Пенсионный фонд Российской Федерации образован 22 декабря 1990 года постановлением Верховного Совета РСФСР №442-1 "Об организации Пенсионного фонда РСФСР" для государственного управления финансами пенсионного обеспечения России. Его создание позволило внедрить принципиально новый процесс финансирования и выплаты пенсий и пособий. Средства были выведены в самостоятельный бюджетный механизм и стали формироваться за счёт поступления обязательных страховых взносов. Положением о Пенсионном фонде России, утверждённом 27 декабря 1991 года, был определён целевой характер денежных средств Пенсионного фонда, и закреплен запрет на их изъятие из бюджета ПФР на другие цели.

Изначально основной функцией Пенсионного фонда России был сбор страховых взносов на финансирование выплаты пенсий по старости, инвалидности и по случаю потери кормильца. Однако ещё в 1992 году в ряде регионов страны был начат эксперимент по созданию единых пенсионных служб (ЕПС), осуществляющих одновременно назначение и выплату государственных пенсий. Дальнейшим развитием этого процесса стал Указ Президента РФ от 27 сентября 2000 года № 1709 "О мерах по совершенствованию управления государственным пенсионным обеспечением в Российской Федерации". Он рекомендовал органам региональной власти заключить с Пенсионным фондом РФ соглашения о передаче территориальным органам ПФР полномочий по назначению и выплате пенсий, находящихся на тот момент у органов социальной защиты регионов.

В 1997 году вступил в силу федеральный закон "Об индивидуальном (персонифицированном) учёте в системе государственного пенсионного страхования" № 27-ФЗ. В соответствии с этим законом, основное значение для увеличения размера пенсии приобретал не общий трудовой стаж, а учтённый страховой стаж и размеры платежей, которые осуществлял в интересах работника его работодатель. В системе Пенсионного фонда был создан Информационный центр персонифицированного учёта для обеспечения оперативного взаимодействия со всеми территориальными отделениями ПФР и для ведения базы данных персонифицированного учёта центрального уровня.

В дальнейшем система страховых взносов была закреплена Федеральным законом от 15.12.2001 № 167-ФЗ "Об обязательном пенсионном страховании в Российской Федерации", в соответствии с которым определен новый статус ПФР, как страховщика и государственного учреждения, а также урегулирован порядок уплаты страховых взносов на обязательное пенсионное страхование, права и обязанности субъектов правоотношений по обязательному пенсионному страхованию.

Федеральный закон от 17.12.2001 № 173-ФЗ "О трудовых пенсиях в Российской Федерации" еще больше расширил функции ПФР и внес изменения в порядок возникновения и реализации прав граждан на трудовые пенсии. Так, в частности, размер трудовой пенсии теперь состоит из трех частей: базовой, страховой и накопительной. При этом базовая часть финансируется за счет средств федерального бюджета, страховая часть - за счет сумм страховых взносов, уплачиваемых страхователем за застрахованных лиц на финансирование страховой части трудовой пенсии, накопительная – за счет сумм страховых взносов, уплачиваемых страхователями за застрахованных лиц на накопительную часть трудовой пенсии и дохода от их инвестирования. Инвестирование средств пенсионных накоплений осуществляет Пенсионный фонд через управляющие компании, выбранные гражданами, или негосударственные пенсионные фонды.

Дополнительно к основной деятельности, с 2000 года Пенсионным фондом финансируются социальные программы в регионах РФ. В 2008 году на эти цели ПФР выделил 1 млрд. рублей, в 2009 – 1,2 млрд. рублей.

С 2005 года на Пенсионный фонд также возложены функции по начислению гражданам ежемесячных денежных выплат и реализации их прав на получение государственной социальной помощи в виде набора социальных услуг. С этой целью ПФР создан и поддерживается в актуальном состоянии единый регистр федеральных льготников, производятся регулярные выплаты получателям социальных льгот.

С 2007 года на ПФР была возложена дополнительная задача – выдача сертификатов на материнский (семейный) капитал. Изначально предполагалось, что первые деньги на реализацию сертификата на МСК будут направлены не ранее 2010 года, поскольку соответствующий закон не предусматривает возможность распоряжения средствами МСК до достижения ребенком трехлетнего возраста. Однако в конце декабря 2008 года в связи с неблагоприятной экономической ситуацией в мире и в России, Правительство РФ разрешило гражданам с 1 января 2009 года направлять средства материнского (семейного) капитала на погашение жилищных кредитов, не дожидаясь, пока ребенку исполнится три года. В кратчайшие сроки органами ПФР была проведена вся необходимая организационная работа и практически сразу после новогодних праздников были приняты первые заявления от граждан на распоряжение средствами материнского (семейного) капитала.

В связи с принятием летом 2009 года ряда законодательных актов, которые с 1 января 2010 года в значительной степени изменили российскую пенсионную систему, сфера деятельности Пенсионного фонда Российской Федерации существенно расширилась.

В первую очередь, Пенсионный фонд провел валоризацию пенсий, т.е. переоценку расчетного пенсионного капитала.

Еще одно важное нововведение 2010 года – единый социальный налог (ЕСН) с 1 января заменен страховыми взносами в Пенсионный фонд Российской Федерации, Фонд социального страхования Российской Федерации и фонды обязательного медицинского страхования. При этом функция администрирования взносов в ПФР и ФОМС передана от налоговых органов ПФР.