Систему прокуратуры России составляют Генеральная прокуратура Российской Федерации, прокуратуры субъектов Федерации и приравненные к ним прокуратуры, прокуратуры городов и районов, другие территориальные, а также военные и иные специализированные прокуратуры. Создание и деятельность органов прокуратуры, не входящих в единую систему прокуратуры России, не допускается.

Единство системы органов прокуратуры находит свое выражение в том, что все прокуроры наделены одинаковыми по характеру полномочиями, за исключением отдельных случаев, определенных законом. Каждый прокурор действует от имени всей системы прокурорских органов, имеет право и обязан принять предусмотренные законом меры для выявления и устранения любого нарушения закона. Едины также формы, методы и акты прокурорского реагирования на нарушения закона (проверки, протесты, представления, постановления). Решения прокурора, принятые в соответствии с законом и в пределах своей компетенции, имеют одинаковую юридическую силу и обязательны к исполнению надлежащими органами и должностными лицами. В пределах своей компетенции прокуроры вправе приносить протесты на судебные решения и приговоры. Вышестоящий прокурор может поручить нижестоящему прокурору выполнение отдельных своих обязанностей (кроме специально оговоренных в законе) и вместе с тем вправе взять на себя осуществление обязанностей нижестоящего прокурора[4].

Централизация системы органов прокуратуры выражается, прежде всего, в том, что все нижестоящие прокуроры подчиняются вышестоящему и Генеральному прокурору РФ (подчинение по "вертикали"). Генеральный прокурор руководит всей системой органов прокуратуры, в пределах своей компетенции назначает и освобождает от должности прокуроров, следователей и других работников прокуратуры, издает обязательные для исполнения всеми работниками органов и учреждений прокуратуры приказы, указания, распоряжения и инструкции. Прокуроры субъектов Федерации руководят деятельностью нижестоящих прокуратур, издают приказы, указания, распоряжения, обязательные для исполнения всеми подчиненными работниками. Прокуроры субъектов Федерации подчинены и подотчетны Генеральному прокурору, а нижестоящие прокуроры подчинены и подотчетны вышестоящим прокурорам и Генеральному прокурору. Правом руководства подчиненными работниками наделены и нижестоящие прокуроры. Перед прокурорами, назначаемыми в соответствии с Конституцией РФ, стоят общие, единые для всей прокурорской системы задачи.

Назначение Генерального прокурора РФ на должность и освобождение его от должности Советом Федерации Федерального Собрания по представлению Президента РФ указывают на особую государственную значимость должности Генерального прокурора и возглавляемой им системы органов прокуратуры, призванных осуществлять надзор за исполнением законов на всей территории РФ.

Назначение прокуроров субъектов РФ Генеральным прокурором по согласованию с этими субъектами (согласно ст. 129 Конституции), а именно с органами государственной власти субъектов Федерации (ст. 13 Закона о прокуратуре), с одной стороны, подтверждает уже изложенное конституционное положение о единстве и централизации системы прокуратуры России, а с другой - отражает специфику России как федеративного государства, определенную Конституцией известную самостоятельность субъектов Федерации, указывает на необходимость учета их интересов в данном вопросе. Государственную власть в субъектах РФ осуществляют образуемые ими органы государственной власти[5]. Сложилась разнообразная система органов государственной власти в субъектах Федерации. Вопрос о том, с каким из этих органов должно согласовываться назначение прокуроров субъектов Федерации, подлежит разрешению в практической деятельности Генерального прокурора.

Принцип независимости в организации и деятельности прокуратуры состоит в том, что ее органы осуществляют свои полномочия независимо от федеральных органов государственной власти, органов государственной власти субъектов РФ, органов местного самоуправления, общественных объединений и в строгом соответствии с действующими на территории РФ законами, действуют гласно, информируют органы государственной власти Федерации и субъектов Федерации, органы местного самоуправления, а также население о состоянии законности[6].

Недопустимо вмешательство в осуществление прокурорского надзора: воздействие в какой-либо форме федеральных органов государственной власти, органов государственной власти субъектов Федерации, органов местного самоуправления, общественных объединений, средств массовой информации, их представителей, а также должностных лиц на прокурора или следователя с целью повлиять на принимаемые ими решения или воспрепятствование в какой-либо форме их деятельности влечет за собой установленную законом ответственность[7].

Чтобы оградить независимость функционирования органов прокуратуры, закон запрещает прокурорам и следователям быть членами выборных и иных органов, образуемых органами государственной власти и органами местного самоуправления. Прокурорские работники не могут являться членами общественных объединений, преследующих политические цели, и принимать участие в их деятельности. Создание и деятельность общественных объединений, преследующих политические цели, и их организаций в органах и учреждениях прокуратуры не допускаются. Прокуроры и следователи в своей служебной деятельности не связаны решениями общественных объединений. Прокурорские работники не вправе совмещать свою основную деятельность с иной оплачиваемой или безвозмездной деятельностью, кроме преподавательской, научной и творческой.[8]