РСФСР и законодательных органов в лице Съезда Народных Депутатов и Верховного Совета РСФСР.

Замена Советов народных депутатов другой системой представительных учреждений в 1993 году представлялась решением развязки противоречий в системе государственной власти. Все вопросы и проблемы, касающиеся взаимоотношений и взаимодействия главы государства и парламента были сформулированы в проекте новой Конституции 1993 года.

Конституция 1993 года поставила точку в разногласиях между Президентом и парламентом. Парламент становился в прямом смысле законодательным органом и статусно выравнивался с другими ветвями власти, обеспечивая тем самым необходимый конституционно-правовой баланс.

Следствием вышеизложенного можно считать, что Президент РФ, являясь главой государства, организовывает взаимодействие всех ветвей власти, обеспечивая тем самым согласованное их функционирование.