Поверхностные воды. Территория области покрыта густой сетью водотоков, в среднем 1 км водотоков на 1 км² площади. Большинство рек относится к категории малых, 6 рек имеют длину более 100 км, в том числе р. Неман. Под водоемами различного типа занято 230 тыс. га.

Реки принадлежат бассейну Балтийского моря. Крупнейшие: Неман (притоком Шяшупе) и Преголя (с притоком Лава), объединены системой каналов. Многие реки спрямлены и зарегулированы, судоходны. Озер более 100 (крупнейшее - Виштынецкое). Заболочено 7% территории.

Общая протяженность водотоков 5043 км, кроме того насчитывается 948 мелиоративных систем и каналов общей протяженностью 3384 км.

Дополнительно к этому на государственном экологическом учете находится 145 озер и прудов площадью 56,8 км² и 239 болот площадью 8213,5 км².

Среднегодовые ресурсы поверхностных водных объектов области составляют 23,0 км³, из них: формирующиеся на территории области - 2,71 км³/год, поступающие из сопредельных территорий (Литва, Польша) - 20,3 км³/год.

Речной сток водотоков области в средний по водности год составляет 22,3 км³/год, в том числе: р. Неман - 19,7 км³/год, р. Преголя - 2,6 км³/год.

Объем воды, сосредоточенный в водоемах области, составляет 0,51 км³.

Особые гидрологические и гидрохимические условия водных объектов объясняются влиянием ветров северо-западного направления, когда происходит периодический водообмен между Куршским и Калининградским заливами через реки Преголя, Дейма.

Наблюдается тенденция к снижению объема забора воды и сброса сточных вод, на что оказывает влияние спад производственных мощностей и реализация ряда водоохранных мероприятий в отраслях промышленности, коммунального и сельского хозяйства.

В промышленности потребность в воде на 40% удовлетворяется за счет природных водных объектов и на 60% за счет систем оборотного и повторно-последовательного водоснабжения.

Практически без очистки в водные объекты ежедневно сбрасываются около 500 тыс. м³ промышленных и хозяйственно-бытовых стоков. Все они выносятся в Балтийское море, нанося серьезный ущерб биоресурсам. По этой же причине в летний период ограничивается деятельность пляжей, что снижает привлекательность Калининградского курортного побережья.

Морские воды. Незамерзающие порты - Калининград и его морской аванпорт Балтийск имеют общероссийское значение, обеспечивая значительную часть внешнеторговых каботажных перевозок страны на Балтийском море.

Основными источниками загрязнения вод Балтики являются 2 морских и 2 речных порта, 3 портопункта, 1 военно-морская база, 2 рыболовецких колхоза, 6 судоремонтных и судостроительных заводов, 102 других береговых объекта. Сократилось поступление органики, фосфора, азота, жиров и нефтепродуктов. На результатах сказалось снижение деловой активности природопользователей, но главное - ввод в действие и упорядочение работы очистных сооружений курортной зоны области, оснащение всех судов приписки средствами защиты от загрязнения моря нефтепродуктами, сточными водами, мусором. Порты и портопункты имеют соответствующее приемное и утилизационное оборудование. Для снятия с судов нефтесодержащих и фекальных вод задействовано 24 судна-сборщика.

Подземные воды.

Для хозяйственно-питьевого водоснабжения области разведано 22 месторождения подземных вод, эксплуатационные запасы которых составляют 0,21 км³/год, в том числе 0,17 км³/год подготовлено для промышленного освоения. На разведанных участках отбирается 0,044 км³/год воды. Степень освоения запасов подземных вод колеблется в пределах от 6% (г. Ладушкин) до 76% (г. Черняховск).

В области имеется 56 потенциальных источников загрязнения подземных вод. К наиболее крупным относятся такие, как свалки городов Калининград, Краснознаменск, Советск, Балтийск, пометохранилища птицефабрик "Калининградская", "Гурьевская", иловые поля очистных сооружений городов Калининград, Советск, склад химических удобрений г. Гвардейск и др. Подземные воды загрязнены органикой, биогенами, тяжелыми металлами, пестицидами.