Переговоры между Богданом Хмельницким и Москвой были долгими и мучительными, хотя большая часть украинских казаков и крестьян была сторонниками объединения. Московские государственные деятели вынуждены были вести дело с осторожностью из-за их собственных внутренних проблем, но еще в большей степени из-за непредсказуемых поворотов в политике Богдана, его дружбы с крымским ханом и укрывания им претендента на московский трон.

Мотивы для принятия казаков под покровительство царя имели религиозный и культурный характер, так же как и политический и экономический. И царь, и церковные лидеры Москвы остро чувствовали недостаток подготовленных Греко-православных ученых для просветительской деятельности церкви. Таких ученых можно было получить из Киева или из Греции. В 1640 г. Митрополит Киевский Петр Могила предложил царю Михаилу прислать несколько ученых украинских монахов в Москву для организации богословской школы, где бы изучались греческий и славянский языки. Из его предложения ничего не вышло, но в 1649 г. царь Алексей Михайлович попросил митрополита Сильвестра Козлова направить из Киева в Москву двух монахов, хорошо знающих греческий и латынь. Благодаря помощи этих киевских ученых боярин Федор Михайлович Ртищев создал недалеко от Москвы монастырскую школу.

Обращаясь за сотрудничеством к киевским ученым, московские государственные и церковные авторитеты стремились также поддерживать тесные контакты с греками. В начале 1649 г. патриарх Иерусалимский Паисий, который в том же году посетил Киев, прибыл в Москву для сбора милостыни. В то время, как он в июне отправился в Молдавию, с ним вместе был послан Арсений Суханов, монах Сергиево-Троицкого монастыря для проведения бесед с греческим духовенством и для сбора и изучения старых греческих религиозных рукописей.

Помимо Паисия, еще целый ряд других греческих священников и монахов посещали Молдавию, Киев и Москву. Их интересы были не только религиозными, но и политическими. Следует вспомнить, что переговоры с Хмельницким в 1649 г. Паисий настаивал на объединении всех греко-православных держав. Будучи в Москве, Паисий выразил надежду на то, что царь Алексей мог бы сесть на трон императора Константина (в Константинополе) и освободить православных христиан "от рук неверных".

Некоторые из греческих священнослужителей в их странствиях между Киевом и Москвой перевозили послания от Хмельницкого к царю и наоборот. Для Москвы проблема казаков была тесно связана с положением московской державы в греко-православном мире в целом. Программа церковной реформы, которая начала обсуждаться элитой русского духовенства еще до патриаршества Никона, позднее, благодаря ему, стала воплощаться в жизнь. По своим религиозным предпочтениям Никон был сторонником греческих и украинских традиций, и он также ясно понимал, что церковная реформа являлась политической необходимостью для того, чтобы объединение Украины с Москвой сделалось более приемлемым для украинского духовенства и народа в целом.

На протяжении XVI и начале XVII вв. в московском церковном обряде накопилось много отличий от западнорусского и греческого ритуала. Никон взялся за то, чтобы изменить их путем реформ в московской церкви, а это действие привело к схизме по отношению к староверам. По всем этим причинам Никон желал поддержки со стороны украинского духовенства в образовательной деятельности церкви в Московии и усматривал лучший путь для достижения этого в объединении Украины и Московии.

Сначала украинская проблема стала объектом внимания Земского Собора в феврале 1651 г. Посольский приказ предоставил на рассмотрение Собора отчет об оскорблениях в адрес Московии со стороны поляков, имевших место (или якобы имевших) после мирного договора 1632 г. Собор также был официально проинформирован о петиции Хмельницкого к царю с просьбой о покровительстве по отношению к казакам.

Характерно, что важность религиозных аспектов в украинском вопросе была такова, что по этому пункту царь и Собор стали искать совета у патриарха Иосифа (предшественника Никона). Больной патриарх не симпатизировал благорасположенности царя и некоторых представителей духовенства к грекам. Тем не менее, он выразил свое мнение, что в случае, если король Польши не возместит убытки Москве, тогда можно будет принять Хмельницкого и казаков под царское покровительство.

На этом заседании Земского Собора не было принято никакого решения по украинской проблеме. Одна из причин колебаний московских государственных деятелей заключалась в том, что дело Анкудинова всё ещё не было решено. В январе 1651 г. перед самым открытием Собора думный дьяк Ларион Лопухин был направлен к Хмельницкому для обсуждения московско-казацких и казацко-крымских отношений. Лопухин не должен был первым упоминать о деле Анкудинова, но ему были даны указания сказать Хмельницкому (в том случае, если последний упомянет самозванца), что Анкудинов — дурной человек и что ему (Лопухину) нечего больше сказать о нем. Некоторое время спустя, Хмельницкий решил избавиться от Анкудинова и послал его в Трансильванию с рекомендацией к Ракоци. Ракоци переправил Анкудинова в Швецию. Там самозванец был принят с почетом королевой Кристиной и обращен в лютеранство. Московские власти, однако, всё ещё были озабочены тем, что самозванец мог со временем вернуться из Швеции на Украину. Послам, направленным из Москвы Польшу в январе 1652 г., были даны указания попросить короля, чтобы тот выдал Анкудинова, если тот появится в Польше. Анкудинов не осмеливался возвращаться на Украину. Из Швеции он отправился в Гольштейн, но этот шаг оказался неверным. Герцог Гольштейнский согласился выдать его в обмен на документ гольштейнского посольства в Москву 1634 г., которые до сих пор удерживались там. Анкудинова привезли в Москву и казнили 28 декабря 1653 г.

Патриарх Иосиф умер 15 марта 1652 г., и Никон был избран его преемником. Это увеличило силу той группы в московском правительстве, которая выступала за разрыв с Польшей и объединение с Украиной. Обмен послами между Хмельницким и Москвой по поводу разнообразных текущих политических и экономических вопросов продолжался на протяжении всего 1652 г., а также и в 1653 г. В начале марта 1653 г. Москва решила направить посланников в Польшу с предложением о посредничестве между поляками и казаками. Царь через особого гонца дал знать об этом Хмельницкому. 23 марта Хмельницкий написал царю письмо, сообщая ему о новых нападениях польских войск на Украину. Одновременно Хмельницкий написал боярину Борису Ивановичу Морозову и патриарху Никону, прося их поддержать просьбу казаков о царском покровительстве.

Посланники Хмельницкого — Кондратий Бурляй и Силуян Мужиловский, которые везли письма, получили указания гетмана убедить царя, чтобы тот предоставил казакам свое покровительство. После предварительного изучения обстановки в Москве казацкие послы нанесли визит патриарху Никону и попросили у него благословения (23 апреля 1653 г.). Вскоре после этого Никон пригласил казацких посланников на торжественный обед. Скорее всего 10 мая Бурляй и Мужиловский от имени гетмана и от собственного имени отправили письмо патриарху, в котором благодарили его за доброту и очередной раз просили его убедить царя взять казаков под свое покровительство.

14 мая Никон ответил на письмо Богдана Хмельницкого, доставленное ему посланниками гетмана. Никон уверял Богдана, что будет продолжать советовать царю, чтобы тот выказал казакам свое расположение. В июне царь, вне всяких сомнений, после совещания с патриархом и наиболее влиятельными боярами, принял решение принять гетмана и казаков "под его царского величества высокую руку". Алексей Михайлович известил Богдана Хмельницкого об этом решении в письме от 22 июня. Особый посланник царя Федор Абросимович Ладыженский вручил это письмо гетману в Чигирине 10 июля 1653 г. Для того, чтобы иметь юридическую силу, царское решение должно было быть одобрено Земским Собором. Поэтому письмо Алексея Михайловича к Хмельницкому имело всего лишь характер предварительного извещения.

Торжественное заседание Собора было созвано 1 октября в Грановитой палате. На этом собрании присутствовали: патриарх Никон, митрополит Михаил Сербский, все иерархи московского патриаршества, бояре и прочие члены Боярской Думы, московские дворяне, представители провинциального дворянства (дворяне городовые), оптовые купцы (гости), члены двух основных купеческих корпораций (гостинной и суконной сотен), представители простых горожан (черных сотен), мелкого купечества и стрельцов.

Как и в 1651 г., Собор обсуждал оскорбления со стороны Польши и казацкую петицию. Голосование проходило по группам. Сперва опрашивалось мнение бояр; затем — каждого из прочих сословий. Духовенство не голосовало.

Было единогласно решено прервать переговоры с Польшей и принять казацкое войско под царское покровительство. 9 октября царь послал великое посольство к Богдану Хмельницкому, в состав которого входили: боярин Василий Васильевич Бутурлин, окольничий Иван Васильевич Олферов (Алферов) и дьяк Ларион Лопухин. Каждого из них сопровождало несколько помощников и чиновников.

Первым местом назначения на их пути был город Путивль на реке Сейме близ границы Черниговской области. Отсюда Бутурлин должен был проследовать к месту пребывания гетмана, которое тогда не было известно в Москве по причине казацко-польской войны. Царское посольство достигло Путивля 1 ноября. К тому времени гетман Хмельницкий все еще находился в Жванце. Он послал полковника Ивана Федоренко встретить Бутурлина. Федоренко прибыл в Путивль 3 декабря. Он сказал, что гетман возвратился в Чигирин, как только получил известие о приезде великого посольства. Переяслав (Переяславль) был указан как подходящее место для их встречи.

Последовал обмен курьерами между Бутурлиным и Хмельницким. Никто из них не хотел ехать прежде чем не убедится, что другой действительно приезжает на встречу. Обоюдная подозрительность в конце концов была преодолена. Бутурлин и его спутники, приблизился к Переяславу 31 декабря. Не доезжая до города примерно пяти километров, их встретил переяславский полковник Павел Тетеря во главе шестисот казаков. Тетеря приветствовал царское посольство торжественной речью. Когда все они проследовали к городу, переяславский архиерей Григорий во главе духовенства, несущего кресты и иконы, ждал московского посланника перед городскими воротами. Множество горожан со своими семьями стояло вокруг в ликующем настроении. Архиерей Григорий приветствовал московитов от имени всего православного народа и восславил Господа за исполнение их давно лелеемого желания — воссоединения Малой Руси с Великой Русью. Термин "Малая Русь" использовался в отношениях между патриархами Константинопольскими и русским духовенством и князьями для обозначения юго-западной России (т. е. Украины), начиная с конца XIII века.

Хмельницкий намеревался появиться в Переяславе на следующий день — 1 января 1654 г., но его приезд был отложен из-за опасного состояния льда на Днепре, что делало переправу через реку невозможной. Он достиг Переяслава к вечеру 7 января и встретился с Бутурлиным. Гетмана сопровождали войсковой писарь Иван Выговский и полковник Тетеря.

В официальном заявлении Бутурлину Хмельницкий и Выговский говорили о царе Алексее Михайловиче, как о родственнике Владимира Святого: "Как орел закрывает свое гнездо [крыльями]: так и государь [царь Алексей Михайлович] соизволил принять нас под свою высокую руку; Киев и вся Малая Русь — его царского величества вотчина".

Утром 8 января гетман созвал тайную раду со старшинами, которые подтвердили решение признать царя их покровителем. После этого на улицах Переяслава целый час звучали сигналы для всех присутствующих там казаков собраться на главной площади города на общее собрание — раду, чтобы решить судьбу украинского народа. Гетман обратился к раде, напомнив собравшимся, что они жили без государя на протяжении последних шести лет (с 1648—1654 гг.), и их это не удовлетворяло.

"Теперь мы видим, что больше не можем жить без царя". Он заявил раде, что они должны выбрать из четырех государей: турецкого султана, крымского хана, короля Польши и "великого государя, восточного царя". Первые двое, рассуждал Хмельницкий — мусульмане; что касается короля, каждый из нас знает, как много мы претерпели от польских вельмож; восточный царь — такой же греко-православной веры, что и мы. Хмельницкий обратился к народу, чтобы тот решил, кого же он хочет. "А те, кто не согласиться с нами, пусть идут, куда хотят". Собравшиеся на площади закричали: "Мы выбираем восточного православного царя". Затем полковник Тетеря прошел по городу, опрашивая людей: "Все ли вы согласны?". Ответом было: "Все мы, единогласно г. Затем войсковой писарь Иван Выговский объявил, что все казаки и горожане признают царя своим государем.

После собрания рады московские посланники встретились с гетманом и старшинами. Бутурлин торжественно вручил гетману царское послание, адресованное ему и всему запорожскому войску. Выговский зачитал послание всем присутствующим. Затем Бутурлин обратился к собранию, повторив мотивы царского решения принять казаков под свое покровительство. После этого Бутурлин, гетман и старшины последовали в переяславский собор, где московские священники, архимандрит Прохор и архиерей Андриан, как и переяславский архиерей Григорий, стояли, будучи готовы привести их к присяге на верность царю.

В этот момент, неожиданно для всех, Богдан Хмельницкий вмешался с требованием, чтобы Бутурлин и его помощники первыми поклялись именем царя Алексея, что он никогда не предаст казаков полякам, что он не нарушит их свобод, что он подтвердит права на земельные угодья украинской шляхты, казаков и горожан и выпустит грамоты, касательно их угодий. Бутурлин ответил, что царь никогда не давал клятв своим подчиненным, поскольку его слово всегда крепко.

Богдан вышел из церкви, чтобы посоветоваться со старшинами, которые отправили в церковь в качестве своих делегатов полковника Тетерю, который, вместе с Выговским, возглавлял консервативную партию среди старшин, и миргородского полковника Григория Сахновича. Оба они настаивали на том, чтобы Бутурлин дал клятву от имени царя, и приводили доводы, что польские короли всегда давали клятву своим подчиненным. Бутурлин резко возразил, что, хотя польские короли в действительности делали так, они не сдерживали своих клятв. Но "царское слово неизменно". Два полковника объявили, что гетман и старшины доверяют царскому слову, но рядовые казаки — нет, и поэтому потребовали царской клятвы. После этого делегаты возвратились к гетману, чтобы посоветоваться с ним еще раз. Заявление делегатов, конечно же, было лицемерным и, по всей видимости, было сделано, чтобы спасти свой престиж. Конечно, именно старшины хотели получить от царя политические гарантии, а также подтверждение прав на казацкие земельные угодья. Что же касается рядовых казаков, они с подозрением относились к самим старшинам и сердились на то, что принятие клятвы верности царю оттягивается. Вследствие этого гетман и старшины незамедлительно вновь появились в церкви в сопровождении группы казаков и выразили свою готовность приступить к принесению клятвы без всяких условий. Однако они выразили намерение обратиться позднее к царю с петицией для подтверждения прав и привилегий запорожского войска. Это оказалось приемлемым для Бутурлина.

Затем гетман и старшины торжественно поклялись в своей верности царю. После этой церемонии все они направились в переяславское административное здание, и там Бутурлин, от имени царя, передал гетману символы его власти — знамя и булаву, а также богатый костюм (ферязь) и меховую шапку в московском стиле. Обильные дары были преподнесены писарю Выговскому и всем старшинам.

На следующий день низшие офицеры запорожского войска, рядовые казаки и горожане поклялись в верности царю в переяславском соборе. На протяжении следующих трех дней Бутурлин провел ряд серьезных совещаний с гетманом и старшинами.

Гетман снабдил Бутурлина списком украинских городов и селений, в которых царские должностные лица должны были принять клятву верности царю. Самому Бутурлину нужно было ехать с этой целью в Киев и Нежин. Он объявил также, что, в соответствии с просьбой Богдана Хмельницкого, в Киев вскоре будет отправлено подразделение московских солдат для защиты города от поляков. В виду угрозы войны с Польшей были согласованы совместные действия московских и казацких войск. И Хмельницкий, и Выговский сообщили Бутурлину, что белорусы в Великом княжестве Литовском ждут того, чтобы царь и их принял под свое покровительство.

С точки зрения политической, самой значительной темой переяславских переговоров Бутурлина с гетманом и старшинами было придание окончательной формы условиям объединения Украины с Москвой. От своего лица и от лица старшин Хмельницкий просил царя подтвердить права шляхты, казаков и горожан: "Пусть шляхтич остается шляхтичем, казак — казаком, а горожанин – горожанином". Судить казаков должны будут полковники и сотники. Затем Хмельницкий объяснил, что при польском режиме казаку за его верную службу жаловалось земельное угодье только на время его собственной жизни; после смерти казака его жена и дети не наследовали земли. Хмельницкий потребовал, чтобы теперь казацкие земли стали полной собственностью для них и их потомков. Бутурлин заверил гетмана, что царь удовлетворит эти требования.

Затем Хмельницкий попросил, чтобы число реестровых казаков было установлено в количестве шестидесяти тысяч человек. Он объяснил, что не стал бы возражать и против большего числа, если это устроит царя, и не потребовал для казаков жалования. Кроме того, Богдан Хмельницкий попросил о том, чтобы район Чигерина был приписан к его должности гетмана. При таком положении дел Иван Выговский сказал, что он напишет петицию царю, чтобы тот подтвердил его право на землю, которой он владеет в настоящее время, и даровал ему больше земель. Что касается официальной печати гетмана и запорожской армии (на которой все еще стояло имя короля Польши), Выговский попросил, чтобы царь прислал гетману новую печать с царским именем на ней.

В общем, требования старшин сводились к подтверждению прав и привилегий запорожского войска, шляхты и городов, каковыми они были при польских королях, особенно в период действия Зборовского договора; а также в некоторых особых случаях к расширению старых прав, таких как срок владения землей казаками и число реестровых казаков.

Основывая свои пожелания на конституционном положении казаков, шляхты и городов под властью польских королей, казацкие старшины считали само собой разумеющимся, что царь наделен такими же правами и полномочиями, что и король Польши и Хмельницкий, и Выговский объяснили Бутурлину, что царь имеет право собирать с украинских городов такие же налоги и пошлины, что и польский король. Выговский только настаивал на том чтобы не царские воеводы, а муниципальные власти собирали деньги всякий раз и передавали их царским доверенным лицам. Более того, Выговский объяснил, что владения польской короны, так же как и земельные угодья польских магнатов теперь принадлежат царю, и он может прислать своих чиновников для проведения переписи населения. По всей вероятности, именно из этого источника сам Выговский предполагал получить землю от царя.

В конце делегация старшин потребовала, чтобы Бутурлин дал им письменные гарантии того, что царь подтвердит казацкие права и привилегии, включая их права на земельные угодья. Бутурлин наотрез отказался делать это, и, в то же время, заверил их, что их права будут подтверждены царем. Делегаты покинули совещание вместе со всеми старшинами. Один из них вскоре вернулся с заявлением, что гетман и старшины находятся в зависимости от царской доброй воли. 13 января гетман, писарь запорожского войска, полковники и прочие офицеры нанесли официальный визит Бутурлину. Гетман от лица всей запорожской армии с городами и землями сделал заявление о верности царю. Таким образом, переговоры старшин с Бутурлиным в Переяславе были завершены.

В предыдущий день, 12 января, Бутурлин нанес визит представителям украинской шляхты, которые потребовали, чтобы Бутурлин подтвердил их привилегированный статус по сравнению с рядовыми казаками и назначил им должности в местном управлении на Украине. Список подобных должностей с именами тех шляхтичей, которые должны были занять эти места, был вручен Бутурлину. Бутурлин ответил им, что обсудит эту петицию с гетманом. Это напугало шляхту, и они забрали петицию обратно, попросив Бутурлина не упоминать о ней гетману.

14 января Бутурлин направил посланников в семнадцать украинских областей (полков), чтобы принять клятву верности, а он и его помощники отправились в Киев. Они приблизились к Киеву через два дня. Не доезжая примерно две мили до Золотых Ворот, они были встречены митрополитом Сильвестром с группой священников и монахов. Сильвестр в своей речи, составленной в осторожных выражениях, воздал хвалу Бутурлину и его спутникам их желание посетить город первого благочестивого русского князя: "В моем лице благочестивый Владимир, великий князь русский, и первозванный апостол Андрей, который предрек Господню славу на этой земле, целуют вас […] и святые Антоний и Феодосии из Лавры целуют вас [...] И мы целуем вас и приглашаем войти в наш дом Господень — место благочестивых русских князей будет возрождено, как возрождается юность орла".

Хотя он тепло приветствовал приезд царских послов в Киев, Сильвестр ни словом не упомянул о царском протекторате над Малой Русью. Дело в том, что он не выражал симпатий по отношению к переяславской раде и никогда ранее не выказывал поддержки желанию Хмельницкому признать царский протекторат над казацким войском.

После того, как Сильвестр произнес свою речь, они с Бутурлиным и их спутниками вошли в город и проследовали для молитвы в собор Святой Софии. Затем Бутурлин напрямую спросил Сильвестра, почему тот не написал царю письма в поддержку петиции Богдана Хмельницкого. Сильвестр уклончиво ответил, что он не знал о действиях Хмельницкого, но что он выражает желание молить Господа о здоровье царя. Бутурлин принял такое объяснение. 17 января казацкие офицеры, рядовые казаки, находившиеся в Киеве, и киевские горожане принесли клятву верности царю. Затем Бутурлин отправил своих представителей к митрополиту Сильвестру и архимандриту Лавры Иосифу просить их, чтобы они прислали людей, находящихся у них в подчинении (шляхту и горожан, как и домашних слуг), для принесения клятвы верности. Ответа не последовало. На следующий день Бутурлин направил одного из чиновников своего посольства Ивана Плакидина к Сильвестру и Иосифу и потребовал, чтобы люди, находящиеся у них в подчинении, немедленно были присланы для принесения клятвы под угрозой наказания. Сильвестр ответил, что эти люди находятся под его властью, и не пристало им давать клятву верности царю. Тогда Бутурлин послал дьяка Лопухина, чтобы тот призвал митрополита. Очередной раз Сильвестр отказался подчиниться. Лопухин был возмущен и не попросил у митрополита благословения, как того требовал древний обычай. Однако 19 января Сильвестр и Иосиф внезапно изменили свое решение и позволили подвластным им людям принести клятву.

Сделав это дело, Бутурлин и его сопровождающие покинули Киев и направились в Нежин. На пути они получили настойчивые письма гетмана и войскового секретаря, просивших Бутурлина ускорить прибытие московских солдат в Киев. Бутурлин немедленно написал воеводе московский войск отправлявшихся в Киев, князю Федору Семеновичу Куракину, чтобы тот поспешил к месту назначения из Путивля, где в то время был его лагерь. 23 января Бутурлин и его спутники достигли Нежина, где их тепло приняли духовенство и местное население. На следующий день к присяге на верность были приведены находившиеся в Нежине казаки, горожане и "все прочие люди". Его миссия была успешно выполнена, и Бутурлин возвратился в Москву.