В целом же система органов российской прокуратуры страны является сложным организационным образованием, имеющим три уровня: Генеральную прокуратуру, прокуратуру субъектов РФ и прокуратуры городов и районов.[30]

Анализ современной деятельности органов прокуратуры и потребность её развития показывает, что цели и приоритеты координации для различных уровней прокурорской системы различны. При этом очевидна тенденция определения в нормативном порядке координаторов по направлениям, сферам правовых отношений из состава правоохранительных органов. Исходя из нормотворческой практики, такие «координаторы по направлениям» определяются постановлениями Правительства и указами Президента РФ.[31]

В систему органов прокуратуры Российской Федерации входят: Генеральная прокуратура, прокуратуры субъектов Российской Федерации, приравненные к ним военные и другие специализированные прокуратуры, научные и образовательные учреждения, являющиеся юридическими лицами, прокуратуры городов и районов, другие территориальные, военные и иные специализированные прокуратуры.[32]

Генеральную прокуратуру Российской Федерации возглавляет Генеральный прокурор РФ, который имеет первого заместителя и заместителей. В Генеральной прокуратуре РФ образуется коллегия в составе Генерального прокурора РФ, его первого заместителя и заместителей. Кроме того, в структуру Генеральной прокуратуры РФ входят: главные управления, управления и отделы на правах управлений или в составе управлений. Начальники главных управлений и отделов на правах управлений являются старшими помощниками, а их заместители и начальники отделов в составе управлений - помощниками Генерального прокурора РФ. Генеральный прокурор РФ имеет также советников - помощников по особым поручениям. Помощников по особым поручениям имеют также его заместители. В главных управлениях, управлениях и отделах устанавливаются должности старших прокуроров и прокуроров, старших прокуроров-криминалистов и прокуроров-криминалистов, а также старших следователей по особо важным делам и их помощников.

Генеральная прокуратура Российской Федерации, прокуратуры субъектов Российской Федерации, приравненные к ним прокуратуры, научные и образовательные учреждения имеют в оперативном управлении объекты социально-бытового и хозяйственного назначения.

Образование, реорганизация и ликвидация органов и учреждений прокуратуры, за исключением органов Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации, определение их статуса и компетенции осуществляются Генеральным прокурором Российской Федерации.

Создание и деятельность на территории Российской Федерации органов прокуратуры, не входящих в единую систему прокуратуры Российской Федерации, не допускаются.

В систему прокуратуры Российской Федерации входит Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации, состоящий из Главного следственного управления Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации, следственных управлений Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации по субъектам Российской Федерации и приравненных к ним специализированных следственных управлений Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации, в том числе военных следственных управлений Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации, а также следственных отделов Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации по районам, городам и приравненных к ним специализированных следственных отделов Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации, в том числе военных следственных отделов Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации.[33]

Положение о Следственном комитете при прокуратуре Российской Федерации утверждается Президентом Российской Федерации.

Прокуратуры субъектов Российской Федерации, приравненные к ним военные и иные специализированные прокуратуры возглавляют соответствующие прокуроры, которые имеют первых заместителей и заместителей.

В прокуратурах субъектов Российской Федерации, приравненных к ним военных и иных специализированных прокуратурах образуются коллегии в составе прокурора субъекта Российской Федерации (председатель), его первого заместителя и заместителей (по должности) и других прокурорских работников, назначаемых прокурором субъекта Российской Федерации.

В прокуратурах субъектов Российской Федерации, приравненных к ним военных и иных специализированных прокуратурах образуются управления и отделы (на правах управлений, в составе управлений). Начальники управлений и отделов на правах управлений являются старшими помощниками, а их заместители и начальники отделов в составе управлений - помощниками прокуроров субъектов Российской Федерации.

В указанных прокуратурах устанавливаются должности старших помощников и помощников прокурора, старших прокуроров и прокуроров управлений и отделов. Прокуроры субъектов Российской Федерации и приравненные к ним прокуроры могут иметь помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений.

Прокуроры субъектов Российской Федерации, приравненные к ним прокуроры руководят деятельностью прокуратур городов и районов, иных приравненных к ним прокуратур на основе законов, действующих на территории Российской Федерации, и нормативных актов Генерального прокурора Российской Федерации, издают приказы, указания, распоряжения, обязательные для исполнения всеми подчиненными работниками, могут вносить изменения в штатные расписания своих аппаратов и подчиненных прокуратур в пределах численности и фонда оплаты труда, установленных Генеральным прокурором Российской Федерации.

Прокуратуры городов и районов, приравненные к ним военные и иные специализированные прокуратуры возглавляют соответствующие прокуроры. В указанных прокуратурах устанавливаются должности первого заместителя и заместителей прокуроров, начальников отделов, старших помощников и помощников прокуроров.[34]

По решению Генерального прокурора Российской Федерации в прокуратурах городов и районов и приравненных к ним прокуратурах могут быть образованы отделы.

Прокуроры городов с районным делением руководят деятельностью районных и приравненных к ним прокуратур, вносят вышестоящим прокурорам предложения об изменении штатной численности своих аппаратов и подчиненных прокуратур, о кадровых изменениях.

Систему органов военной прокуратуры составляют Главная военная прокуратура, военные прокуратуры военных округов, флотов, Ракетных войск стратегического назначения, Федеральной пограничной службы Российской Федерации, Московская городская военная прокуратура и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам субъектов Российской Федерации, военные прокуратуры объединений, соединений, гарнизонов и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам городов и районов (далее - органы военной прокуратуры).

В военных прокуратурах, приравненных к прокуратурам городов и районов, по решению Главного военного прокурора могут создаваться прокурорские, прокурорско-следственные и следственные участки.

В местностях, где в силу исключительных обстоятельств не действуют иные органы прокуратуры Российской Федерации, а также за пределами Российской Федерации, где в соответствии с международными договорами находятся войска Российской Федерации, осуществление функций прокуратуры может быть возложено Генеральным прокурором Российской Федерации на органы военной прокуратуры.

Образование, реорганизация и ликвидация органов военной прокуратуры, определение их статуса, компетенции, структуры и штатов осуществляются Генеральным прокурором Российской Федерации, приказы которого по этим вопросам реализуются в соответствии с директивами Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации, командования Федеральной пограничной службы Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов. Иные организационно-штатные вопросы решаются Главным военным прокурором совместно с Генеральным штабом Вооруженных Сил Российской Федерации, командованием Федеральной пограничной службы Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов в пределах установленной штатной численности.

Органы военной прокуратуры возглавляет заместитель Генерального прокурора Российской Федерации - Главный военный прокурор, который руководит деятельностью органов военной прокуратуры, обеспечивает подбор, расстановку и воспитание кадров, проводит аттестацию военных прокуроров, издает приказы и указания, обязательные для исполнения всеми военными прокуратурами.

Свои полномочия органы военной прокуратуры осуществляют в Вооруженных Силах Российской Федерации, других войсках, воинских формированиях и органах, созданных в соответствии с федеральными законами и иными нормативными правовыми актами. [35]