Борьба с грибными болезнями и вредителями включает профилактические и истребительные меры. К профилактическим мерам борьбы относятся: 1) применение агротехники, обеспечивающей получение быстрорастущих и устойчивых к неблагоприятным условиям среды сеянцев; 2) обработка почвы, семян и сеянцев фунгицидами и препаратами, предотвращающими полегание всходов от фузариоза, повреждение хвои сеянцев от "шютте" и от других заболеваний. К истребительным мерам борьбы относится ликвидация очагов повреждений всходов и сеянцев. При обнаружении полегания всходов хвойных пород или березы очаги повреждений поливают 0,4 %-ными растворами системных препаратов (БМК, фундазол, бенамил) или ТМТД из расчета 10 л/м². Обработку проводят с помощью леек или жижеразбрасывателей с горизонтальной штангой (ЗЖВ-1,8; АНЖ-2 и др.).

К особенностям мер борьбы с полеганием всходов хвойных пород относятся протравливание органических удобрений перед их внесением, намачивание семян микроэлементами, протравливание семян и почвы. Протравливание торфа перед его компостированием или других органических удобрений, которые используют для заправки почвы или заделки семян, проводится препаратом ТМТД. Органические удобрения расстилают тонким слоем, равномерно посыпают ТМТД из расчета 60-80 г/м2 и перемешивают. В водных растворах микроэлементов сухие или стратифицированные семена замачивают из расчета 1 кг в 2 л в течение 18-20 ч. Наиболее результативны следующие микроэлементы: для сосны - цинк (0,02 %-ный раствор ZnSO₄), кобальт (0,05% CoSO₄), марганец (0,002 % КМnO₄), медь (0,03% CuSO₄) или смесь (по 0,002 % каждого); для лиственницы - цинк (0,02% ZnSO₄), кобальт (0,03% CoSO₄) и двууглекислый натрий (0,12% NaHCO₃); для ели - кобальт (0,03% CoSO₄), медь (0,03% CuSO₄) и смесь. Обработка семян микроудобрениями сочетается с последующим протравливанием их фунгицидами. Для протравливания увлажненных семян применяют системные фунгициды БМК, фундазол, беномил и препараты ТМТД или фентиурам из расчета 6 г на 1 кг семян. При протравливании почвы ТМТД рассыпают тонким слоем из расчета 50-80 г/м² и сразу перемешивают с верхним 10-сантиметровым слоем. Вместо ТМТД применяют карбатион в дозировках 50-150 см³/м², разведенный соответственно в 3-8 л воды. После внесения карбатиона почву перепахивают. Обрабатывают почву карбатионом весной или осенью за 3-4 недели до посева семян.

Для борьбы с болезнью "шютте обыкновенное", приводящей к пожелтению и отмиранию хвои, посевы сосны и лиственницы текущего года обрабатывают 2-3 раза, начиная с середины июля, с интервалом между обработками в 3 недели и с расходом 1,5%-ной суспензии 90-98%-ной коллоидной серы 400 л/га. Начиная со второй обработки, на посевах сосны концентрацию раствора 90-98 %-ной коллоидной серы увеличивают до 2%. На втором году роста сеянцев хвойных пород проводят 4-кратное опрыскивание 2%-ной (сосна, ель) и 1,5 %-ной (лиственница) водной суспензией коллоидной серы с расходом раствора 500 л/га (первая обработка) и 800 л/га (все последующие). Обработку проводят в мае, середине июня, июля и августа. В раствор добавляют поверхностно-активные вещества ОП-7, ОП-10 0,3 %-ной концентрации.

При борьбе со снежным шютте сосны и ели проводят по два опрыскивания на первом и втором году выращивания сеянцев: первое - в начале октября, второе - через 2-3 недели. Концентрация и расход рабочего раствора 90-98 %-ной коллоидной серы те же, что применяют при борьбе с обыкновенным шютте. Кроме коллоидной серы, в борьбе с шютте используют цинеб (0,5-1 %) с таким же режимом обработки сеянцев.

Наиболее эффективные препараты в борьбе с шютте - фунгициды системного действия БМК, фундиазол, беномил. Для полной защиты сеянцев сосны от шютте достаточно одного опрыскивания 50 %-ным БМК с концентрацией 0,4%, 50%-ным фундазолом (0,15%) или 50 %-ным беномилом (0,06%) при расходе рабочего раствора 400-800 л/га в зависимости от возраста сеянцев. В борьбе с обыкновенным шютте сеянцы обрабатывают в середине июля, а в борьбе со снежным шютте - в середине октября.

Наиболее распространенный вредитель сеянцев лиственных пород - тля, которая повреждает листья и молодые побеги, вызывая их скручивание и усыхание. В борьбе с тлей двухлетние сеянцы жимолости, смородины, боярышника, яблони и других лиственных пород рано весной обрабатывают нитрофеном (3 %) или ДНОК (1-2 %). В летний период сеянцы обрабатывают 2-3 раза раствором анабазинсульфата (0,15-0,2%) или карбофоса (0,3%).

Для обработки сеянцев ядохимикатами в случае необходимости борьбы с болезнями или защиты растений от вредителей в питомниках применяют сельскохозяйственные тракторные опрыскиватели ПОУ, ОН-400 и др., а также опыливатель ОШУ-50А. Для обработки небольших участков используют ранцевые опрыскиватели ОРР-1, "Эра-1", ОМР-2 и опыливатель ОРВ-1 "Ветерок".