За роки незалежності в Україні розбудовано організаційну структуру органів, які прямо чи опосередковано забезпечують діяльність у сфері правової охорони та захисту прав інтелектуальної власності [2, с. 9].

У структурі законодавчої гілки: у Верховній Раді України в складі Комітету з питань науки і освіти діє підкомітет з питань інтелектуальної власності.

У структурі судової гілки, представленій судами загальної юрисдикції та спеціалізованими судами, запроваджена спеціалізація суддів у сфері інтелектуальної власності. Так, у 2000 р. сформована Судова палата Вищого господарського суду України з розгляду справ у господарських спорах, пов’язаних із захистом права на об’єкти інтелектуальної власності, а також відповідні колегії у складі місцевих та апеляційних господарських судів. Окремі судді господарських судів АР Крим, обласних, міст Києва та Севастополя спеціалізуються на розгляді спорів щодо зазначених прав.

Структура органів виконавчої гілки влади (додаток А) охоплює такі установи [3, 4]:

Міжвідомчий комітет з проблем захисту прав на об'єкти інтелектуальної власності – постійно діючий орган при Кабінеті Міністрів України, створений у лютому 2000 р. для координації діяльності органів виконавчої влади у сфері охорони інтелектуальної власності.

Державний департамент інтелектуальної власності, створений у квітні 2000 р. в складі Міністерства освіти і науки України [5]. Держдепартамент є урядовим органом державного управління, що уповноважений реєструвати і забезпечувати підтримання на території України прав на винаходи, корисні моделі, промислові зразки, торговельні марки, зазначення походження товарів тощо, а також здійснювати реєстрацію об’єктів авторського права: творів науки, літератури, мистецтва, комп’ютерних програм, баз даних та інших творів. Держдепартамент проводить єдину державну політику у сфері правової охорони прав об’єктів інтелектуальної власності. Він здійснює роботи по удосконаленню нормативно-правової бази, контролює дотримання чинного законодавства в цій сфері, підтримує міжнародне співробітництво у сфері інтелектуальної власності, забезпечує умови щодо введення інтелектуальної власності до господарського обігу, координує роботи з підготовки та підвищення кваліфікації фахівців з інтелектуальної власності, взаємодіє з громадськими організаціями, які опікуються інтелектуальною власністю.

До сфери управління Держдепартаменту включено державні підприємства: «Український інститут промислової власності» разом з його філією «Український центр інноватики та патентно-інформаційних послуг», «Українське агентство з авторських і суміжних прав», «Інтелзахист», а також вищий навчальний заклад – Державний інститут інтелектуальної власності.

При Департаменті створено Консультативну раду з представників усіх творчих спілок України та відомих творчих діячів України. Діє Апеляційна палата для розгляду в адміністративному порядку заперечень проти рішень за заявками на винаходи, корисні моделі, промислові зразки, знаки для товарів і послуг, топографії інтегральних мікросхем і зазначення походження товарів. З 2005 р. у його складі діє Громадська колегія.

Повноважними представниками Державного департаменту інтелектуальної власності в регіонах України є державні інспектори з питань інтелектуальної власності. Головним завданням державних інспекторів є попередження правопорушень у сфері інтелектуальної власності.

Головними функціями Українського інституту промислової власності (Укрпатенту) є: здійснення прийому та експертизи заявок на видачу охоронних документів на об'єкти промислової власності (винаходи та корисні моделі, промислові зразки, торговельні марки, топографії інтегральних мікросхем, зазначення походження товару), забезпечення державної реєстрації охоронних документів та ліцензійних договорів, формування пропозицій по вдосконаленню та гармонізації чинного законодавства, інформаційне забезпечення функціонування державної системи охорони промислової власності, актуалізація патентно-інформаційної бази та національних фондів патентної документації.

До функцій філії «Український центр інноватики та патентно-інформаційних послуг» (УкрЦІПІП) Укрпатенту належить: інформаційне забезпечення та організаційна підтримка інноваційного бізнесу, надання широкого спектру патентно-інформаційних послуг, проведення інформаційних пошуків та патентних досліджень, складання заявок на видачу охоронних документів в Україні і за кордоном, складання ліцензійних договорів; консалтинг щодо набуття, використання та захисту об’єктів промислової власності; підготовка тематичних добірок патентної документації та аналітичних оглядів; забезпечення функціонування Інтернет-біржі промислової власності, сприяння розвитку винахідницької діяльності, проведення семінарів, конференцій, конкурсів винахідницької діяльності.

Головною функцією Українського агентства з авторських і суміжних прав (УААСП) є колективне управління правами авторів. УААСП, за бажанням автора, здійснює реєстрацію суб’єктів авторського права і (або) суміжних прав та об’єктів авторських прав і (або) суміжних прав, які охороняються національним законодавством. Важливою функцією УААСП’у є надання допомоги щодо захисту прав авторів у разі їх порушення.

Державний інститут інтелектуальної власності виконує функцію підготовки та підвищення кваліфікації фахівців у сфері інтелектуальної власності. Він готує спеціалістів і магістрів за спеціальністю «Інтелектуальна власність», кандидатів у патентні повірені та професійних оцінювачів прав на об'єкти права інтелектуальної власності, а також підвищує кваліфікацію патентознавців, суддів, викладачів вищих та загальноосвітніх навчальних закладів, фахівців силових підприємств тощо. Інститут входить до складу навчально-науково-виробничого комплексу, який утворено Державним департаментом інтелектуальної власності, Українським інститутом промислової власності та Українським агентством з авторських і суміжних прав.

Державне підприємство "Інтелзахист" створене з метою удосконалення організації видачі контрольних марок для маркування примірників аудіовізуальних творів фонограм, комп'ютерних програм, баз даних, а також посилення захисту прав інтелектуальної власності та попередження правопорушень у цій сфері.

Існують також громадські організації, що опікуються проблемами інтелектуальної власності та з якими тісно співпрацює Держдепартамент. Серед них – Всеукраїнська асоціація інтелектуальної власності. Вона має міжвідомчий характер і сприяє доведенню основних проблем, що існують у сфері інтелектуальної власності, до відома законодавчої та виконавчої гілок влади.

Особливе місце займає Всеукраїнська асоціація патентних повірених України. За чинним законодавством, саме через патентних повірених здійснюється патентування вітчизняних винаходів за кордоном і навпаки. Патентні повірені надають також кваліфіковані послуги фізичним і юридичним особам в питаннях правової охорони, використання та захисту прав на об’єкти права інтелектуальної власності.

Товариство винахідників і раціоналізаторів України займається популяризацією винахідницької діяльності, надає винахідникам і раціоналізаторам певну допомогу в їх діяльності.

Українська асоціація власників товарних знаків опікується інтересами правовласників торговельних марок.

Функцію охорони прав на сорти рослин як об’єкт права промислової власності здійснює Державна служба з охорони прав на сорти рослин (Держсортслужба), підпорядкована Міністерству аграрної політики України [6]. Серед її завдань є такі як забезпечення державного контролю та нагляду за збереженістю сортів рослин, реєстрацією ліцензійних договорів на їх використання та виплатою авторської винагороди; проведення державної науково-технічної експертизи сортів рослин як об'єктів інтелектуальної власності; організація та здійснення державного випробування сортів рослин з метою визначення придатності для поширення їх в Україні; здійснення контролю за додержанням юридичними і фізичними особами законодавства з питань охорони прав на сорти рослин тощо.

Держсортслужба та підпорядковані їй Український інститут експертизи сортів рослин, Державна інспекція з охорони прав на сорти рослин, Державний центр Автономної Республіки Крим з державною інспекцією з охорони прав на сорти рослин Автономної Республіки Крим, обласні державні центри експертизи сортів рослин з державними інспекціями з охорони прав на сорти рослин областей, державні сортодослідні станції, лабораторії та інші заклади експертизи, підприємства становлять державну систему охорони прав на сорти рослин.