По результатам рассмотрения материалов налоговой проверки руководитель (заместитель руководителя) налогового органа выносит решение:

- о привлечении налогоплательщика к ответственности за совершение налогового правонарушения;

- об отказе в привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения.

В решении о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения излагаются обстоятельства совершенного привлекаемым к ответственности лицом налогового правонарушения так, как они установлены проведенной проверкой, со ссылкой на документы и иные сведения, подтверждающие вышеуказанные обстоятельства, доводы, приводимые лицом, в отношении которого проводилась проверка, в свою защиту, и результаты проверки этих доводов, решение о привлечении налогоплательщика к налоговой ответственности за конкретные налоговые правонарушения с указанием статей НК РФ, предусматривающих данные правонарушения, и применяемые меры ответственности. В решении о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения приводятся размер выявленной недоимки и соответствующих пеней, а также подлежащий уплате штраф.

В НК РФ не установлен срок, в течение которого налоговый орган должен вручить свое решение налогоплательщику (его представителю), поэтому на практике ситуация решается с учетом сроков исковой давности.

Налоговый орган должен выносить свое решение по предмету проведенной выездной проверки. Если при проведении проверки правильности исчисления и уплаты НДС налоговый орган обнаружил недоимку по налогу на прибыль, то он не может отразить ее в акте проверки в числе нарушений и в решении наложить за это штраф нельзя. Ведь для того чтобы оштрафовать за данное нарушение, налоговый орган должен выявить и зафиксировать его с соблюдением предусмотренной законом процедуры налогового контроля. Несоблюдение этой процедуры и других установленных НК РФ требований является основанием для отмены решения налогового органа (п. 12 ст. 101.4, п. 14 ст. 101 НК РФ). К тому же никто не может быть привлечен к налоговой ответственности иначе, чем по основаниям и в порядке, предусмотренным НК РФ (ст. 108 Кодекса).

В решении об отказе в привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения излагаются обстоятельства, послужившие основанием для такого отказа, и могут указываться размер недоимки, если она была выявлена в ходе проверки, а также сумма соответствующих пеней.

В решении налогового органа приводятся срок, в течение которого лицо, в отношении которого вынесено решение, вправе обжаловать данное решение, порядок обжалования решения в вышестоящий налоговый орган (вышестоящему должностному лицу), а также наименование органа, его место нахождения, другие необходимые сведения.

Решение о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения и решение об отказе в привлечении к ответственности за его совершение вступают в силу по истечении 10 рабочих дней со дня вручения налогоплательщику.

В случае подачи апелляционной жалобы на решение налогового органа в порядке, предусмотренном ст. 101.2 НК РФ, вышеуказанное решение вступает в силу со дня его утверждения вышестоящим налоговым органом полностью или в части.

Если вышестоящий налоговый орган, рассматривающий апелляционную жалобу, не отменит решение нижестоящего налогового органа, решение нижестоящего налогового органа вступает в силу с даты его утверждения вышестоящим налоговым органом. Если решение будет изменено, решение нижестоящего налогового органа с учетом внесенных изменений вступит в силу с даты принятия соответствующего решения вышестоящим налоговым органом.

Вступившее в силу решение о привлечении налогоплательщика к ответственности за совершение налогового правонарушения или решение об отказе в привлечении к ответственности, которое не было обжаловано в апелляционном порядке, может быть обжаловано в вышестоящий налоговый орган.

С 1 января 2009 г. решение налогового органа по результатам проверки может быть обжаловано в судебном порядке только после обжалования этого решения в вышестоящем налоговом органе. В случае обжалования такого решения в судебном порядке срок для обращения в суд исчисляется со дня, когда лицу, в отношении которого вынесено это решение, стало известно о его вступлении в силу.