Управление Фондом осуществляет председатель Фонда и его заместители, которые назначаются Правительством Российской Федерации. Председатель Фонда имеет пять заместителей, в том числе одного первого.

Председатель Фонда руководит деятельностью Фонда и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на него задач; распределяет обязанности между заместителями председателя Фонда и руководителями структурных подразделений центрального аппарата Фонда; вносит проект бюджета Фонда на утверждение в Правительство Российской Федерации, а также после рассмотрения правлением утверждает бюджеты региональных и отраслевых органов Фонда; утверждает сводный финансовый отчет об использовании средств государственного социального страхования, рассматривает сводный отчет по финансово-хозяйственной деятельности подведомственных санаторно-курортных учреждений Фонда и вносит предложения по улучшению этой работы. информирует правление Фонда о состоянии расчетов с органами Фонда; разрабатывает совместно с Министерством труда и социального развития Российской Федерации, другими заинтересованными министерствами и ведомствами, профессиональными союзами предложения по совершенствованию системы социального страхования и обеспечению государственных гарантий по социальному страхованию; совместно с Министерством здравоохранения Российской Федерации утверждает инструкцию о порядке выдачи документов, удостоверяющих временную нетрудоспособность граждан, и устанавливает порядок осуществления контроля за организацией экспертизы временной нетрудоспособности, соблюдением правил выдачи документов, удостоверяющих временную нетрудоспособность граждан, в лечебно-профилактических учреждениях; с учетом мнения правления Фонда принимает решения о целесообразности создания или ликвидации центральных отраслевых отделений Фонда; открывает (закрывает) счета Фонда и его исполнительных органов в банках, принимает решения о списании с этих счетов в централизованный резерв платежей, подлежащих обязательному отчислению, и сверхнормативных остатков; с учетом мнения правления Фонда утверждает структуру и штатное расписание центрального аппарата Фонда, региональных центральных отраслевых отделений Фонда, сметы расходов (включая фонды оплаты труда и другие) и отчеты об их исполнении; руководит деятельностью региональных и центральных отраслевых отделений Фонда по исполнению доходной и расходной частей бюджета Фонда и обеспечивает контроль за использованием средств государственного социального страхования; определяет порядок работы подведомственных санаторно-курортных учреждений; рассматривает итоги исполнения бюджета Фонда и принимает меры по улучшению этой работы, утверждает годовые отчеты о деятельности региональных и центральных отраслевых отделений Фонда; принимает необходимые меры по результатам ревизий и проверок по расходованию средств Фонда его органами и подведомственными санаторно-курортными учреждениями; издает в пределах своей компетенции приказы, положения, инструкции и другие документы, обязательные для исполнения всеми работниками Фонда; рассматривает разногласия по вопросам формирования бюджета Фонда, штатов и смет между органами Фонда; представляет интересы Фонда во всех организациях, без доверенности действует от имени Фонда, в установленном порядке распоряжается средствами и имуществом Фонда, заключает договоры; осуществляет в соответствии с законодательством прием на работу и увольнение работников центрального аппарата Фонда, а также назначение на должность и освобождение от должности управляющих, заместителей управляющих региональных и центральных отраслевых отделений Фонда с учетом мнения соответственно глав исполнительной власти субъектов Федерации и общероссийских отраслевых профессиональных союзов; делегирует отдельные свои права и полномочия подчиненным ему должностным лицам; утверждает инструкцию о порядке приобретения, выдачи и учета страхователями путевок на санаторно-курортное лечение и отдых за счет средств социального страхования; ежегодно утверждает норматив расходов на санаторно-курортное обслуживание работников и их детей.

Правление Фонда является коллегиальным органом. Заседания правления проводятся по мере необходимости. Председатель Фонда является председателем правления Фонда. Решения правления Фонда оформляются Постановлениями или Приказами председателя Фонда.

Правление Фонда рассматривает вопросы входящие в его компетенцию, в том числе: о задачах Фонда и совершенствовании государственного социального страхования; о формировании и использовании резервных средств; проекты размера тарифа страховых взносов; проект бюджета Фонда и его исполнение; об участии в реализации проектов государственных программ по социальному страхованию; отчеты о результатах деятельности региональных и центральных отраслевых отделений Фонда; о контрольно-ревизионной деятельности Фонда; проекты законодательных и других нормативных актов, правил, инструкций и положений по вопросам государственного социального страхования.

В субъектах Федерации открыты региональные отделения Фонда.

Отделения Фонда осуществляют оперативное управление средствами социального страхования. Непосредственным распорядителем средств является управляющий отделением. Деятельность отделений обеспечивается их аппаратом. Отделения имеют филиалы, которые являются их обособленными структурными подразделениями.

В региональных отделениях и филиалах проводится вся текущая работа Фонда: осуществляется сбор страховых взносов, принимается отчетность организаций-страхователей, проводятся ревизии организаций-страхователей по правильности начисления взносов и выплате пособий.

Центральный аппарат Фонда имеет в своем составе юридическое, финансовое, материально-техническое, информационное подразделения, которые обеспечивают:

- управление системой социального страхования;

- непосредственное руководство территориальными отделениями;

- разработку бюджета Фонда;

- контроль за обеспечением доходной и расходной частей бюджета Фонда;

- разработку предложений по тарифам страховых взносов;

- подготовку нормативных материалов по вопросам социального страхования;

- контроль за соблюдением законодательства в сфере социального страхования.

Бюджет Фонда и отчет о его исполнении утверждаются федеральным законом, а бюджеты региональных и центральных отраслевых отделений Фонда и отчеты об их исполнении после рассмотрения правлением Фонда утверждаются председателем Фонда.