В соответствии с Таможенным кодексом РФ и Указом Президента РФ от 9 марта 2004 года №314 "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти" Федеральная таможенная служба является органом федеральной исполнительной власти, осуществляющим непосредственное руководство таможенным делом в стране.

Как федеральный орган исполнительной власти Федеральная таможенная служба России осуществляет свою деятельность во взаимодействии с другими органами федеральной исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, а также органами местного самоуправления.

Основные задачи ФТС России вытекают из основных направлений таможенной политики Российской Федерации и мер по ее реализации и сводятся к следующему: обеспечению в пределах своей компетенции единства экономической безопасности и единства таможенной территории страны; защите экономических интересов России; организации применения и совершенствованию средств таможенного регулирования хозяйственной деятельности с учетом приоритетов развития российской экономики и необходимости создания благоприятных условий для участия России в мировых хозяйственных связях; организации и совершенствованию таможенного дела в России; обеспечению соблюдения таможенного и иного законодательства, контроль за исполнением которого возложен на российские таможенные органы; обеспечению участия России в международном сотрудничестве по таможенным вопросам.

В соответствии с названными задачами Федеральная таможенная служба выполняет функции, которые можно разделить на следующие группы.

1. Организационные функции. К ним, в частности, относятся: подготовка предложений о совершенствовании российской таможенной политики, разработка правового, экономического и организационного механизма ее реализации и претворение ее в жизнь; подготовка проектов правовых актов о таможенном деле; в соответствии с законодательством России создание региональных таможенных управлений и таможен, таможенных лабораторий, вычислительных центров, материально-технической базы, полиграфических, строительно-эксплуатационных и иных предприятий и организаций, деятельность которых способствует решению задач таможенных органов России.

2. Фискальные функции. В процессе осуществления своей деятельности Федеральная таможенная служба России вносит в установленном порядке предложения о ставках и механизме применения таможенных и иных пошлин и налогов в отношении товаров, перемещаемых через российскую таможенную границу; участвует в разработке мер экономической политики в отношении товаров, перемещаемых через российскую таможенную границу, включая лицензирование, регулирование цен и другие нетарифные меры, осуществляет их реализацию; организует взимание таможенных пошлин и налогов и иных таможенных платежей в отношении товаров, перемещаемых через российскую таможенную границу; обеспечивает своевременное и полное внесение в федеральный бюджет таможенных пошлин и налогов; выдает или обеспечивает выдачу лицензий и квалификационных аттестатов, аннулирует или отзывает их; обеспечивает ведение реестров; утверждает размеры сборов и других платежей.

3. Функции таможенного оформления и таможенного контроля. К этим функциям относятся: непосредственная организация таможенного оформления товаров и транспортных средств; осуществление мер по его совершенствованию и упрощению; обеспечение как самостоятельно, так и во взаимодействии с другими правоохранительными органами контроля за соблюдением режима зоны таможенного контроля; организация системы охраны объектов таможенной инфраструктуры; организация осуществления таможенного контроля и принятие мер по его совершенствовании) и упрощению без ущерба эффективности такого контроля; участие в разработке и организации соблюдения разрешительного порядка перемещения отдельных товаров и транспортных средств через таможенную границу России; участие в организации экспортного контроля, контроля за вывозом стратегических и других жизненно важных для России материалов, а также культурных ценностей.

4. Функции валютного контроля. К этой группе можно отнести следующие функции: организацию осуществления валютного контроля (в пределах компетенции); выполнение функций органа валютного контроля.

5. Правоохранительные функции. К ним относятся: обеспечение участия российских таможенных органов в осуществлении мер по защите государственной безопасности, охране общественного порядка, нравственности населения, жизни и здоровья человека, животных и растений, окружающей природной среды, защите интересов российских потребителей ввозимых товаров; организация борьбы с контрабандой и иными преступлениями в сфере таможенного дела; обеспечение выполнения российскими таможенными органами функций органов дознания по таким преступлениям и органов, осуществляющих оперативно-розыскную деятельность; организация ведения борьбы с нарушениями таможенных правил; осуществление контроля за соблюдением должностными лицами российских таможенных органов законности при производстве по делам о контрабанде и об преступлениях в сфере таможенного дела, ведении оперативно-розыскной деятельности, производстве по делам о нарушении таможенных правил и их рассмотрении.

6. Функции по ведению таможенной статистики. В данную группу можно включить следующие функции: организацию ведения таможенной статистики внешней торговли и специальной таможенной статистики России; Представление Президенту РФ, Правительству РФ и другим федеральным органам исполнительной власти данных таможенной статистики по вопросам, отнесенным к их ведению, а также субъектам Российской Федерации в части, непосредственно к ним относящейся; обеспечение информирова­ния всех заинтересованных в этом лиц посредством официальных публикаций данных таможенной статистики внешней торговли по формам, принятым в международной практике; организацию ведения Товарной номенклатуры внешнеэкономической деятельности, а также работы по подготовке предложений по ее изменению и дополнению.

7. Функции, направленные на защиту прав и интересов граждан, предприятий, учреждений и организаций при осуществлении ими таможенного К этой группе функций относятся: создание условий для реализации прав граждан, предприятий, учреждений и организаций на обжалование решений (в том числе нормативных актов), действий и бездействия таможенных органов России и их должностных лиц; обеспечение своевременного полного рассмотрения жалоб и обращений; принятие мер по устранению причин, порождающих ущемление прав и интересов граждан, предприятий, учреждений и организаций; создание системы обеспечения заинтересованных лиц информацией и оказания им консультаций по таможенным вопросам в соответствии с законодательством России; обеспечение в пределах компетенции опубликования наиболее важных правовых актов по таможенному делу; проведение информационно-разъяснительной работы по состоянию и развитию таможенного дела в России с использованием различных средств массовой информации, в том числе иностранных; создание системы принятия и функционирования предварительных решений по вопросам применения законодательных актов по таможенному делу в отношении конкретного товара или хозяйственной операции.

8. Функции по международному сотрудничеству в сфере таможенного дела. Здесь можно выделить следующие функции: разработку проектов международных договоров России по вопросам таможенного дела, проведение в установленном порядке переговоров по их заключению, представление предложений о заключении таких договоров; участие в разработке проектов других международных договоров России в части, касающейся таможенного дела; внесение в Правительство РФ предложений о присоединении России к международным договорам по вопросам таможенного дела; участие в деятельности международных организаций, занимающихся вопросами таможенного дела и др.

9. Функции по реализации кадровой и социальной политики в сфере таможенного дела. К этой группе функций относятся: обеспечение подготовки, переподготовки и повышение квалификации должностных лиц таможенных органов, подготовки специалистов для работы в таможенных лабораториях, других подведомственных учреждениях, предприятиях и организациях; утверждение учебных программ для подведомственных учебных заведений; организация системы обучения специалистов в области таможенного дела для предприятий, учреждений и организаций; развитие материально-технической и социальной базы таможенных органов; содействие реализации мер правовой и социальной защиты должностных лиц таможенных органов и других подведомственных предприятий, учреждений и организаций.

Из приведенных функций Федеральной таможенной службы видно, что они носят в основном организационный и контролирующий характер (организация, обеспечение, осуществление контроля). Это еще раз подчеркивает, что Федеральная таможенная служба является функциональным центром cсистемы таможенных органов, возглавляет ее и направляет деятельность всех звеньев системы, способствуя реализации задач и функций, стоящих перед воженными органами страны в целом.

Возложенные на нее функции Федеральная таможенная служба выполняет непосредственно, а также через региональные таможенные управления, таможни и таможенные посты, таможенные лаборатории, подведомственные Федеральной таможенной службе учебные заведения, научно-исследовательские учреждения, вычислительные центры и другие предприятие и организации.

В процессе осуществления возложенных на нее функций Федеральная таможенная служба России в случаях, предусмотренных Таможенным кодексом РФ и иными законодательными актами, наделена правом издания нормативно-правовых актов по таможенному делу, обязательных и для исполнения всеми таможенными органами Российской Федерации, предприятиями, учреждениями и организациями независимо от форм собственности, а также должностными лицами и гражданами.

Возложенные на Федеральную таможенную службу России функции и задачи определяют его внутреннюю организационную структуру, состоящую из руководства Федеральной таможенной службы России, которое в свою очередь состоит из Председателя Федеральной таможенной службы России, его заместителей и коллегии Федеральной таможенной службы, а также из аппарата Федеральной таможенной службы России, в состав которого входят управления и отделы, создаваемые в соответствии с функциями и основными направлениями деятельности Федеральной таможенной службы.

Федеральная таможенная служба России является органом, руководство которым осуществляется на принципах сочетания коллегиальности и единоначалия. Председатель Федеральной таможенной службы России осуществляет общее руководство системой таможенных орга­нов. Председатель Федеральной таможенной службы России назначается на должность и освобождается от должности Президентом РФ и имеет ранг федерального министра. Председатель Федеральной таможенной службы России имеет заместителей, назначаемых и освобождаемых от должности Правительством РФ по представлению Председателя Федеральной таможенной службы России. Обязанности между заместителями распределяются Председателем Федеральной таможенной служба России.

Наиболее важные вопросы, связанные с деятельностью по руководству таможенным делом, решаются на заседаниях образуемой в составе Федеральной таможенной службой России Коллегии Федеральной таможенной службы России, возглавляемой Председателем Федеральной таможенной службы России и состоящей из его заместителей и ряда иных руководящих работников системы таможенных органов и организаций таможенной службы. Решения коллегии претворяются в жизнь приказами Председателя Федеральной таможенной службы России и являются обязательными для всех нижестоящих звеньев таможенной системы.

Основной объем оперативной работы по руководству деятельностью системы таможенных органов ложится на управления и отделы Федеральной таможенной службы России, сформированные по функциональному признаку.

Федеральная таможенная служба России является юридическим лицом со всеми присущими статусу юридического лица признаками. Финансирование деятельности Федеральной таможенной службы России и подчиненных ему таможенных органов осуществляется за счет средств федерального бюджета.