В соответствии с п.1 ст.30 Налогового кодекса налоговыми органами в Российской Федерации являются Министерство по налогам и сборам РФ и его территориальные подразделения в Российской Федерации.

В связи с тем, что к числу основных функций таможенных органов относится взимание налогов, таможенных пошлин и таможенных сборов, которые относятся к числу федеральных налогов и сборов (ст.13 НК), а также в связи с тем, что они обязаны вести борьбу с нарушениями налогового законодательства, относящегося к товарам, перемещаемым через таможенную границу РФ (ст.10 Таможенного кодекса РФ) Налоговым кодексом РФ установлено, что таможенные органы, в случаях предусмотренных Налоговым кодексом, а также в соответствии с таможенным законодательством и иными федеральными законами обладают полномочиями налоговых органов (п.2 ст.30 НК). 

Министерство по налогам и сборам (МНС РФ) - система федеральных и территориальных органов государственного управления, осуществляющих контроль за соблюдением налогового законодательства. Указом Президента РФ от 23 декабря 1998 года № 1635 МНС была преобразована Государственная налоговая служба. Организация этой службы связана с необходимостью активного использования финансовых рычагов, в. частности повышением роли налогов, обусловленным перестройкой экономики страны. Органы налоговой службы были выделены в особую систему из структур финансовых органов (Министерства финансов, финансовых управлений и отделов).. Деятельность налоговых органов была урегулирована Законами "О правах, обязанностях и ответственности государственных налоговых инспекций" от 21 мая 1990 г. и "О Государственной налоговой службе" от 21 марта 1991 г.

Главная задача МНС РФ заключается в обеспечении единой системы контроля за соблюдением налогового законодательства, за правомерностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения в бюджет налогов и других обязательных платежей, установленных законодательством РФ и ее субъектов. В связи с этой задачей органы налоговой службы РФ контролируют соблюдение законодательства о предпринимательской деятельности, законность сделок. В систему налоговых органов РФ входят: министерство ФР по налогам и сборам, выполняющее функции центрального федерального органа, а также его территориальные подразделения по субъектам РФ и муниципальным образованиям. Это единая централизованная система органов, подчиняющаяся Президенту РФ и Правительству РФ. Каждый из названных органов является юридическим лицом. Основное звено в системе налоговых органов РФ - государственные налоговые инспекции по районам и городам. Именно на них возложено осуществление непосредственно контрольных функций. Исходя из этого построена их внутренняя структура: выделены отделы по видам налоговых платежей (например, отдел налогов с доходов предприятий, отдел налогов с доходов физических лиц, отдел местных  налогов и др.). Кроме того, существует функциональный отдел отчетности и учета.

Деятельность центрального органа - министерства ФР по налогам и сборам включает, помимо непосредственно контрольных функций, организационно-методическую и контролирующую работу в отношении нижестоящих налоговых органов, а также координацию деятельности органов налоговой службы с другими контролирующими и правоохранительными органами. По вопросам своей компетенции этот орган издает инструкции и другие нормативные документы. Подобные функции в соответствующих территориальных пределах выполняют государственные налоговые инспекции по республикам, краям, областям, автономным образованиям и городам с районным делением. В заключении хочу привести схему взаимодействия Государственной налоговой службы РФ с министерствами и ведомствами по формированию налоговой политики.