Военным судом среднего звена являются суды военных округов, флотов и видов войск. Окружной (флотский) военный суд действует на территории одного или нескольких субъектов Федерации, на которых дислоцируются воинские части и учреждения Вооруженных Сил РФ. Военный суд округа (флота) образуется в составе председателя, его заместителей и судей.
Компетенция суда военного округа (флота):

1) Рассматривает в первой инстанции гражданские дела, связанные с государственной тайной, уголовные дела, отнесённые к компетенции данного военного суда УПК РФ, и дела по заявлениям о присуждении компенсации за нарушение права на судопроизводство в разумный срок или права на исполнение судебного акта, а разумный срок по делам, подсудным гарнизонным военным судам;

2) В пределах, установленных законом, рассматривает дела по жалобам и представлениям на решения, приговоры, определения и постановления гарнизонных военных судов, принятые ими в первой инстанции и не вступившие в законную силу;

3) В пределах, установленных законом, рассматривает дела по жалобам и представлениям на решения, приговоры, определения и постановления, принятые окружным (флотским) военным судом в апелляционной инстанции (ч.3 ст.14 Закона «О военных судах РФ»);

4) Рассматривает дела по новым и вновь открывшимся обстоятельствам в отношении вступивших в законную силу приговоров, определения и постановления гарнизонных военных судов.
Состав окружного (флотского) военного суда при осуществлении правосудия (ст. 15 ФКЗ от 23 июня 1999 г. N 1-ФКЗ "О военных судах Российской Федерации" (с изменениями и дополнениями):
1. Окружной (флотский) военный суд рассматривает в первой инстанции дела, отнесенные федеральным конституционным законом и (или) федеральным законом к его подсудности, в следующем составе:
1) гражданские и административные дела в соответствии с федеральным законом рассматривает судья единолично либо коллегия, состоящая из трех судей;
2) уголовные дела в соответствии с федеральным законом рассматривает судья единолично, либо коллегия, состоящая из трех судей, либо суд с участием присяжных заседателей.
2. Окружной (флотский) военный суд рассматривает дела по жалобам и представлениям на решения, приговоры, определения и постановления гарнизонных военных судов, принятые ими в первой инстанции и не вступившие в законную силу, а также жалобы и представления на решения гарнизонных военных судов, принятые ими в ходе подготовки к рассмотрению дела коллегией, состоящей из трех судей.
3. Жалобы и представления на не вступившие в законную силу определения и постановления гарнизонных военных судов по делам об административных правонарушениях, а также по результатам рассмотрения материалов о совершении военнослужащими, гражданами, проходящими военные сборы, грубых дисциплинарных проступков, за совершение которых может быть назначен дисциплинарный арест, рассматривает судья окружного (флотского) военного суда единолично.
Федеральным конституционным законом от 29 июля 2018 г. N 1-ФКЗ часть 4 признана утратившей силу с момента вступления в силу соответствующих законодательных актов о внесении изменений в законодательство о военных судах, но не позднее 1 октября 2019 г.:
4. Окружной (флотский) военный суд рассматривает на заседаниях президиума дела по жалобам и представлениям на решения, приговоры, определения и постановления гарнизонных военных судов, вступившие в законную силу, а также на решения, приговоры, определения и постановления, принятые окружным (флотским) военным судом в апелляционной инстанции.
В окружном (флотском) военном суде образуется президиум, могут быть образованы судебные коллегии и (или) судебные составы (ст.13 закона «О военных судах РФ)