У результаті повторного другого туру голосування, визнаного експертами набагато демократичнішим ніж два попередніх, Віктор Ющенко отримав 51,99 % голосів, тоді як Віктор Янукович 44,20 %. Передвиборний штаб Віктора Януковича, перебравши тактику команди Ющенка з другого туру, розпочав юридичну війну, направлену на затягування процедури вступу на посаду нового Президента України. 20 січня 2005 року, Верховний Суд України відхилив скаргу кандидата в Президенти Віктора Януковича за відсутністю доказів, та розблокував процес офіційного вступу Віктора Ющенка на посаду Президента.

Діяльність Ющенка як Президента України є досить суперечливою. У 2005 він зробив чимало кроків, таких як розпуск ДАІ, відміна візового режиму для громадян ЄС та США, введення значної матеріальної допомоги при народженні дитини. Ющенко не зміг припинити розбрат у стані своїх партнерів по Помаранчевій Революції.

В зовнішній політиці України також залишалось чимало проблем. За час президентства Ющенка і за чималих його зусиль Україна вступила в Світову Організацію Торгівлі (СОТ). Хоча відносини з Росією формально залишалися добрими, реально Росія стала проводити надзвичайно агресивну політику економічного та інформаційного пригнічення України («Газова війна», антиукраїнська пропаганда на телебаченні тощо).

На виборах у Верховну Раду 26 березня 2006 року найбільшу кількість голосів отримала Партія Регіонів. Після 4-місячних переговорів Ющенко підписав 4 серпня 2006 року подання у Верховну Раду на призначення Януковича прем'єр-міністром.

2 квітня 2007 року президент України Віктор Ющенко підписав указ про дострокове припинення повноважень Верховної Ради України 5-го скликання. Підставою для цього Віктор Ющенко назвав неконституційний спосіб формування конституційної більшості у ВР, а саме входження до коаліції окремих депутатів а не цілих фракцій.

На реверсі пам'ятної монети «На честь візиту в Україну Вселенського Патріарха Варфоломія І» в колі зображено Президента України Віктора Ющенка, який тримає вінок із запаленою свічкою, полум'я якої імітує голограма, та Вселенського Патріарха Варфоломія І

Результатом переговорів стало визнання коаліцією розпуску ВР і згода на перевибори. 5 червня 2007 року було підписано Третій указ про про дострокове припинення повноважень Верховної Ради України 5-го скликання. Підставою для нього за взаємною згодою всіх сторін стало добровільне складення повноважень депутатами опозиційних фракцій. Повторні вибори призначено на 30 вересня 2007 року[4]. Жорстко проти перевиборів досі виступають потенційні аутсайдери перегонів — КПУ та СПУ.

Конфлікт з Юлією Тимошенко

Останніми роками свого правління Ющенко знаходиться в постійному конфлікті з іншим видним політиком України — прем'єр-міністром Юлією Тимошенко. Зокрема, президент Ющенко звинувачував прем'єр-міністра Тимошенко в «зраді національних інтересів України» після звернення Тимошенко за кредитом до Росії.[5]

11. Програми Президента України Віктора ЮщенкВіктор Ющенко на "Конгресі української інтелігенції", Донецьк 27 листопада 2009 року

8 листопада 2007 року Президент України Віктор Ющенко підписав Указ Щодо заходів з будови доступного житла в Україні та поліпшення забезпечення громадян України житлом. «Я впевнений, що забезпечення кожної родини доступним житлом — це універсальна відповідь на цілий ряд проблем соціального характеру. 17 мільйонів людей потребують покращення умов проживання. 1,3 млн родин стоять у черзі за житлом. Щорічно його надають 20 тисячам родин. Соціально це нестерпно. Головна задача наради — мобілізувати всі органи влади для вирішення цієї проблеми», — сказав Президент. Згідно указу, Кабмін має передбачити на 2009 та наступні роки кошти на будівництво доступного житла в об'ємі не менш як 0,5 % від ВВП[6][7].

11 грудня 2007 року на зустрічі Президента України Віктора Ющенка з представниками бізнесу та влади було започатковано проект «Зігрій любов'ю дитину» — благодійництво на підтримку багатодітних родин. Проект спрямовано на вирішення найболючіших проблем багатодітних сімей, дітей-сиріт та дітей, позбавлених батьківського піклування. Ініціативу Президента щодо благодійної допомоги багатодітним родинам підтримав великий бізнес: бізнесмени Віктор Пінчук та Рінат Ахметов зголосилися взяти безпосередню участь в ініціативі Президента України Віктора Ющенка щодо благодійної допомоги багатодітним родинам[8].

В Україні понад 100 тисяч дітей-сиріт. 2008-й рік Віктор Ющенко оголосив Роком усиновлення.