Судебная система Башкортостана была приспособлена к системе управления и состояла из специальных (военно-кантонных) и общих (гражданских) судов. При этом некоторые гражданские дела были отнесены к подсудности местных башкирских и шариатных судов.

Специальная (военно-кантонная) судебная система включала в себя военно-административные судебные органы и военные суды.

К военно-административным судебным местам относились органы управления кантонов и юрт, наделённые военной, судебной и административно-полицейской властью. Кроме того, юртовые (волостные) старшины, кантонные начальники, попечители округов, командующий Башкирским войском и военный губернатор были наделены военной и судебно-административной властью не только в отношении военнослужащих башкир и мишарей, но и гражданского населения. В башкирских и мишарских кантонах они заменили все органы гражданской администрации и суда, созданные по «Учреждению для управления губернией» 1775 года.

Судебная власть юртовых старшин по делам гражданского населения примерно соответствовала власти нижних расправ, кантонных начальников – становых приставов, попечителей – земских исправников, командующего Башкирским войском – уездного суда, генерал-губернатора края – палат уголовного и гражданского суда. В отношении военнослужилых башкир и мишарей, командующий башкирским войском был наделён властью начальника регулярной дивизии, а генерал-губернатор края – командира отдельного корпуса.

К военным судам относились различного рода временные или постоянные военно-судебные комиссии в городах, крепостях, войсковых частях, а также Оренбургский и Уральский войсковые суды. Все они были судами первой инстанции и состояли обычно из нескольких кадровых офицеров во главе с презусом или обер-аудитором (председателем суда). Дела в военных судах решались в коллегиальном порядке на основе военно-уголовных законов империи.

Право конфирмации (утверждения) и апелляции приговоров, вынесенных военными и военно-административными судебными учреждениями края, имели:

1) командующий Башкирским войском на правах начальника дивизии;

2) военный губернатор на правах командира Отдельного оренбургского корпуса (в мирное время) или на правах главнокомандующего армией (при объявлении в губернии военного положения);

3) аудиториатский департамент военного министерства – высшая инстанция по конфирмации и апелляции приговоров военных судов империи, наконец, сам император.

Оренбургский военный губернатор, занимавший одновременно все высшие военные и гражданские посты, по существу был полновластным хозяином края. Военный губернатор одновременно занимал должности главного начальника края (ему был подчинен гражданский губернатор), наказных атаманов Оренбургского и Уральского казачьих войск, командующего Башкирским иррегулярным войском (до 1834 года) и верховного правителя казахов.

Не довольствуясь и без того почти неограниченными полномочиями, военный губернатор нередко прямо законодательствовал от имени государства, что подтверждается целым рядом примеров из практики его деятельности в Башкортостане. Так, например, 30 марта 1800 года военный губернатор края своим распоряжением передал все уголовные дела башкир и мишарей из-под юрисдикции гражданских судов в исключительную подсудность военно-судебных учреждений, а дела по «ссорам» и мелким правонарушениям – в подсудность военно-административных органов и должностных лиц кантонов и юрт. В дальнейшем даже гражданско-исковые дела башкир и мишарей были изъяты из подсудности гражданских судов края. Таким образом, до отмены кантонного управления все уголовные и подавляющая часть гражданских дел башкирского и мишарского населения края рассматривалась только в военно-судебных и военно-административных учреждениях [2, с. 175].

В 1834 году вместе созданием Башкиро-мещерякского войска было учреждено еще одно отделение войскового суда в Уфе. При этом башкиры и другие «инородцы» края по всем уголовным делам судились не по месту совершения преступления, как было до этого, а в любом из постоянных войсковых судов «по удобству» в городах Уфе, Оренбурге им даже отдалённом Уральске.