Система управления налогообложением в РФ представляет собой единую централизованную систему, построенную по многоуровневому иерархическому принципу: инспекции федерального, межрегионального, регионального, межрайонного и районного уровней; при этом каждый уровень имеет свои функции и специфику. Центральным органом управления налогообложением в России после проведения административной реформы является Министерство финансов РФ. Министерство финансов осуществляет общее руководство налогообложением, а также издает в пределах своей компетенции правоустанавливающие документы в области бухгалтерского учета и налогообложения, в частности непосредственно эти функции возложены на: Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики; Департамент регулирования государственного финансового контроля, аудиторской деятельности и бухгалтерского учета; Правовой департамент [5, с.41].

Министерству финансов РФ подчинены службы, непосредственно занимающиеся налоговым администрированием, налоговым контролем, учетом и зачислением налоговых платежей в бюджет. К ним относятся следующие федеральные службы: по финансовому мониторингу; налоговая; финансово-бюджетного надзора; страхового надзора; казначейство.

Таким образом, к началу 2005 г. сформировалась система институтов налогового администрирования.

Функции собственно сбора налогов и налогового администрирования возложены на Федеральную налоговую службу. Состав и структура системы управления налогообложением РФ соответствуют в целом административно-территориальному делению страны. Основным звеном, обеспечивающим практический сбор налогов, являются налоговые инспекции (инспекции ФНС) городов краевого, областного подчинения, сельских районов, районов в городах республиканского и областного подчинения. Главной задачей руководителя налоговой службы этого уровня является создание условий для наиболее оптимальной деятельности инспекции на подведомственной территории. Для налоговой инспекции этого уровня входной документацией является отчетность налогоплательщиков, регламентирующим работу документом — нормативно-правовая база РФ, а практическим результатом работы будут являться средства, мобилизованные в доход бюджетов различных уровней, и блок отчетных документов, подготавливаемых согласно решению вышестоящих налоговых органов [10, с.22].

Высшую позицию в иерархии налоговых органов занимает центральный аппарат Федеральной налоговой службы. Он включает в себя следующие структурные управления: сводно-аналитическое; налогообложения прибыли (дохода); косвенных налогов; единого социального налога; налогообложения доходов физических лиц; исчисления и уплаты государственной пошлины; налогового контроля; налогов и сборов с алкогольной и табачной продукции; учета и отчетности; регистрации и учета юридических и физических лиц; анализа и планирования налоговых поступлений; контроля налоговых органов; информационных технологий; юридическое; государственной службы и кадров; финансового обеспечения; материально-технического и социального обеспечения; организации капитального строительства; делами; ресурсных и имущественных налогов; налогообложения малого бизнеса; кредитных организаций; по модернизации налоговых органов; международного сотрудничества и обмена информацией; урегулирования задолженности и обеспечения процедур банкротства; безопасности [3, с.63].

Управления можно подразделить по группам. Часть из них специализированы на каком-то одном налоге или сегменте налогообложения. Соответственно в их задачи входит анализ практики применения действующего налогового законодательства, а также представление в Министерство финансов элементов концепции налоговой политики, инструктивного материала и методических рекомендаций. Кроме того, управления центрального аппарата ФНС РФ участвуют в комплексных и тематических проверках инспекций по субъектам Федерации, рассматривают письма и жалобы налогоплательщиков на действия должностных лиц налоговых органов, контролируют ведомственные документы, касающиеся налогообложения, исходящие от различных министерств и ведомств [2, с.48].

На другую группу управлений центрального аппарата возложены вспомогательные функции. К таким управлениям относятся, например, юридическое управление. Оно состоит из отдела правового обеспечения налогообложения и отдела контроля за организацией правовой работы в налоговых органах. В функции управления входит защита интересов ФНС РФ в судах и органах государственной власти и управления, участие в разработке нормативно-правовой базы в сфере налогообложения, осуществление методического руководства правовой работой в нижестоящих инспекциях, систематизация правовых актов, анализ практики правовой работы на местах и т. д.

Управление финансового обеспечения осуществляет планирование и финансирование расходов на содержание инспекций ФНС России, руководит постановкой бухгалтерского и статистического учета и отчетности в налоговых органах на местах и в центральном аппарате [14, с.24].

Структура управления делами включает инспекцию по контролю и организации делопроизводства, сектор правительственной корреспонденции и секретариат ФНС РФ. Основными задачами управления делами является обеспечение в центральном аппарате ФНС РФ единого, отвечающего установленным требованиям порядка ведения делопроизводства.

Для решения ряда актуальных проблем современного налогового администрирования в составе Федеральной налоговой службы были созданы инспекции второго уровня — межрегиональные инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам. В целях усиления налогового контроля над крупнейшими налогоплательщиками их администрирование было перенесено на федеральный (региональный) уровень и сегментировано по отраслям экономики. Критерии отнесения налогоплательщика к крупнейшим и алгоритм определения уровня его налогового администрирования были установлены Приказом МНС России от 16.04.2004 г. № САЭ-3-30/290® «Об организации работы по налоговому администрированию крупнейших налогоплательщиков и утверждении критериев отнесения российских организаций — юридических лиц к крупнейшим налогоплательщикам, подлежащим налоговому администрированию на федеральном и региональном уровнях» [8, с.56].

К настоящему моменту созданы межрегиональные инспекции, в которых подлежат налоговому администрированию крупнейшие налогоплательщики следующих отраслей:

-в сфере разведки, добычи, переработки, транспортировки и реализации нефти и нефтепродуктов — Межрегиональная инспекция № 1;

-в сфере разведки, добычи, переработки, транспортировки и реализации природного газа — Межрегиональная инспекция № 2;

-в сфере производства и оборота этилового спирта из всех видов сырья, алкогольной, спиртосодержащей и табачной продукции — Межрегиональная инспекция № 3;

-в сфере электроэнергетики, в том числе производства, передачи, распределения и реализации электрической и тепловой энергии — продукции, — Межрегиональная инспекция № 4;

-в сфере производства и реализации продукции металлургической промышленности — Межрегиональная инспекция № 5;

-в сфере оказания транспортных услуг — Межрегиональная инспекция № 6;

-в сфере оказания услуг связи — Межрегиональная инспекция № 7.

Кроме того, созданы межрегиональные инспекции ФНС России по всем семи федеральным округам. Их основные задачи установлены Приказом МНС РФ от 21 июля 2003 г. № БГ-3-15/413 «Об утверждении Положения о межрегиональной инспекции МНС России по федеральному округу».

К следующему — третьему уровню — относятся управления ФНС по субъектам РФ: входящим в состав Российской Федерации республикам, краям, областям и городам республиканского подчинения.

На управления ФНС РФ по субъектам РФ возлагаются следующие основные задачи:

-организация работы нижестоящих инспекций по осуществлению контроля за соблюдением законодательства о налогах и платежах в бюджет;

-обобщение и анализ отчетов нижестоящих инспекций о проделанной ими работе;

-подготовка методических рекомендаций по совершенствованию системы налогового контроля на основе данных, представленных нижестоящими инспекциями;

-организация взаимодействия ФНС РФ с другими государственными органами, в том числе и с правоохранительными;

-комплексные и тематические проверки нижестоящих налоговых инспекций;

-внедрение в налоговую практику передового опыта;

-проведение мероприятий по профессиональной подготовке и переподготовке кадров;

-осуществление мер по созданию информационных систем и компьютеризации работы [12, с.23].

Для достижения указанных задач Управление ФНС по субъекту РФ включает в себя следующие отделы: налогообложения прибыли (дохода); косвенных налогов; оперативного контроля и применения ККТ; единого социального налога и налогообложения доходов физических лиц; ресурсных, имущественных и прочих налогов; контрольной работы; общий; финансовый; учета налоговых поступлений и отчетности; материально-технического снабжения; кадров; юридический; капитального строительства и эксплуатации зданий и сооружений; урегулирования задолженности и обеспечения процедур банкротства; работы с налогоплательщиками и СМИ; контроля налоговых органов; анализа и прогнозирования налоговых поступлений; контроля в сфере производства и оборота алкогольной и табачной продукции; системного и технического обеспечения; информационных технологий; ввода и обработки данных; комплексного развития налоговых органов; регистрации и учета налогоплательщиков; безопасности [11, с.26].

Нижнюю ступеньку в иерархии занимают инспекции ФНС РФ по районам (районные и межрайонные) и городам без районного деления, которые и выполняют основную нагрузку по непосредственному контролю за исполнением налогового законодательства всеми физическими и юридическими лицами на подведомственной территории. В соответствии с НК РФ они обеспечивают учет налогоплательщиков, правильность начисления ими налогов и платежей, а также поступление средств по этим платежам в бюджеты всех уровней и внебюджетные фонды. Также они контролируют своевременность предоставления плательщиками бухгалтерских отчетов, налоговых деклараций и других документов, связанных с исчислением и уплатой платежей в бюджет. Кроме того, на аналитические отделы именно этих подразделений возложены обязанности по составлению отчетности, анализу экономической ситуации и предоставлению районным и городским финансовым органам сведений о фактически поступивших в бюджет суммах.