Доюрский комплекс представлен породами палеозоя, коры выветривания (пласт М) и отложениями пермотриаса. Палеозой делится на 2 толщи: морские отл. D₃ -С₂ ; прибрежноморские и континентальные породы С_{3 .} Предполагается, что морские отложения девона являются основными нефтематеринскими породами этого комплекса.

Морские отложения сложены в основном известняками. Известняки темно-серые до черных, часто с прослоями кремнистых пород и пирита. Встречаются аргиллиты обогащенные ОВ, часто с карбонатными прослоями, переходящими в мергели и глинистые известняки. Биомаркерный анализ палеозойских нефтей  показывает, что они были генерированы не одной нефтематеринской породой, а несколькими и образуют целое семейство нефтей. Катагенез ОВ пород палеозоя очень высокий –оно находится далеко за пределами oil window, в зоне газообразования. М-ния: Верхтарское и Урманское , Кулгинское, Урманское, Арчинское и др.

Нижнесреднеюрский: в основании платформенного чехла ЗС залегают  терригенные песчано-глинистые отложения Тюменской свиты J₁h – J₂cl. 

В основном это  прибр-морские и конт фации. Непоср. на коре выветривания залегают породы, которые выделяются в Шеркалинский горизонт, он представляет собой чередование песчаников, гравелитов и алевролитов, на погружении его мощность достигает 500м. В этих отложениях не встречено крупных залежей нефти и газа. Нефтепроявления получены на  многих площадях, например, Западно-крыловской, Колпашевской, Парбигской  и др. площадях . В пределах этих отложений выделяются продуктивные пласты, которые имеют индексацию от Ю_16-17 до Ю3. Реперами для выделения этих пластов служат одноименные пласты углей (У16, У17 и тд). Толщина этих угольных пластов достигает 20 и более м. Некоторые из этих углей и углистых сланцев обладают неплохим генерационным потенциалом. Однако основной нефтематеринской породой этого комплекса принято считать отложения тогурской свиты.  Поэтому все нефти, генерированные нижнесреднеюрским комплексом, условно принято относить к нефтям тогурского типа. Она представляет собой толщу битуминозных глин толщиной 5-12 м, обогащенных органическим веществом (до 12-17%). Их возраст –плинсбах-тоар. Предполагается, что накопление этих осадков  протекало в условиях обширного пресноводного бассейна.   Нефти в пределах комплекса, как правило, очень высокого качества.

 Верхнеюрский: в самой верхней части тюменской свиты залегает пласт Ю₂ – возраст J ₃ cl является продуктивным на таких месторождениях как Вахское, Останинское и др. Покрышкой пласта Ю₂   является глинистая толща нижневасюганской подсвиты, накопление осадков происходило в типично-морских условиях.

 Основной продуктивной толщей Юго-Востока ЗС является васюганский горизонт ( верхневасюганская подсвита - келловей-оксфорд), чередование алевролитов, аргиллитов, и песчаников. В пределах горизонта выделяются пласты Ю₁⁰ – Ю₁⁵  . В пределах горизонта располагается маркирующий пласт угля (У1). Иногда этот пласт расщепляется на несколько пластов. Тогда выделяют надугольную, межугольную и подугольную толщи. Характерной особенностью пластов Ю1 является их фациальная невыдержанность в пределах даже одного м-ния.

Покрышкой для  пласта Ю1 и одновременно нефтематеринской породой является баженовская свита (Ю3. келловей-волга), представляющие собой битуминозные аргиллиты черно-коричневого цвета. Содержание ОВ  5-25%, относится к керогену 2  типа с начальным генерационным потенциалом 650-700 кг\т. Накопление осадков б.с. происходило в период максимальной трансгрессии. Площадь её распространения около 2 млн км2. Она представляет большой интерес для добычи «сланцевой нефти». Она явл осн. н-м п-дой ЗС, региональным флюидоупором, иногда коллектором трещинного типа. Толщина БС достигает 40м. На периферии ЗС бассейна распространены аналоги БС марьяновская и яновстанская, в них содержание ОВ 2-6% и более низкий начальный потенциал (около 500 кг\т).

Меловой : На породах б.с. залегают глинистые отложения куломзинской свиты, эта свита представлена глинистыми отложениями мощностью от нескольких десятков до 200м во впадинах. Над куломзинской залегают п-ды тарской, лижневской и мегионской свит, которые слагают горизонт Б (пласты группы Б) самый древний Б₁₆(ачимовсая толща). Пласты  группы Б обладают хор.колл.св-ми, без ГРП и ЭЦН фонтаном разведочные скважины дают до 300-500 т/сут.

Альбские отложения мела – пласты группы А, м-ния: Северное, Приграничное, Григорьевское, Южномыльженское, Гураринское, Майское. Пласты группы А в большинстве случаев обладают плохими коллект. св-ми, представляют собой чередование песчаников, глин и аргиллитов (рябчик).

Покурская свита ПК_1-18 Нефти пластов ПК – нефти ген-ные б.с. и её аналогами, которые по сети разломов мигрировали под региональный флюидоупор – кузнецовскую свиту-покрышку. ). Неплохие колл.св-ва, в пластах ПК тяжелые высоковязкие смолистые нефти, которые не сод-т норм. алканов, нефти биодегидратированы, качество оч. низкое.

В мелу нет хороших НМП, степень катагенеза  ОВ и его генерационный потенциал очень  низкие. Поэтому все нефти мела  имеют вторичное происхождение (были генерированы нижележащими отложениями).