Учрежденный 8 февраля 1726 г. Верховный Тайный Совет как при Екатерине I, так и в особенности при Петре II фактически осуществлял все права верховной власти, вследствие чего положение Сената, особенно по сравнению с первым десятилетием его существования, совершенно изменилось. Хотя степень предоставленной Сенату власти, в особенности в первое время правления совета[3], формально не потерпела решительно никаких изменений, а круг предметов его ведомства иногда даже расширялся, но общее значение Сената в системе государственных учреждений очень быстро изменилось уже в силу одного того, что верховный тайный совет стал над Сенатом. Немалый удар значению Сенату был нанесен и тем, что наиболее влиятельные Сенаторы перешли в верховный совет. В числе этих Сенаторов были президенты трех первых коллегий (военной — Меньшиков, морской — гр. Апраксин и иностранной — гр. Головкин), которые становятся до некоторой степени равными Сенату. Еще важнее была та дезорганизация, которая была внесена верховным тайным советом во все учреждения империи. Генерал-прокурор Ягужинский, враг партии, образовавшей верховный тайный совет, был назначен резидентом в Польшу, и должность генерал-прокурора фактически упразднилась; исполнение ее было поручено обер-прокурору Воейкову, не имевшему никакого влияния в Сенате; в марте 1727 г. была упразднена должность рекетмейстера. В это же время мало-помалу исчезают и должности фискалов.

После той коренной ломки, которой подверглись местные учреждения Петра (1727—1728 гг.), губернское управление пришло в полное расстройство. При таком положении дел центральные учреждения, в том числе и стоявший во главе их Сенат, утратили всякую действительную силу. Почти лишенный средств надзора и местных исполнительных органов, ослабленный в своем личном составе Сенат продолжал, однако, нести на своих плечах тяжелый труд мелкой текущей правительственной работы. Титул Правительствующий еще при Екатерине был признан «неприличным» Сенату и заменен титулом «Высокий». Верховный совет требовал от Сената отчетов, запрещал ему производить расходы без разрешения, делал Сенату выговоры, грозил штрафами.

Когда замыслы верховников потерпели неудачу и императрица Анна вновь «восприняла» самодержавие, указом 4 марта 1730 г. Верховный Тайный Совет был упразднён и Правительствующий Сенат восстановлен в прежней силе и достоинстве. Число Сенаторов было доведено до 21, причем в состав Сената вошли самые выдающиеся сановники и государственные деятели. Через несколько дней была восстановлена должность рекетмейстера; Сенат снова сосредоточил в своих руках все управление. Для облегчения Сената и освобождения его от влияния канцелярии он был разделен (1 июня 1730 г.) на 5 департаментов; задачею их была предварительная подготовка всех дел, которые решаться должны были по-прежнему общим собранием Сената. На самом деле разделение Сената на департаменты не осуществилось. Для надзора над Сенатом Анна Иоанновна сначала думала ограничиться еженедельным представлением ей двух ведомостей, одной — о решённых делах, другой — о делах, которые Сенат без доклада императрице решить не может. 20 октября 1730 г. признано было, однако, необходимым восстановить должность генерал-прокурора.

В 1731 году (6 ноября) официально появляется новое учреждение — кабинет, уже около года существовавший в виде частного секретариата императрицы. Через кабинет восходили к императрице доклады всех учреждений, в том числе и Сената; из него объявлялись высочайшие резолюции. Постепенно участие императрицы в постановлении резолюций уменьшается; 9 июня 1735 г. указы, подписанные тремя кабинет - министрами, получают силу именных.

Хотя компетенция Сената формально изменена не была, но фактически подчинение кабинет - министрам весьма тяжело отразилось на Сенате даже в первый период существования кабинета (до 1735 г.), когда он занимался по преимуществу делами иностранной политики. Позже, когда кабинет начал простирать свое влияние и на дела внутреннего управления, постоянные непосредственные сношения кабинета с коллегиями и даже с Сенатской канцелярией помимо Сената, понукания за медленность, требования отчетов и реестров решенных и нерешенных дел, наконец, крайнее уменьшение состава Сенаторов (одно время в Сенате бывали только двое, Новосильцов и Сукин, личности с самою нелестною репутацией) довели Сенат до небывалого падения.

После указа 9 июня 1735 г. фактическое господство кабинет - министров над Сенатом приобретает законную основу, и на доклады Сената резолюции кладутся уже от имени кабинета. После смерти Анны Иоанновны (17 октября 1740 г.) в кабинете были поочередно полновластными хозяевами Бирон, Миних и Остерман. Поглощенному борьбою партий кабинету было не до Сената, значение которого поэтому в это время несколько повышается, что выражается, между прочим, в появлении «общих рассуждений» или «генеральных собраний» кабинета с Сенатом.

12 ноября 1740 г. была учреждена должность придворного рекетмейстера, сначала для рассмотрения всеподданнейших жалоб на коллегии и низшие места, а с 27 ноября того же года и на Сенат[4]. В марте 1741 г. эта должность была упразднена, но разрешение приносить всеподданнейшие жалобы на Сенат осталось в силе.