Стратиграфическое расчленение метаморфических комплексов является одной из важнейших и трудных задач. И чем сильнее преобразованы породы, тем меньше вероятность объективного расчленения, так как при интенсивном метаморфизме и деформациях нарушаются, или вовсе исчезают первичные границы и формы, и возникают новые. Может возникнуть вторичная полосчатость, линзовидное строение, слоистая толща за счёт интенсивного кливажа течения по породам, смятым в изоклинальные складки и т.д.

Определение относительной и стратиграфической последовательности метаморфических пород возможно только в том случае, если метаморфические породы обладают слоистым строением и слои разного состава сохраняют свои различия и первичные границы. Выявление дометаморфических стратиграфических подразделений (пластов, толщ, комплексов) опирается на данные геологического и структурного картирования, полученные с применением всего их арсенала приёмов и методов. Основанием для стратиграфического подхода является доказательство первичной вулканогенно-осадочной природы метаморфических пород. При составлении геологической карты, по возможности, выявляется верх-низ частных разрезов, по крыльям складок и по моноклинальным участкам, строятся частные разрезы и колонки, выявляется степень нарушенности границ, относительная, а затем и стратиграфическая последовательность слоёв и толщ.

Относительная последовательность слоёв и толщ метаморфических пород в частных разрезах и колонках отражает в первую очередь их пространственное соотношение (снизу вверх), а это может быть, например, разрез по опрокинутому крылу складки или по надвинутым тектоническим пластинам или покрову.

Стратиграфическая последовательность устанавливается сначала в частных разрезах (рисунок) после выявления кровли и подошвы слоёв и толщ, изучения характера изменения разрезов в крест простирания и по простиранию. Частные разрезы коррелируются по маркирующим границам, горизонтам или по каким-то другим признакам (красноцветность пород, наличие строматолитов, геохронологический изотопный возраст пород и т.д.). Эти данные позволяют составить сначала частные стратиграфические колонки с указанием стратиграфической последовательности и мощности слоёв и толщ, а затем и сводную стратиграфическую колонку.

Стратиграфическое расчленение метаморфических комплексов, утративших литологические признаки, на толщи или свиты проводится обычно на основании преобладания (в разных районах, регионах и разных разрезах или их частях) определённых разновидностей пород, характерных сочетаний пород и их количественных соотношений. При определении площади развития тех или иных толщ или свит используются маркирующие горизонты или толщи характерных пород. Более достоверно выявляются мощные толщи (до сотен или тысяч метров), выделяемые в ранге свит, серий или комплексов. Гораздо труднее, а порой и невозможно выделить стратиграфические подразделения меньших рангов. Например, на территории Кольского региона на больших площадях оказалось невозможным выявить стратиграфическую последовательность неархейских метаморфических пород, а потому они отображены как нестратифицированные комплекс основания и кольско-беломорский комплекс, в составе которого выделены толщи, не имеющие стратиграфического ранга. Но, тем не менее, нельзя квалифицировать данную стратиграфическую интерпретацию как заведомо ошибочную. Она отражает логичную систему представлений, основанных на историко-геологических процессах, и обладает объективными признаками, присущими данным метаморфическим комплексам. Конечно, степень объективности, в первую очередь, зависит от степени обобщения.