Борис Годунов (1598-1605), избранный на царство Земским собором 1598 г., стал единоличным правителем государства ещё при жизни болезненного и политически недееспособного Фёдора Иоанновича. Борис Годунов продолжал политику утверждения самодержавия и укрепления государства, основанную на укреплении положения дворянства и ослаблении феодальной знати.

Чтобы успешно противостоять родовитому боярству, недовольному новым царем – «выскочкой», Годунов ищет популярности у населения, среднего служилого слоя, давая различные льготы, освобождая на несколько лет от податей целые местности. Одновременно ликвидируются податные привилегии крупных светских и церковных феодалов (например, так называемые тарханы). Для укрепления вооружённых сил Б. Годунов увеличил число стрельцов и других служилых людей.

Попытки навести порядок в финансах (ревизия казны), в городском управлении, устранить разного рода административные злоупотребления успеха не имели.

В 1589 г. в Москве было введено патриаршество, что повысило международный авторитет русской православной церкви. Первым патриархом стал Иов, человек близкий к Годунову.

Борис Годунов несколько упрочил международное положение страны. После войны со Швецией в 1590 г. были возвращены земли в устье Невы, утерянные Россией после Ливонской войны. В 1592 г. был отражен набег крымского хана Казы-Гирея.

В 1600 г., будучи уже царем, Борис Годунов заключил перемирие с Польшей на 20 лет. Однако его положение внутри страны оставалось непрочным. Знать всячески сопротивлялась утверждению самодержавия, стремясь к большей власти.

В 1591 г. в Угличе погиб царевич Дмитрий. Комиссия князя В.И. Шуйского официально объявила, что Дмитрий погиб во время эпилептического припадка. Однако в народе поползли слухи, что Дмитрий убит людьми Годунова, некоторые утверждали, что царевичу удалось спастись, и убит был не он.

Боярство в условиях прекращения законной династии после смерти царя Федора стремилось сохранить и даже расширить свою роль в управлении государством, пыталось использовать недовольство народных масс, направив его против «безродного» царя Б.Ф. Годунова.

В свою очередь Годунов пытался предпринять меры для ослабления недовольства. В 1598 г. он сложил недоимки по налогам и податям, дал некоторые привилегии служилым и посадским людям в выполнении государственных повинностей. Но все это уже не могло снять остроту противоречий. И без того тяжелое положение населения усугубилось голодом 1601-1603 гг.

В обстановке хаоса голодных лет Годунов пытался не допустить народного выступления. Он устанавливал предельную цену на хлеб, в ноябре 1601 г. разрешил переход крестьян, начал раздачу хлеба из государственных амбаров, усилил репрессии по разбойным делам и разрешил уходить холопам от своих хозяев, если те не могли их прокормить.

Однако эти меры успеха не имели. В 1603-1604 гг. вспыхнуло восстание холопов под руководством Хлопка, охватившее все Подмосковье. Восстание было подавлено.

Правительство Годунова предпринимало меры для оживления промышленности и торговли, давая льготы иностранным купцам, приглашая в страну знатоков горного дела и других специалистов, заботилось о безопасности сообщений. Впервые для обучения за границу было отправлено несколько молодых дворян. Отмечалось стремление Годунова к общению с цивилизованным Западом. При Борисе в Москве начали распространяться западные обычаи.

Активно велась политика колонизации Сибири, Среднего Поволжья и южных районов страны, где возникали новые города - Тюмень, Тобольск, Сургут, Уржум, Самара, Саратов, Царицын и др. Широкое распространение крепостного и церковного строительства - отличительная особенность государственной деятельности Б.Годунова.

Борис Годунов стремился найти выход из хозяйственного кризиса на путях дальнейшего закрепощения крестьян. Возможно, в условиях послеопричного кризиса - запустения центральных уездов - это был единственный способ предотвратить хозяйственное разорение страны.

Личность Бориса Годунова трактуется в исторической литературе неоднозначно. Если историки Н. М. Карамзин и Н. И. Костомаров рисовали Годунова безнравственным интриганом, то С. Ф. Платонов характеризовал его положительно. Он считал Годунова талантливым политическим деятелем, которому не посчастливилось стать умиротворителем государства лишь в силу указанных выше обстоятельств. В. О. Ключевский, отмечая опыт и способности Годунова, в то же время подчеркивал его непомерное властолюбие, двуличие и другие негативные качества, которые не позволили ему стать авторитетным правителем.