Сопоставление амнистии и помилования диктуется значительным сходством этих институтов, которые в науке и законодательстве нередко отождествляются. Правовая природа амнистии и помилования в полной мере раскрывается путем их сравнительного анализа, обнаруживающего как несомненное сходство, так и очевидные различия этих институтов.

Примечательно, что длительное время эти институты не дифференцировались, еще в недалеком прошлом амнистия не отделялась от помилования, о чем свидетельствует и отечественный правовой опыт. Вплоть до Октябрьской революции 1917 г. термин «амнистия» не получил законодательной прописки, в царских манифестах и указах неизменно фигурировали термины «помилование» и «прощение», хотя на уровне доктринальном эти понятия разделялись.

Сходство институтов амнистии и помилования вполне очевидно, оба эти института имеют конституционное происхождение, названы в основном законе и представляют собой, таким образом, конституционно-правовые основания освобождения от наказания.

Примечательно, что амнистия и помилование законодателем помещены в раздел IV УК РФ «Освобождение от уголовной ответственности и наказания» и, таким образом, вынесены как за пределы оснований, освобождающих только от уголовной ответственности, так и за пределы оснований, освобождающих только от отбывания наказания.

Помилование, подобно амнистии, представляет собой акт государственной милости, акцию гуманизма и снисхождения. Примечательно, что указы Президента РФ о помиловании, подобно постановлениям Государственной Думы об амнистии, начинаются стереотипной фразой: «руководствуясь принципами гуманности».

Акты помилования аналогично актам амнистии относятся к внесудебным правовым актам, представляют собой форму внесудебного снятия или смягчения наказания, существуют в конституционно-правовом измерении.

В то же время между амнистией и помилованием существуют очевидные материальные и процессуальные различия, не позволяющие их отождествлять.

Амнистия и помилование, наряду с другими видами досрочного освобождения от наказания, есть проявление метода поощрения, который по отношению к методу принуждения играет вспомогательную функцию, так как сфера его применения носит ограниченный характер. Если метод принуждения осуществляет предупредительную функцию путем подавления воли лиц на совершение преступлений, то метод поощрения выполняет стоящую перед ним задачу посредством регулирования поведения с помощью прав и обязанностей лиц, совершающих или совершивших преступные действия.

Прежде всего, эти институты различаются по объекту воздействия: амнистия имеет своим предметом индивидуально неопределенный круг лиц, соответствующих условиям амнистии, в то время как помилование носит персональный, адресный характер, касается конкретных физических лиц.

Помилование в большей мере основывается на учете личностных факторов, нежели амнистия, поскольку имеет своим основанием персональные дела, конкретные просьбы о помиловании. В то же время амнистия, распространяясь на индивидуально неопределенный круг лиц, должна быть вполне определима, содержать конкретные указания на категории амнистируемых, виды и размеры наказаний.

Помилование в качестве института в отличие от амнистии корректирует уголовную политику государства, там, где она выглядит недостаточно либеральной. Помилованию при прочих равных условиях подвергаются лица, достойные снисхождения, иначе помилование лишается социального смысла. Если Президент освобождает от наказания или смягчает его, то тем самым косвенно признается чрезмерность уголовного наказания, назначенного судом. Но это предполагает избирательность и исключительность помилования, которое в своем масштабе не может конкурировать с амнистией, рассчитанной на массовое применение.

Различие между амнистией и помилованием является не только количественным, но и качественным, не позволяющим отождествлять эти институты, называть помилование частной амнистией или амнистию общим помилованием. Помилование более основано на субъективном усмотрении, нежели амнистия, оно обыкновенно распространяется на лиц, совершивших тяжкие преступления, в то время как амнистия свои пределы должно соотносить с категориями общественной безопасности и социальной нравственности. Неограниченная амнистии, учитывая ее индивидуально не определенный характер, может привести к безудержному росту преступности, поколебать основы существующего правопорядка.

Видимое различие амнистии и помилования состоит в их юридическом составе, амнистия шире помилования: в отличие от помилования она является основанием освобождения от уголовной ответственности, применяется к лицам, обладающим уголовно-процессуальным статусом подозреваемых или обвиняемых.