В условиях, когда передвижение военных колонн по дорогам было сопряжено со значительным риском и требовало очень сильного охранения, советские и афганские войска вынуждены были использовать в основном транспортную авиацию как для доставки живой силы и техники из СССР в Афганистан, так и для передислокации войск внутри страны. Что интересно, многие советские транспортные самолеты, летавшие в Афганистан, несли опознавательные знаки Аэрофлота, хотя их пилотировали экипажи ВТА.

Основными типами военно-транспортных самолетов, применявшихся для перевозок войск и грузов в Афганистане, были Ан-22 «Антей», Ил-76 и Ан-26.

Ан-22 был самым большим транспортным самолетом из всех, что совершали регулярные полеты в Афганистан. Однако основную часть перевозок как из СССР в Афганистан, так и внутри Афганистана вынес на себе реактивный Ил-76. К моменту ввода войск в Афганистан советская ВТА уже, в основном, успела перевооружиться данными машинами вместо турбовинтовых Ан-12. Впрочем, от Ан-12 тоже полностью не отказались.

ВВС Афганистана обладали небольшой транспортной авиацией, имевшей на вооружении различные типы самолетов. Самым современным из них был Ан-26. Оборудованный вспомогательной силовой установкой, расположенной в мотогондоле, Ан-26 отлично зарекомендовал себя в условиях жары и высокогорья и оказался незаменим для перевозок небольших грузов.

Военно-транспортная авиация (ВТА) ВВС СССР начала применяться для переброски грузов на военные аэродромы Афганистана еще в предвоенный период. На аэродроме Баграм уже в это время базировались вертолетная эскадрилья 280 овп и военно-транспортная эскадрилья (отряд) из 10 самолетов Ан-12.

25 декабря 1979 года в 18.00 по местному времени началась переброска по воздуху десанта в составе 103-й ВДД и отдельного ПДП. В этой операции было задействовано 55 самолетов ВТА. Протяженность маршрута составляла более 2 тыс. км, и несколько раз самолетам приходилось идти в режиме полного радиомолчания. Посадка самолетов производилась на аэродромах Кабул и Баграм. На разгрузку отводилось 10-15 минут.

Военно-транспортной авиацией было совершено 343 самолето-рейса, в том числе 66 рейсов Ан-22, 77 - Ил-76, 200 - Ан-12, затрачено всего 47 часов. Таким образом, воздушный транспорт доставил в Афганистан первые советские воинские части общей численностью 7700 человек, с 894 единицами боевой техники. Помимо личного состава и боевой техники, было доставлено 1062 тонны различных грузов. Однако это было всего лишь 2% от общего объема грузов, которые предстояло доставить в Афганистан транспортной авиации.

В это же время ВТА и десантники понесли первые потери в Афганистане. В 19.35 25 декабря при заходе на посадку в Кабуле врезался в гору и взорвался самолет Ил-76 под командованием капитана Головчина В.В., на борту которого находилось 37 десантников и 7 человек экипажа. Утром 26 декабря генерал Егоров на вертолете из эскадрильи 280-го овп вылетел в район катастрофы. Однако начать поисково-спасательную операцию не было возможности как из-за погодных условий, так и из-за отсутствия необходимых сил и средств. В спешном порядке были вызваны альпинисты из армейского спортивного клуба, которые тренировались в Средней Азии. Им выдали оружие, придали 5 десантников в качестве охраны, и направили в район падения. 1 января 1980 г., после трех дней поисков, в горах была обнаружена кабина самолета с телом командира. Скорее всего, самолет зацепился за один из горных пиков, и разломился пополам…

В последующих боевых действиях именно повседневная работа военно-транспортной авиации в значительной мере обеспечивала действия всего Ограниченного контингента. Ежемесячно выполнялось от 150 до 200 рейсов как внутри Афганистана, так и в Советский Союз и обратно. При подготовке и во время проведения крупномасштабных операций количество вылетов ВТА доходило до 400-500 в месяц. Экипажи непрерывно выполняли задачи по снабжению контингента советских войск всем необходимым не только для боевых действий, но и для жизни. Части ВТА обеспечивали маневр фронтовой и армейской авиации. Немалую долю в общем объеме перевозок составляли и гуманитарные грузы, предназначенные для афганцев. Регулярно облетали гарнизоны и забирали тяжело раненых и больных санитарные самолеты, под которые по мобилизационному плану были переоборудованы пассажирские самолеты Ил-18.

Полеты на перевозку осуществлялись, как правило с предельной загрузкой. Доставка грузов и боеприпасов транспортной авиацией осуществлялась при нижней границе облачности 1000 метров. Однако это правило часто нарушалось в связи с требованиями боевой обстановки, и наиболее подготовленные экипажи частей ВТА выполняли полёты и при нижней границе облачности 800, и даже 600 метров.

В связи с разговором о транспортной авиации нельзя не упомянуть зловещий символ афганской войны – «Чёрный тюльпан». Так назывался военно-транспортный самолет Ан-12, применявшийся для перевозки гробов с погибшими. Вообще-то это название пошло от названия похоронного предприятия в Ташкенте, производящего гробы, обитые цинком, специально для ОКСВ. В самолёт загружали обычно от восьми до пятнадцати гробов, сопровождал этот груз офицер из подразделения откуда были погибшие или близкий друг, который был в бою вместе с погибшем товарищем. Доставив груз в Союз, их передавали в райвоенкоматы, откуда призывались погибшие.

Всего экипажи только военно-транспортной авиации выполнили в Афганистане 27 тысяч самолёто-рейсов (из них 14700 – в условиях противодействия ПВО противника), перевезли более 880 тысяч человек личного состава и около 430 тысяч тонн различных грузов. Более 1700 военнослужащих ВТА награждены орденами и медалями. За время войны потеряно от зенитного огня душманов и в результате несчастных случаев 2 Ил-76, 5 Ан-26, 8 АН-12 и 1 Ан-30. Излюбленной тактикой моджахедов было размещать зенитные средства около советских авиабаз, и «подлавливать» самолеты на взлете или посадке. Так, в феврале 1983 г. над аэродромом Джелалабад при заходе на посадку из ПЗРК сбит Ан-12, все члены экипажа погибли. А уже в июле того же года над тем же аэродромом на взлете из ДШК сбит еще один Ан-12. На борту находилось 8 человек, все они погибли.