Сравнительно низкий уровень развития малого бизнеса в России по сравнению с ведущими зарубежными странами, а также ослабление государственной поддержки развития сельского хозяйства в переходный период формирования рыночных отношений предопределили необходимость разработки при проведении налоговой реформы особых мер по поддержке указанных секторов экономики. Отмена в связи с введением части второй Кодекса налоговых льгот для субъектов малого бизнеса и сельскохозяйственных товаропроизводителей, предоставлявшихся по основным налогам в рамках общего режима налогообложения, была компенсирована введением специальных налоговых режимов, которые в значительной степени способствовали стабилизации их экономического положения и снижению социальной напряженности в обществе.

Принятые в последние шесть лет меры по совершенствованию таких специальных налоговых режимов, как упрощенная система налогообложения, система налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей, единый налог на вмененный доход для отдельных видов деятельности, позволили в значительной степени снизить налоговую нагрузку на малый бизнес и сельскохозяйственных товаропроизводителей, что повлекло за собой развитие производства, расширение инвестиционной деятельности, увеличение занятости населения, а упрощение налогообложения не только снизило издержки налогоплательщиков на ведение налогового и бухгалтерского учета, но и повысило эффективность налогового администрирования. Указанные меры стимулировали переход субъектов предпринимательской деятельности на специальные налоговые режимы, в том числе из сферы "теневого" бизнеса.

Закрепление налогов, уплачиваемых при применении указанных специальных налоговых режимов, за бюджетами субъектов Российской Федерации и местными бюджетами, а также предоставление права органам местного самоуправления самим вводить единый налог на вмененный доход для отдельных видов деятельности, позволило стабилизировать доходную базу их бюджетов.

В 2008 году была продолжена работа по совершенствованию специальных налоговых режимов, результатом которой стало принятие ряда федеральных законов, вступивших в силу с 1 января 2009 года, которые позволили усилить стимулирующее и социальное значение этих налоговых режимов, упростить налоговый учет, сократить налоговую отчетность, обеспечить более целевой характер применения специальных налоговых режимов.

Так, по упрощенной системе налогообложения для налогоплательщиков, выбравших объектом налогообложения доходы, уменьшенные на величину расходов, субъектам Российской Федерации предоставлено право устанавливать дифференцированные налоговые ставки в пределах от 5 до 15 процентов в зависимости от категорий налогоплательщиков. Налогоплательщикам предоставлено право ежегодно изменять объект налогообложения. Отменены ограничения на перенос убытка, полученного по итогам предыдущих налоговых периодов, на будущие налоговые периоды. Отменена обязанность представления налогоплательщиками налоговых деклараций по итогам отчетных периодов. Налоговая декларация будет представляться только по итогам налогового периода (календарного года).

По упрощенной системе налогообложения для индивидуальных предпринимателей на основе патента отменены ограничения на количество видов предпринимательской деятельности, на которые индивидуальный предприниматель может получить патент, им также разрешено привлекать наемных работников, среднесписочная численность которых не должна превышать за налоговый период 5 человек. Расширен перечень видов предпринимательской деятельности, в отношении которых может применяться упрощенная система налогообложения на основе патента. Уточнены сроки, на которые могут выдаваться патенты, установлен порядок утраты права на применение данного налогового режима, уточнены правила постановки на учет в налоговых органах налогоплательщиков и ведения ими налогового учета.

По системе налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности уточнен перечень видов предпринимательской деятельности, в отношении которых она может применяться. Запрещено применять данный налоговый режим организациям и индивидуальным предпринимателям, среднесписочная численность работников которых превышает 100 человек, а также организациям, в которых доля участия других организаций составляет более 25 процентов. Отменено право налогоплательщиков самостоятельно корректировать сумму единого налога в зависимости от фактического периода времени осуществления предпринимательской деятельности. Законодательно установлен порядок постановки на учет налогоплательщиков по месту осуществления предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом.

Вместе с тем практика применения специальных налоговых режимов продолжает выявлять негативные стороны в их применении, отрицательно влияющие на поступление налогов в бюджетную систему. Так, налоговыми органами выявляются факты искусственного разделения организаций для получения доступа к специальным налоговым режимам в целях минимизации налогообложения.